סניגוריו של תת-אלוף (בדימוס) אבריאל בר-יוסף, מן הנאשמים בפרשת הצוללות, מבקשים (4.3.25) מהיועצת המשפטית לממשלה, גלי מיארה, לעצור את פעילותה של ועדת החקירה הממלכתית בפרשה. הוועדה, בראשות נשיא בית המשפט העליון בדימוס, אשר גרוניס, הוציאה אשתקד מכתבי אזהרה לשורה של אישים ובראשם בנימין נתניהו, ואמורה להשלים בחודשים הקרובים את עבודתה. הפנייה נשלחה בידי עוה"ד ז'ק חן, אורנה פינטו-גפסון, ינון סרטל וניר לזר כמיצוי הליכים לפני עתירה לבג"ץ אם מיארה לא תיענה לה. הם טוענים, כי פעילותה של הוועדה פוגעת בהליך הפלילי המתנהל בבית המשפט המחוזי בתל אביב וגורמת לפגיעה קשה בזכויותיו של בר-יוסף - מי שהיה ראש מספן ציוד, מנכ"ל ועדת החוץ והביטחון וסגן ראש המטה לביטחון לאומי. הסניגורים אומרים, כי הממשלה קבעה במפורש בינואר 2022, כאשר החליטה להקים את הוועדה, כי היא "לא תחקור את התנהלותם של נאשמים בהליכים פליליים הנוגעים לתהליכי רכש כלי השיט ולא תקבע ממצאים, מסקנות או המלצות בעניינם". לטענתם, בפועל קורה ההפך והם מציינים שורה של ראיות לכך. הם מצטטים את תשובת הוועדה לסניגוריהם של חמישה נאשמים אחרים בנובמבר שעבר, ולפיה "ההשלכות האפשריות של עבודת הוועדה על הליכים פליליים תלויים ועומדים היו ידועות והובאו בחשבון" בעת החלטת הממשלה. "הוועדה מודה ביושר, כי ישנן השלכות של עבודת הוועדה על ההליך הפלילי... ועדת החקירה כלל אינה מתכחשת לאפשרות שיבוש ההליך הפלילי וזיהום הראיות הנטענים. לשיטת הוועדה מדובר בגזירת גורל, מאחר שכבר במעמד קבלת החלטת הממשלה היה ידוע ונלקח בחשבון, כי לעבודתה השלכות על הליכים פליליים תלויים ועומדים. בכל הכבוד הראוי, עם תשובה זו אין להסכים", טוענים הסניגורים. "הוועדה התעלמה, הלכה למעשה, מהגבלת המנדט ובכך הביאה, כפי שהיא מודה בעצמה, לפגיעה בתקינות ההליך הפלילי". לטענת הסניגורים, ועדת החקירה לא הקפידה על איסור חקירת התנהלותם של הנאשמים. "היא הציגה בפני עדים שהופיעו בפניה, אשר טרם העידו בבית המשפט, גרסאות של עדים אחרים בתיק או מסמכים שבליבת האירועים המתבררים במשפט. בכך היא פגעה בתקינותו של ההליך הפלילי ופגעה בהוגנות שלו", וזאת כאשר העידו לפניה לפחות עשרה מעדי התביעה בהליך הפלילי. לדבריהם, מיארה עצמה נתנה ביטוי לחשש זה בתשובתה לבג"ץ בנוגע לוועדת הבדיקה הממשלתית בפרשת הרוגלות. עוד אומרים הסניגורים, כי מכתבי האזהרה והפרוטוקולים שפרסמה הוועדה מעלים חשש ממשי "שהוועדה עוסקת, ואף מפנה שאלות רבים לעדים המעידים בפניה בעניינים הקשורים להתנהלותו של בר-יוסף", וזאת בלא שהוא יכול להופיע בפניה ולהציג את גרסתו. בצורה זו נפגעות הן זכותו של בר-יוסף להליך הוגן והן יכולתה של הוועדה לרדת לחקר האמת והיא עלולה להגיע למסקנות שגויות. לאחר עמודים רבים של דוגמאות, אומרים הפרקליטים: "במקביל להליך הפלילי המתנהל בבית המשפט בתל אביב, מתנהלת ועדת חקירה בירושלים, אשר מציגה לעדי תביעה חומר ראיות, שחלקו כלל אינו מצוי בחומר החקירה; מתעלמת מחומר ראיות אחר שמציג תמונה אחרת לחלוטין מזו שמוצגת לעדים או מוצגת על ידם; ומתחקרת את העדים מוך מגמה ברורה שעלולה להשפיע על עדותם, כפי שזו תבוא לידי ביטוי בעתיד בבית המשפט. כל זאת נעשה, מבלי שההגנה בהליך הפלילי נחשפת להליכים המתנהלים בוועדת החקירה ולוקחת בהם חלק כצד". הסניגורים מסיימים באומרם, כי אומנם את הנעשה אין להשיב, אך המשך התנהלות הוועדה בצורה זו "יהווה השלמה פסולה עם מציאות אסורה ופוגענית" ויהיה בבחינת דיבור בשני קולות לנוכח עמדתה של מיארה בנוגע לפרשת הרוגלות. הם דורשים שמיארה תפעל מול הממשלה להשהות את עבודת הוועדה ולהורות לה שלא להמשיך ולחרוג מן המנדט שניתן לה.