לאחר ההרחבה האחרונה של כביש 6 בשנת 2014, מילא בעל הזיכיון את מחויבותו בעניין הרחבת הכביש, ואין לו מחויבות להרחבות העתידיות לפי הסכם הזיכיון אלא באמצעות הוראת שינוי. לכן, כל הרחבה נוספת אינה חלק מחוזה הזיכיון המקורי שנחתם בשנת 1998 והיא מחייבת היערכות מיוחדת, ובכלל זה תכנון ההרחבה וקביעת היקפה, אומדן עלויות פרויקט ההרחבה, קביעת הגורם המבצע ולוחות זמנים.
יתר קטעי כביש 6 המתוחזקים על-ידי הזכיינים, עבודות התחזוקה של כביש 6 דרום מבוצעות על-ידי נתיבי ישראל, בהתאם לתקציב שמאשרת הממשלה. קיים פער בין הסכום הנדרש לפי מודל התחזוקה שפיתחה נת"י (2.4 מיליארד שקל לשנה), לסכום שתוקצב ושבוצע בפועל אשתקד (1.4 מיליארד שקל). לפיכך, חלק מתחזוקת הכבישים אינה ברמה הנדרשת, וכביש 6 דרום אינו מתוחזק ברמה הנדרשת של כביש 6 במקטע המרכזי שבו משולמת אגרה.
חברת חוצה ישראל ביצעה סקרי לקוח סמוי במוקדי שירות הלקוחות של זכייני כביש 6 במקטע המרכזי, כביש 6 צפון ובמנהרות הכרמל. כמו-כן ביצעה חוצה ישראל סקר נוסעים בקרב משתמשי ההסעיות (שאטלים) בנתיב המהיר. בין הממצאים העיקריים: זמן המתנה של שלוש-שבע דקות במוקד השירות של כביש 6; וצניחה של עשרות אחוזים במספר הנוסעים בהסעית מחניון השירות המהיר לתל אביב ורמת גן.
ועדת הערר של הנתיב המהיר (המטפלת בערעורים של נהגים על חיובם באגרה) אינה פועלת מחודש מרס 2021 עקב אי-מינוי יו"ר ונציג ציבור. ועדת הערר של מנהרות הכרמל אינה פועלת מחודש יולי 2023 עקב אי-מינוי יו"ר; ועדת הערר של כביש 6 צפון לא פעלה במשך כשמונה חודשים בשנת 2022 עקב אי-מינוי יו"ר. הזכיינים פתחו תיקי הוצאה לפועל נגד נהגים גם על חובות של שקלים בודדים שתפחו למאות שקלים.