ראש הממשלה, בנימין נתניהו, טוען, כי קיימים קשיים מהותיים בניהול ההליך הפלילי בפרשת הצוללות במקביל לעבודתה של ועדת החקירה הממלכתית בראשות נשיא בית המשפט העליון בדימוס, אשר גרוניס. הטענה מועלית בעתירה לבג"ץ (25.3.25), העוסקת בזימון עדי תביעה בתיק הפלילי. העתירה מציבה באותו מתרס את נתניהו ושר הביטחון לשעבר, משה יעלון, המצויים בסכסוך ציבורי ומשפטי חריף. יתר העותרים הם אבנר שמחוני, לשעבר עובד במטה לביטחון לאומי; ראש המוסד לשעבר, יוסי כהן; ומפקד חיל-הים לשעבר, רם רוטברג. כולם מצויים בין האישים להם שיגרה אשתקד ועדת גרוניס אזהרה, שהם עלולים להיפגע ממסקנותיה. שמחוני אמור להעיד מחרתיים בתיק הצוללות; כהן ורוטברג הם העדים הבאים אחריו; יעלון מופיע ברשימת עדי התביעה; נתניהו אומר שגם הוא עשוי להיקרא לעדות. חמשת העותרים מבקשים מבג"ץ לקבוע, כי הם לא יזומנו לעדות בתיק הפלילי עד סיום עבודתה של ועדת גרוניס. לדבריהם, קיומם של ועדת חקירה והליך פלילי באותו נושא מחייב לקבוע מנגנונים שימנעו פגיעה בזכויות המוזהרים והנאשמים, במיוחד כאשר מדובר באותן שאלות עובדתיות ובאותם עדים. אולם, הם טוענים, המדינה והוועדה לא קבעו מנגנונים כאלה, "שני ההליכים התקדמו במקביל והוליכו - ועוד יוליכו - לתקלה ידועה מראש". בעתירה נטען, כי זימונם לעדות של החמישה לפני סיום עבודת הוועדה יגרום ל"פגיעה אנושה - בלתי מידתית ובלתי סבירה - בזכותם של העותרים להליך הוגן ובזכות הטיעון של העותרים בפני הוועדה". זימונם לעדות משקף "התעלמות מוחלטת מההשלכות של מתן עדות על-ידי העותרים בהליך הפלילי בעיתוי זה, בעיקר - על יכולתם להתגונן מפני אזהרות הוועדה". עוד נאמר בעתירה, כי צפויים להתעורר קשיים נוספים. הנאשמים בתיק הפלילי הם עדים חיוניים לעבודת הוועדה, אך היא לא זימנה אותם וקיבלה החלטות - כולל לגבי האזהרות - "על בסיס מידע חלקי וחסר. כתוצאה מכך, גם חומר הראיות שיימסר לעותרים יהיה בהתאם חלקי וחסר". העותרים יבקשו לחקור את הנאשמים במסגרת תשובתם לאזהרות, וסביר להניח שהללו יטענו שהגנתם תיפגע בשל כך. העותרים מציינים, כי כרגע אינם מבקשים סעד בשל הקשיים העתידיים, אך אם המדינה והוועדה לא יפעלו - סביר להניח שיחזרו לבג"ץ. הם מעירים, כי קיימים חילוקי דעות חריפים בינם לבין הוועדה בנוגע לזכויותיהם בפניה ובמיוחד בשל "הגבלות מרחיקות לכת שהוועדה וגורמי הביטחון הטילו על ייצוג העותרים בפני הוועדה", ובנושא זה תוגש עתירה נפרדת. העתירה הוגשה באמצעות עוה"ד עודד סבוראי, דורי קלגסבלד, שרון קליינמן, צבי בר-נתן ועמית חדד.