השופט עוזי פוגלמן אומר כי הלגיטימיות של פגיעת המשטרה בזכויות הפרט, מותנית בקיומם של סייגים ותנאים שיש בהם לרסן את הכוח שנתון בידיה, ולפיכך שאלת דמותה וצביונה של המשטרה משליכה באופן ישיר על זכויות האדם. הוא מזכיר את העקרונות ארוכי השנים, לפיהם השר מפקח ומתווה מדיניות, בעוד המשטרה פועלת באופן עצמאי ומקצועי במישור האופרטיבי. עקרונות אלה נועדו להבטיח שהמשטרה תמלא את תפקידה כמשטרה של מדינת ישראל, ולא של ממשלת ישראל. משטרה "מטעם", שמפעילה את סמכויותיה בצורה בררנית ונתונה ללחצים חיצוניים, תאבד את הלגיטימציה הנתונה לה להפעלת הכוח – מזהיר פוגלמן. פוגלמן ציין, כי עמידה על מכלול הוראות התיקון עלולה ללמד על הסטת נקודת האיזון שהייתה קיימת לפניו. אולם קיים מתווה פרשני שמאפשר להימנע מביטול מרבית הוראות התיקון, מאחר שהוא מונע את הכפפת המשטרה לשר באופן גורף ולא מאוזן. התיקון לא גרע מחובתה של המשטרה לפעול באופן עצמאי, מקצועי, ממלכתי ובלתי תלוי. אולם, אין מנוס מלהורות על בטלות הסעיף בנוגע לחקירות, מאחר שהוא פוגע בזכויותיו של החשוד, שעשוי למצוא עצמו נתון לחקירה פלילית פולשנית, אף שמלכתחילה אין כוונה להעמידו לדין. הסעיף הקובע שהמשטרה נתונה למרות הממשלה, לא משנה את מערכת היחסים בין הממשלה לבין המשטרה; המשטרה, שמפעילה שיקול דעת מקצועי ועצמאי, אינה זרוע ביצועית ישירה של הממשלה, אומר פוגלמן. סמכות השר להתוות מדיניות תפורש ככוללת חובת היוועצות עם המפכ"ל, תוך מתן משקל ניכר לעמדתו של האחרון, החייב להפעיל שיקול דעת עצמאי. כאשר מדובר בקביעת מדיניות בתחום ההפגנות, חובה זו תכלול גם היוועצות עם היועצת המשפטית לממשלה, תוך מתן משקל ניכר לעמדתה. בנוסף נקבע, שתנאי לתוקפה של מדיניות הוא פרסומה מראש. לדעת השופט יצחק עמית, התיקון כולל שורה של קשיים המביאים אותו לסף פסילתו בשל היותו בלתי-חוקתי. עם זאת, ניתן להסתפק בתוצאה שאליה הגיע פוגלמן. התיקון לפקודה יצר מבנה משטרי-תשתיתי פגום, בכך שהסיט את נקודת האיזון שעוצבה לאורך השנים בין עצמאות הדרג הפיקודי לבין סמכויות הדרג המיניסטריאלי. הסטה זו נובעת מאימוץ חלקי וסלקטיבי של המלצות ועדת צדוק שעסקה ביחסים המיניסטריאליים-מקצועיים בין השר והמשטרה, כך שאומצו רק ההמלצות אשר מרחיבות את סמכויות השר; מהאופן העמום שבו הוגדרה סמכות השר להתוות "מדיניות" באופן שמאפשר התערבות בפעולותיה האופרטיביות של המשטרה; מהעדר עיגונה של חובת הממלכתיות; ומכוונת מנסחי התיקון להקיש מההסדר הקיים ביחס לצה"ל להסדר שחל על המשטרה, חרף הבדל יסודי בין שני הגופים. עמית מתריע, שהסטת נקודת האיזון מובילה באופן בלתי-נמנע לפוליטיזציה של המשטרה משום שהשר, שמטבע הדברים הוא בעל עמדות והשקפות עולם פוליטיות, הפך לגורם היחיד המנווט את הספינה. התיקון גרם לפגם מבני-משטרי, אשר מוביל לפגיעה אינהרנטית בזכויות אדם חוקתיות. לדברי עמית, לתיקון יש תכלית סמויה של מתן כוח עודף לשר ללא הגבלות, ללא בקרה וללא איזונים ובלמים; בחלוף שנתיים מאז נחקק התיקון, הוא לא הגשים את מטרותיו ולא צלח את מבחן התוצאה בשטח.

