ראש הממשלה בנימין נתניהו מצוי בניגוד עניינים בנוגע להדחתו של ראש השב"כ, רונן בר, וזוהי סיבה לביטול ההחלטה. כך אמר (4.4.25) המשנה ליועצת המשפטית לממשלה, גיל לימון, בחוות דעת המצורפת לתגובתה של היועצת גלי מיארה לעתירות לבג"ץ בנושא ההדחה. הסיבה, לדברי לימון: פרשת המסמכים המסווגים ופרשת קטרגייט. "הגם שראש הממשלה עצמו אינו חשוד בפרשות אלו, וממילא גם לא נחקר באזהרה במסגרתן, הרי שבהתאם לאמות המידה המשפטיות החלות בתחום ניגודי העניינים, יש לו אינטרס אישי מובהק בחקירות ובתוצאותיהן", טוען לימון. "בשים לב לתפקידו המרכזי של השירות ושל ראש השירות בחקירות אלו, שעודן מתנהלות, ולכך שהחלטות עקרוניות במסגרתן אושרו ומובאות לאישורו של ראש השירות, הדבר מקים חשש ממשי להטיית שיקול דעתו של ראש הממשלה בקבלת ההחלטה על הפסקת הכהונה של ראש השירות". בפרשת המסמכים "מדובר בעבירות שבוצעו, על-פי כתב האישום, על-ידי יועצי תקשורת הקרובים ביותר של ראש הממשלה, במטרה לשרת את האינטרסים הפוליטיים שלו באותה עת ולהיטיב עימו, באמצעות השפעה על התודעה הציבורית ולהתמודד עם הביקורת הציבורית אותה עת. זו הייתה התכלית של העבירות שבוצעו כמתואר בכתב האישום על-ידי יועצי ראש הממשלה, שנגד אחד מהם הוגש כאמור כתב אישום [אלי פלדשטיין - א.ל] ונגד שלושה מהם [יונתן אוריך, עופר גולן ושרוליק איינהורן - א.ל] החקירה טרם הסתיימה". העניין האישי של נתניהו בפרשת המסמכים עולה מדבריו שלו, אומר לימון, המצטט את דבריו בסרטון מנובמבר אשתקד: "האישום אומנם הוגש נגדם, אבל המטרה שלו ברורה - לפגוע בי. מכונת הציד הזאת לא תרתיע אותי. אני רוצה לומר מילת סיום למשפחות פלדשטיין והנגד. כואב לי שמשתמשים בבנים שלכן ככלי משחק כדי לפגוע בי. הטענה שמישהו מהם פעל במכוון לפגוע בביטחון מדינת ישראל היא טענה מרושעת, זה דבר מופרך מיסודו". פרשת קטרגייט, ממשיך לימון, עלולה "לפגוע פגיעה קשה בתדמית הציבורית של ראש הממשלה, ולהטיל צל כבד על התנהלות סביבתו הקרובה ביותר. אוריך, כאמור, הוא יועצו הקרוב של ראש הממשלה במישור התקשורתי והפוליטי מזה כעשר שנים. לראש הממשלה יש אפוא אינטרס בתוצאות החקירה, שבה מעורבים יועציו הקרובים ושעניינה בחדירתם ובהשפעתם של אינטרסים קטרים אל תוככי לשכתו וסביבתו הקרובה, בזמן מלחמה". גם כאן, מציין לימון, נתניהו עצמו אמר זאת בשבוע האחרון: "זה ציד פוליטי. זה נועד רק למטרה אחת, למנוע את הפיטורים של ראש השב"כ, כאילו יש פה איזו פרשייה. אין פה שום דבר. וגם להביא להפלתו של ראש ממשלה מהימין. חקירה פוליטית, ציד פוליטי, זה מה שיש פה. אין פה שום דבר אחר". ובהמשך: "אנחנו כולנו יודעים, אתם יודעים למה הם עושים את זה. קודם כל כדי למנוע את הפיטורים של ראש השב"כ רונן בר שהממשלה החליטה פה אחד לפטרו וגם להפיל ממשלת ימין. אז, רואים לכם. אתם לא עובדים על-אף אחד". לדברי לימון, "המסקנה כי לראש הממשלה עניין אישי בחקירות ובתוצאותיהן מתחזקת לנוכח הצטברותן של שתי הפרשות והזיקות העובדתיות המתקיימות ביניהן. בשני המקרים, מדובר כאמור ביועציו הקרובים של ראש הממשלה, ובפעילות עבריינית לכאורה שנעשית למען תפקידם זה או תוך הסתייעות במעמדם כיועצים של ראש הממשלה. שתי הפרשות בהצטברן מטילות כאמור צל כבד על תדמיתה של לשכת ראש הממשלה והתנהלותה, והוא עצמו התייחס לשתי החקירות ככאלו המכוונות נגדו". במקביל, בר "מעורב באופן אישי בחקירות אלו, בשלביהן השונים, השתתף בקבלת ההחלטות לגביהן". לימון מסכם: "לאור העובדה שהחקירות מנוהלות על-ידי צוות משותף של המשטרה והשירות וכי החלטות עקרוניות בהן הובאו ומובאות לאישור ראש השירות כאמור, ובשים לב לכך שטרם הסתיימו הליכי החקירה בשתי הפרשות, מתקיימת בנסיבות העניין אמת המידה שנקבעה בפסיקה של חשש ממשי לניגוד עניינים של ראש הממשלה במעורבותו ופעולתו להפסקת כהונתו של ראש השירות המכהן".