בבקרות שביצע משרד הבריאות בשנים 2019-2018 בכל היחידות להפריה חוץ-גופית עלו בכמה מהן פערים, בחלקם מהותיים, הנוגעים באיכות ובבטיחות הטיפול. מדובר, בין היתר, בליקויים ברישוי של המעבדה ושל מנהל המעבדה; בפערים בהיבטי כוח האדם; בליקויים בזיהוי מטופלים; בחוסרים במידע הנדרש בתיקי המטופלים ובליקויים ברשומה הרפואית; וכן בליקויים בציוד ובתשתיות. משרד הבריאות לא ביצע בקרות חוזרות לפני שהתרחש אירוע הטעות בהחזרת העוברים (בספטמבר 2022) למעט בשתי יחידות (ציבוריות) שבהן נמצאו ליקויים חמורים ביותר. הוא לא וידא ששאר היחידות פעלו לתיקון הליקויים שנמצאו בהן, אף שבחלקן נמצאו ליקויים שהוגדרו חמורים ומחייבים תיקון מיידי, מגלה אנגלמן. "חמורה במיוחד העובדה, כי בין הליקויים החמורים שלא בוצעה עליהם בקרה חוזרת כדי לוודא כי הם אינם נשנים, היו ליקויים הנוגעים לזיהוי מטופלים וליקויים ברשומה הרפואית. מדובר בליקויים בעלי זיקה לאירוע שקרה בשנת 2022". חלק מהפערים - ובהם מחסור בכוח אדם - שהועלו עוד בבקרות מהשנים 2019-2018, נשנו גם בבקרות בשנים 2023-2022 שבוצעו ביחידות הפרטיות. ליקויים חמורים הנוגעים לעומס עבודה ולזיהוי מטופלות שהועלו בחלק מהבקרות המוקדמות נשנו גם בבקרות המאוחרות ובממצאי ועדת הבדיקה של פרשת אסותא. עוד מגלה הדוח, כי בשנים 2022-2017 הועברו למשרד הבריאות רק ארבעה דיווחים על אירועים מיוחדים בתחום ההפריה החוץ-גופית – פחות מאחד לשנה. לעומת זאת, ב-20 החודשים שלאחר חשיפת פרשת אסותא (אוקטובר 2022 - מאי 2024) הועברו 17 דיווחים, ממוצע של עשרה דיווחים בשנה. נתונים אלה מעלים את החשש, כי אירועים מיוחדים התרחשו אך לא דווחו למשרד. האמבריולוגים (מומחים להתפתחות העובר) חיוניים להפריות החוץ-גופיות, והדוח מצביע על מחסור חמור בהם. בשנים 2019-2018 היה ביחידות ההפריה מחסור של 45% ביחס ל-244 האמבריולוגים הדרושים. בעשר מתוך 25 היחידות שנבדקו שיעור האמבריולוגים החסרים היה 50% ומעלה מהנדרש; רק ביחידה אחת מספר האמבריולוגים עמד בסטנדרט הנדרש. משרד הבריאות ידע על המחסור, אך גם כאן לא עשה דבר עד לפרשת אסותא. המחסור מסכן את היכולת להבטיח טיפול מיטבי ואיכותי, מתריע אנגלמן. נכון לדצמבר 2023, אף שחלפו 15 שנים מאז גילה משרד הבריאות, כי ביחידות מצטברים מאגרים גדולים של ביציות ועוברים שאין להם דורש, הוא לא קבע הנחיה סופית בנוגע לאפשרות להפשירם. חלק מהמאגרים שמורים ביחידות משנות ה-1980, בשעה שחלק מהמטופלות כבר עברו את הגיל שבו ניתן להשתמש בביציות ובעוברים או שאינן בין החיים.

אנגלמן מדגיש: "מאחריותו של משרד הבריאות ומחובת הפיקוח החלה עליו נגזרת החובה לוודא, כי ניתן מענה לליקויים חמורים המועלים בבקרותיו, העלולים לפגוע במטופלים. לפיכך, היה על משרד הבריאות לבצע בקרה חוזרת כדי לוודא כי הליקויים שעלו במסגרת הבקרות תוקנו, ולמצער הליקויים החמורים. "לצד זאת, האחריות לתיקון הליקויים שהועלו בבקרות מוטלת בראש ובראשונה על בתי החולים שבהם מצויות היחידות. העדר תיקון של הליקויים החמורים חשף את המטופלים לסיכונים. תוצאה זו והאירועים שאירעו בתחום זה בשנים האחרונות מדגישים את אחריותם היסודית של בתי החולים שבהם מצויות היחידות לתקן ליקויים שעלו בבקרות של המשרד, ואת אחריותו של המשרד לוודא כי ניתן המענה לליקויים חמורים המועלים בבקרות שביצע". אנגלמן מסכם: "ממצאי דוח זה מדגישים את הצורך בחיזוק מנגנוני הפיקוח והבקרה של משרד הבריאות בתחום ההפריה החוץ-גופית. בכלל זה על משרד הבריאות להשלים ללא דיחוי את קביעת הנהלים להפעלת היחידות להפריה חוץ-גופית; לוודא שהיחידות מתקנות את הליקויים שהוא מעלה בבקרותיו ולוודא שמצויים בפניו כלל הדיווחים על-אודות אירועים מיוחדים שאירעו בתחום זה... על משרד הבריאות מוטלת החובה לוודא שהיקף הטיפולים בכל יחידה ויחידה תואם לכוח האדם והתשתיות שבה, באופן שנותן מענה הולם לאיכות ובטיחות הטיפול בתחום רגיש זה".