גורמים מטעם הייעוץ המשפטי לממשלה פגעו בצורה קשה בתפקודו של רואי כחלון כממלא-מקום נציב שירות המדינה - טוען כחלון במכתב ששיגר (3.4.25) לראש הממשלה, בנימין נתניהו, עם תום שלושת החודשים בהם כיהן בתפקיד. היועצת המשפטית לממשלה, גלי מיארה, התנגדה למינויו של כחלון, לא הגנה עליו בבג"ץ והורתה לפתוח בחקירה משמעתית נגדו בחשד להטעיות בקורות החיים שהציג. לדברי כחלון, מיארה לא השיבה לפנייתו בנושא, למרות שעלה חשש שפעולות אלו מבזות את פסק הדין בו הוסכם שישמש כממלא המקום. לדבריו, גורמים בייעוץ פעלו בצורה כמעט יום-יומית מאז שנכנס לתפקידו כדי לפגוע בתפקודו ולהגביל את סמכויותיו, וזאת ללא סמכות חוקית ותוך שימוש בכלים בלתי לגיטימיים. בין טענותיו של כחלון: איסור על העברת סוגיות משמעתיות לטיפולו, חסימת גישתו לדוא"ל של לשכת הנציב ולמערכות ניהול ההון האנושי בשירות המדינה, מניעת אישור הרכב ועדות הבוחנים לתפקידי הסגל הבכיר (מה שלדבריו מטיל ספק בחוקיות המינויים שבוצעו) ומניעת השתתפות בכירים בנציבות בדיון שקיים נתניהו על השלכות הבינה המלאכותית על ההון האנושי בשירות המדינה. לדבריו, בכירים בנציבות איימו על מי שהוזמנו לדיון, כי אם ישתתפו בו - עלולים להתנכל ליחידותיהם בתקנים ובמכרזים עתידיים. לדברי כחלון, פעולות אלה העבירו את סמכויות הניהול מהנציבות לייעוץ המשפטי, ויוצרות חשש כבד שהנציבות תישלט בידי מיארה. "הדבר מהווה פגיעה קשה בעצמאות הנציבות ובניהול התקין של שירות המדינה", והוא חמור במיוחד כאשר נעשה בידי גורמים משפטיים בניגוד לפסק דינו של בג"ץ, הוא ממשיך.