התחקיר מעלה גם ממצאים חמורים הנוגעים לרמת ההכנה לפעולה: נוהל הקרב הגדודי הוגדר כ"לא מקצועי", והחטיבה לא מימשה את אחריותה הפיקודית כלפי הגדוד שפעל בשטח - הן בהדרכה והן במעקב אחר פעילותו המבצעית. מפקד פיקוד המרכז הגדיר את האירוע כ"חמור" ו"בלתי הולם את הרמה המקצועית והערכית הנדרשת מחיילי צה"ל". אלוף בלוט הוסיף כי מדובר בחריגה ברורה מהנהלים, וכי לא ייתכן שצה"ל, הפועל לאכיפת החוק והסדר באיו"ש, יפגע בעצמו באותם ערכים. לדבריו, צה"ל מחויב לאפס סובלנות כלפי תופעות של אלימות והשחתה. השלכות פיקודיות: ענישה מקיפה לאורך שרשרת הפיקוד בהתאם לממצאים, הוחלט על נקיטת צעדים משמעתיים נגד שורת מפקדים ולוחמים שהיו מעורבים באירוע:

• למפקד חטיבת יהודה נרשמה הערה פיקודית

• מפקד הגדוד ננזף נזיפה פיקודית

• מפקד הפלוגה ננזף גם הוא

• מפקד מחלקה נשפט ל־7 ימי מחבוש והודח מתפקידו

• מפקד מחלקה נוסף נשפט לריתוק

• שני לוחמים שהיו מעורבים בהשחתה נשפטו ל־7 ימי מחבוש

לצד הענישה, הונחו המפקדים להפיק לקחים ולחזק את תהליכי ההכנה והפיקוח ביחידותיהם. דגש: שמירה על החוק - גם במבצע מפקד הפיקוד חתם את דבריו באמירה כי "צה"ל ימשיך לפעול בתקיפות לשמירה על ביטחון תושבי האזור", אך הדגיש כי על הכוחות להקפיד על החוק והנהלים גם בעומס הפעילות המבצעית. "השמירה על ערכי צה"ל אינה בגדר המלצה - היא תנאי יסוד לפעולה בשטח", קבע.

רב-אלוף אייל זמיר ביקר היום בחטיבת יהודה, ונחשף לתחקיר האירוע בג׳ינבה. לדבריו, מדובר באירוע חמור שאינו תואם את ערכי צה"ל. הרמטכ"ל הדגיש כי לוחמי צה"ל נדרשים לפעול במשמעת מבצעית מלאה, והזכיר כי "כאשר הדרך אינה מוסרית, התוצאה אינה חשובה".