כפיית המשך כהונתו של רונן בר בראשות השב"כ עלולה לפגוע פגיעה בלתי הפיכה בביטחון המדינה ובשלום אזרחיה וחייליה, ומכאן הדחיפות שבהחלפתו. כך טוען ראש הממשלה, בנימין נתניהו, בתגובתו לעתירות לבג"ץ (6.4.25) נגד הדחתו של בר. העתירות יידונו מחרתיים - יומיים לפני מועד ההדחה, שהוקפאה ארעית בצו בג"ץ - בפני הנשיא יצחק עמית והשופטים נעם סולברג ודפנה ברק-ארז. לדברי נתניהו, העותרים מבקשים להפקיע מידי הממשלה והציבור שבחר בה את סמכותה וחובתה היסודית ביותר לביטחון המדינה ואזרחיה, ולהעביר את כפיפות השב"כ מהממשלה לבית המשפט. זהו היפוך משטרי מוחלט, שכן לבג"ץ אין הכלים, הסמכות והאחריות לקבל החלטה כזו. כהונתו של בר פקעה מהרגע בו הממשלה קבעה שאין לה אמון בו והסוגיה כלל אינה שפיטה שכן מדובר בסוגיה ביטחונית, טוען נתניהו. ביטול ההדחה בידי בג"ץ יהווה "פגיעה חמורה בהפרדת הרשויות, ביטול הסמכות הבסיסית ביותר של הממשלה לקביעת מדיניות ביטחונית... ויצירת כפיפות של גורם ביטחוני תחת סמכותם של גורמים משפטיים בלתי נבחרים, אשר אינם נושאים אחריות לביטחון המדינה והינם נעדרי כלים לשאת באחריות לכך", מוסיף נתניהו. הוא גם דוחה את עמדת היועצת המשפטית לממשלה, גלי מיארה, לפיה יש להיוועץ בוועדה למינויים בכירים לפני ההחלטה. עוד מבקש נתניהו לדחות על הסף את העתירה, שכן בר עצמו לא עתר ולשיטתו כל העותרים מתעברים על ריב לא להם. הוא אומר שהמחוקק העניק במכוון סמכות בלתי מוגבלת לממשלה להדיח את ראש השב"כ, ולא יעלה על הדעת לכפות עליה את מי שאינו נהנה מאמונה. נתניהו מפרט את הסיבות לחוסר האמון בבר: 7 באוקטובר, תפיסתו הביטחונית והאסטרטגית שגויה מיסודה ושונה מזו שלו, הוא אינו מבין את משמעות כפיפותו לדרג המדיני, לא ניהל דיונים עם הדרג המדיני "במידע והכרעות חיוניות", מתבטא בפומבי בסוגיות השמורות לדרג המדיני ובכך גורר את השב"כ למחלוקת פוליטית חריפה. הוא מגדיר את בר כ"לעומתי", ואומר שדי היה במכתב בו הביע תמיכה בוועדת חקירה ממלכתית כדי להדיחו. נתניהו שב וטוען, כי ב-7 באוקטובר "בחר בר, על-אף הסימנים המעידים שהיו בפניו, שלא לשתף את ראש הממשלה והדרג המדיני במתרחש". המועד המתאים להדחתו בשל כך היה לאחר השלמת תחקיר השב"כ - כפי שנעשה בצה"ל. לא יעלה על הדעת שמי שנכשל בצורה כה קשה והוביל לטבח הקשה בתולדות המדינה, ימשיך בתפקידו וישקם את השב"כ - טוען נתניהו. הוא דוחה מכל וכל את טענתו של בר, לפיה חקירת פרשת קטרגייט היא הסיבה להדחתו ואומר שהגורמים לכך נוצרו עוד לפניה. נתניהו גם דוחה את הטענה לפיה הוא מצוי בניגוד עניינים בשל הפרשה, אומר שהממשלה החליטה פה אחד על ההדחה ומזכיר שאינו חשוד בדבר. נתניהו מטיל על בר את האחריות לירי נורי התאורה לעבר ביתו בקיסריה; אומר שהוא הציג הערכות מודיעיניות שגויות שהטעו את הדרג המדיני; לא פעל נגד סרבנות מתוכננת ומאורגנת; ומזכיר את הפרסום אמש בנוגע לדבריו של ראש המחלקה היהודית בשב"כ. במקביל מבקש נתניהו להוציא מן התיק את תגובתה של מיארה, אליה צורף מכתב של בר לשופטים. הוא אומר כי אין הליך שכזה, בר נמנע מלעתור ולהגיש תצהיר עליו ניתן יהיה לחקור אותו ולכן יש להוציא את התגובה כולה. נתניהו מיוצג בידי עוה"ד ציון אמיר, ינון סרטל וניר לזר.