כיתת הכוננות של הקיבוץ, אשר כללה שבעה מתוך תשעת חבריה, יצאה להתמודד עם המחבלים. למרות הנחיתות המספרית המשמעותית, כיתת הכוננות נלחמה בגבורה במשך כשעתיים, עד שנפגעה לבסוף. במהלך הקרבות, המחבלים ביצעו מעשי רצח, חטיפה, שריפה וביזה ברחבי הקיבוץ.
קריסת מערכות הפיקוד והשליטה
שרשרת הפיקוד והשליטה קרסה כבר בתחילת המתקפה. מפקדים רבים נפגעו, כולל סגן מפקד הפלוגה, מפקדי מחלקות ולוחמים נוספים. כתוצאה מכך, הכוחות נלחמו ללא פיקוד מסודר, ולא הצליחו לקיים הערכת מצב מסודרת או לדווח על המצב הקשה בקיבוץ ניר עוז.
הכשל בהגעה של כוחות צה"ל
למרות הניסיונות של תושבי הקיבוץ להזעיק עזרה, כוחות צה"ל הגיעו לקיבוץ רק לאחר השעה 13:00, כשש שעות לאחר תחילת המתקפה. עד אז, המחבלים כבר הספיקו לבצע את זממם כמעט ללא הפרעה. הכשל בהגעה של כוחות צה"ל נבע מכמה סיבות, כולל קריסת שרשרת הפיקוד והשליטה, חסימות על הצירים, וחוסר הבנה של חומרת המצב בקיבוץ.