השופטת יעל וילנר אומרת כי התיקון מסמיך את השר להתערב בענייני מדיניות כללית בלבד, וממילא התערבותו במישור הפרטני, אם תתרחש, לא תיעשה מכוחו של התיקון – אלא תחתור תחתיו. היא מכירה בחשש שישנו פוטנציאל לחדירת שיקולים זרים לעבודת המשטרה בדרך של מעורבות פרטנית של השר, אולם המענה מצוי במנגנוני השקיפות שעוגנו בסעיף, וכן בערוּבות שמקורן במשפט המינהלי. היא הצטרפה לפסילת הסעיף בנוגע לחקירות, שביטל במוּדע את החובה המוטלת על השר מכוח כללי המשפט המינהלי להיוועץ ביועץ המשפטי לממשלה, והחליף אותה בחובת "שמיעה" חלשה יותר. וילנר מדגישה, כי לא ניתן לפרש את ההוראה בדבר חובת "שמיעה" כחובת "היוועצות", שכן השימוש במונח "שמיעה" מכווּן ככלל לרובד בסיסי וסביל של קליטת נתונים. מסקנה זו נלמדת גם על-רקע חובת ההיוועצות שקיימת באותו סעיף ביחס למפכ"ל; וכן נוכח כוונתו המוצהרת של המחוקק לשחרר את השר מחובת ההיוועצות המוטלת עליו. המסקנה היא, כי הסעיף מאפשר ביצוע חקירות ללא תוחלת של העמדה לדין, ובכך נשמטת ההצדקה לפגיעה בזכויות אדם הנלווית להליכי חקירה. וילנר מדגישה, כי הסמכות לפסול חקיקה ראשית תופעל במשוֹרה וביד רועדת, ורק לאחר מיצוי המאמץ הפרשני ליצוק לחקיקה תוכן שיימנע את סעד הביטול. אולם, כאשר אין בנמצא פרשנות שמתיישבת עם לשון החוק ותכליתו, כבענייננו, אזי סעד הפסילה – גם אם קשה הוא – הוֹלם יותר את עקרונות הכבוד וההפרדה בין הרשויות. השופט עופר גרוסקופף אומר כי דחיית העתירות בנוגע לרוב הסעיפים נובעת מכך שהם משתלבים כיאות במארג היחסים בין השר למשטרה. השר יכול לקבוע מדיניות, אך לא לתת הוראות אופרטיביות. הוא יכול להעביר מסרים כלליים, המנוסחים ברמת הפשטה גבוהה, מכוונים לעתיד, מותירים מקום לשיקול דעת מקצועי וניתנים באופן פומבי. הוא חייב להתייעץ עם בעלי הסמכות המקצועית הרלוונטית, ובראשם המפכ"ל והגורמים הרלוונטיים בייעוץ המשפטי, לפני קביעת מדיניות; בנושאים רגישים, בהם קיימות הנחיות יועץ משפטי, כדוגמת נושא ההפגנות, עליו לפעול בתיאום עם היועץ המשפטי לממשלה. לעומת זאת, הסעיף בנוגע לחקירות סובל מפגם חוקתי המצדיק את ביטולו, ממשיך גרוסקופף. בין שלב החקירה הפלילית לבין שלב ההעמדה לדין קיים קשר בל-ינותק, המביא לכך שבין קביעות המדיניות בשני התחומים חייב להתקיים תיאום הדוק – תיאום שבלעדיו עשויות להיפתח חקירות ללא תוחלת, ושלא להיפתח חקירות נחוצות. הנקיטה במושג "שמיעה" ביחס לעמדת היועץ המשפטי לממשלה, מלמדת על ניסיון המחוקק ליצור אוטונומיה לשר בקביעת מדיניות בתחום החקירות, באופן שמנתק קשר זה ומביא לפגיעה בזכויות חוקתיות. השופט יחיאל כשר הצטרף לעמדתו של פוגלמן בנוגע לסעיף החקירות, שהקושי בו אינו במישור איזון הסמכויות בין השר לבין סמכויות המפכ"ל, אלא במערכת היחסים שבין המשטרה בכללותה לבין התביעה וקביעת סדרי עדיפות בלתי מתואמים. כאשר בהתאם למדיניות המשטרה יוקדש מאמץ חקירתי לחקירת עבירות, שהסיכוי שיוגש בגינן כתב אישום