סגן שר החוץ בממשלת ישראל ה-19 וה-20
ב-11 באוגוסט 1981 מונה
יהודה בן-מאיר לסגן שר החוץ תחת
יצחק שמיר בממשלת ישראל התשע עשרה. הוא המשיך בתפקידו זה גם בממשלת ישראל העשרים.
בתחילת דרכו הפוליטית התבלט בן מאיר בדעותיו הניציות, שהביעו הזדהות עם דרכו של "גוש אמונים" ועם פעילותם ההתיישבותית של המתנחלים ואף השתתף בכמה אירועים בשטח, אולם עם השנים חלו תמורות בעמדותיו הפוליטיות והן נעשו בעלות גוון 'יוני' מובהק. ב-1988 הקים יחד עם נוספים את מפלגת מימד ה'יונית', כמשקל נגד למפד"ל ה'ניצית'.
ב-1992 התייצב ד"ר יהודה בן מאיר איש המפד"ל במסיבת עיתונאים של גוף חדש "אזרחים למען רבין". בנמקו את הצטרפותו לגוף החדש אמר יהודה בן מאיר: "העם בשל לבחירה ישירה של ראש הממשלה. רבין יקדם את השלום ומבחינה מדינית רק "
הליכוד" לא יכול".
לאחר פרישתו מהכנסת אחר שעזב את הכנסת ב-1984, פנה ללמוד משפטים והפך לעורך דין. שימש חוקר בכיר (אמריטוס) במכון למחקרי ביטחון לאומי באוניברסיטת תל אביב. ניהל את פרויקט 'דעת קהל וביטחון לאומי' במכון ופרסם מאמרים רבים בעיתונות.
ד"ר בן מאיר חיבר את הספר קבלת החלטות בסוגיות הביטחון הלאומי: היבט ישראלי (1987). תחומי המחקר של ד"ר בן מאיר כוללים את יחסי הדרג הצבאי והאזרחי, ודעת קהל בישראל.
הנהלת אוניברסיטת בר-אילן פרסמה הודעת אבל על מותו של יהודה בן מאיר ובה נאמר "כואבים עם פטירתו של הרב עורך דין יהודה בן מאיר, לשעבר חבר סגל המחלקה לפסיכולוגיה, חבר בחבר הנאמנים, מועצת הנאמנים, ועד המנהל, פעל לאורך שנים לעיצוב דמותה הערכית של מדינת ישראל כמדינה יהודית דמוקרטית."
אחיו של יהודה בן מאיר הוא הרב יהושע בן-מאיר מייסד ישיבת שבות ישראל באפרת ומי שעמד בראשה.
יהודה בן מאיר הותיר אחריו את רעייתו דבורה, ארבעה ילדים, נכדים ונינים. הוא הובא לקבורה ביום שישי 14.3.25 בבית העלמין בסביון.