"הודעתך כי אתה מתכוון לפעול בניגוד להנחיה משפטית שקיבלת מנוגדת לדין. חומרתם של הדברים מקבלת משנה תוקף נוכח התפקיד בו אתה אוחז". כך אומר (28.1.25) המשנה ליועצת המשפטית לממשלה, גיל לימון, במכתב לממלא-מקום נציב שירות המדינה, רואי כחלון. ראש הממשלה, בנימין נתניהו, מינה את כחלון לממלא-מקום בניגוד לדעתה של היועצת המשפטית, גלי מיארה, הסבורה שהוא נעדר הכישורים הדרושים; היא גם הורתה לפתוח בבדיקה משמעתית נגדו, בחשד ל"פברוק" קורות החיים שלו. בג"ץ הציע למנות את כחלון לשלושה חודשים בלבד ונתניהו נענה. היועצים המשפטיים בנציבות הורו - על-פי הנחיית היועצת המשפטית של משרד ראש הממשלה, שלומית ברנע-פרגו - שלא לשתף את כחלון במידע בתחום המשמעת ושלא לקבל החלטות בעלות השלכות ארוכות טווח. כחלון הגיב באומרו, כי אין לברנע-פרגו סמכות להטיל עליו מגבלות, כל הסמכויות מצויות בידיו וכל הנחיה אחרת מנוגדת לחוק ולפסיקת בג"ץ. כחלון הבהיר, כי ישתמש בכל סמכויותיו, שכן לשיטתו הנחיותיה של ברנע-פרגו בטלות מעיקרן. לדברי לימון, ההגבלות שהטילה ברנע-פרגו "נועדו להתמודד עם המצב המורכב שבו אתה מכהן בתפקיד ממלא-מקום נציב שירות המדינה לתקופה מוגבלת לשם שמירה על רציפות תפקודית; בלי שנקבעה כשירותך או התאמתך לתפקיד הקבע; כאשר הנושא טרם הוכרע בבית המשפט; וזאת במקביל לכך שמתנהלת חקירה משמעתית בעניינך בהיבטים של טוהר המידות". לימון מוסיף, כי הנחייתה של ברנע-פרגו מחייבת את כחלון, ואם ברצונו להשיג עליה - הוא יכול לפנות למיארה. לדבריו, כחלון ביקש השבוע לבטל דיון הנוגע ל"טופס אישור מטלות נוספות" ולקיים בעתיד דיונים אלו בראשותו, למרות שמדובר באותו טופס שהוא עצמו מילא "ושלעיסוק בו יכולות להיות השלכות על עניינך הפרטי" [משום שלטענת מיארה, שם נמסרו פרטים לא נכונים]. לבסוף מציין לימון, כי כחלון טרם חתם על הסדר ניגוד העניינים שנערך עבורו, עליו לעשות זאת בהקדם ולהימנע מכל פעולה שנאסרה עליו באותו הסדר.