נמוך נוכח מדיניות התביעה, תיגרם פגיעה בלתי מידתית הזכויות הפרט; וכאשר בהתאם למדיניות המשטרה לא ייחקרו עבירות שהתביעה הכללית מעוניינת להעמיד בגינן לדין – ייפגע שלטון החוק. עוד אומר כשר, כי על המשטרה לנהוג באורח ממלכתי ועצמאי; התיקון לא חולל שינוי במערכת היחסים שבין הממשלה והשר לבין משטרה; הוא מסמיך את השר לקבוע מדיניות כללית בלבד (להבדיל מהנחיות אופרטיביות); ולא חולל שינוי ביחס לעצמאות המפכ"ל. השר חייב להתייעץ עם המפכ"ל לפני גיבוש מדיניותו, ועם היועצת המשפטית – לפני קביעת מדיניות בתחום ההפגנות והמחאות.

השופט נעם סולברג סבור, כי אין בתיקון כדי לפגוע בעקרון הממלכתיות ועצמאות המשטרה. וכי אין בו כדי לשנות את מערכת היחסים שבין הממשלה לבין המשטרה, או לגרוע מעצמאותו המקצועית של המפכ"ל. התיקון לא הסמיך את השר להתערב בהחלטות אופרטיביות. כללי המשפט המינהלי מטילים חובות – בדגש על חובות היוועצות עם המפכ"ל ועם גורמי הייעוץ המשפטי – שיש בהן כדי לצמצם את החשש מפני התערבות השר ומפגיעה בעצמאות שיקול הדעת של המשטרה, אגב התווית המדיניות. בהמשך לכך, הוצעו אמות מידה להבחנה בין מדיניות לבין החלטות פרטניות, שבמסגרתן ייבחנו היקף התחולה, רמת ההפשטה וטווח הזמן שעליו חלה ההחלטה, וכן תיבחן השאלה אם מדובר בהנחיה או בהוראה. עוד אומר סולברג, כי התיקון לא הקנה לשר סמכות להתערב בשיקול הדעת העצמאי של המשטרה בנוגע לחקירות פרטניות; אין מדובר בסעיף מסמיך, אלא בסעיף מגביל; במישור המעשי, חובת השמיעה של היועצת המשפטית לממשלה בהקשר זה דומה לחובת היוועצות; והתיקון אינו מאפשר פתיחת חקירות בהתאם למדיניות השר, אשר ידוע לגביהן מלכתחילה שלא יובילו להעמדה לדין. השופט יוסף אלרון אומר כי הנחת היסוד לבחינת חוקתיות התיקון לפקודה, ככל חוק, היא שהשר ישתמש בסמכויותיו כדין. אם לא יעשה כך, הסעד המתאים לכך הוא במישור המינהלי ולא במישור החוקתי. חוקתיות התיקון אינה תלויה בזהות השר או השתייכותו הפוליטית, ובמקרה דנן – בן-גביר ובא-כוחו הצהירו שהוא מחויב לפעול לפי דרישות החוק והפסיקה. השר אינו רשאי להתערב בהחלטות המשטרה ביחס לחקירה פלילית קונקרטית, החייבת להתבצע לפי קריטריונים ענייניים ומקצועיים בלבד וללא כל שיקול זר. התיקון לפקודה, אומר אלרון, ממילא אינו מסמיך את השר להתערבות פסולה שכזו. יוצא אפוא, שמצד אחד מונח המחיר הכבד של ביטול דבר חקיקה; ומהצד האחר ביטול התיקון לפקודה מתבקש מחשש שייעשה שימוש פסול בסמכות שמכוחו. גם אם יתממש חשש זה, מסביר אלרון, ניתן למצוא לו מענה במשפט המינהלי ובכלים משפטיים אחרים; זהו תרחיש המבוסס על ההנחה שהחוק יופר בבוטות; זוהי הנחה תיאורטית שאין בה כדי להצדיק מתן סעד במישור החוקתי. עוד אומר אלרון, כי ביטול תיקון לחוק יסוד, כפי שנעשה בעניין הסבירות באופן תקדימי, על חודו של קול, עלול חלילה לשדר רושם מוטעה ולפיו הכרזה על בטלות חוק רגיל היא כמעט עניין של מה בכך; רושם שכזה יש לדחות באופן נחרץ וברור.

השופט אלכס שטיין אומר כי הכנסת יכול להיחשב כבלתי-חוקתי רק כאשר הוא פוגע בהכרח – אף בהינתן יישומו כדין – בהוראה או בזכות בת-פועל חוקתי שזכתה לעיגון בדין הפוזיטיבי. אפשרות היפותטית של שימוש לרעה בחוק על-ידי מפעילו, אינה הופכת אותו לבלתי-חוקתי. התיקון לפקודת המשטרה אינו טומן בחובו, באופן אינהרנטי, הפרה חוקתית. זאת, בשים לב לכך שהפעלת הסמכויות שהתיקון מקנה לשר תהיה כפופה לכללי המשפט החוקתי והמינהלי ולביקורת שיפוטית במקרים קונקרטיים. לדעת שטיין, השר נושא באחריות ציבורית-מיניסטריאלית על פעילות המשטרה, ולכן אין לשלול ממנו את הכוח לקבוע עבורה מדיניות כללית, רק בשל היותו "גורם פוליטי". התיקון לא הסמיך את השר לפעול מתוך שיקולים פוליטיים-זרים בקביעת המדיניות; המשטרה – גם אחרי התיקון – חייבת לפעול כדין, במקצועיות ובממלכתיות תוך כיבוד זכויות הפרט. התיקון לא הסמיך את השר להתערב בענייני חקירה ספציפיים או בהפעלת סמכויות אופרטיביות, ולא הסמיך אותו לקבוע מדיניות חקירות אשר תפגע בזכויות אדם באמצעות ניהול חקירות שאין תכליתן העמדה לדין. השופט גילה כנפי-שטייניץ סבורה, כי עיקר מטרתו של התיקון הייתה לעגן בחוק הסדרים נורמטיביים שנהגו לפניו, ובפרט את מסקנות הוועדה הציבורית לחוק משטרה חדש (ועדת צדוק). התיקון לא חולל שינוי במערך היחסים המוסדי שבין המשטרה והשר באופן המערער את עצמאות המשטרה. כאז, כן עתה, רשאי השר להתוות מדיניות – עקרונית, רוחבית וכללית – מבלי להתערב בביצוע האופרטיבי של משימותיה, ומבלי לגרוע מחובת המשטרה לנהוג במקצועיות, בממלכתיות וללא שיקולים זרים. אף אם טוב היה לעגן עקרונות חשובים אלה בחוק, הם שרירים וקיימים, ואין בהעדרם מן החוק כדי להפר את האיזון שבין עצמאות המשטרה לכפיפותה לשר. לדעת כנפי-שטייניץ, ערב התיקון היה השר מוסמך להתוות מדיניות כללית בתחום החקירות, לרבות קביעת סדרי עדיפות עקרוניים, מבלי להתערב, לא במישרין ולא בעקיפין, לא במפורש ולא במרומז, בחקירות פרטניות. סמכותו זו כפופה לחובת התייעצות עם שורה של גורמים, בהם היועץ המשפטי לממשלה. אין בהוראות התיקון כדי לשחרר את השר מחובתו להתייעץ עם היועץ המשפטי במסגרת גיבוש המדיניות בתחום החקירות ולתת לעמדתו משקל משמעותי, לנוכח מעמדו ומומחיותו המיוחדת של היועץ המשפטי כמי שמופקד על תחום הדין הפלילי וההעמדה לדין, ומכוחם של כללי המשפט המינהלי המטילים על השר והיועץ חובת תיאום בהפעילם את סמכויותיהם המשיקות.