ראש הממשלה, בנימין נתניהו, טוען בבג"ץ (10.4.25), כי ועדת גרוניס לחקירת פרשת הצוללות הטילה מגבלות חמורות, חסרות תקדים וחסרות עיגון בדין על ייצוג המוזהרים בפניה. לעתירה שותפים שר הביטחון לשעבר, משה יעלון; ראש המוסד לשעבר, יוסי כהן; מפקד חיל-הים, רם רוטברג; ואיש המל"ל לשעבר, אבנר שמחוני. בעקבות העתירה הוציא השופט אלכס שטיין צו ארעי, המעכב את דיוני הוועדה בשלב האזהרות וזאת עד למתן החלטה אחרת. הוא הורה לוועדה להגיש עד 11.5.25 תגובה מקדמית לעתירה ולבקשת לצו ביניים, להשהיית עבודתה עד להכרעה בעתירה. על-פי העתירה, הוועדה קבעה ששני עורכי דין בלבד יוכלו לייצג את המוזהרים ושיהיה עליהם לעיין בחומרי החקירה אך ורק במתקן ביטחוני ייעודי ובאמצעים שהיא תעמיד לרשות המוזהרים ובאי-כוחם, וכל זאת מנימוקי ביטחון. לטענת העותרים, מדובר במגבלות חסרות תקדים ומעולם לא הוגבל בישראל מספרם של עורכי הדין הרשאים לייצג לקוח אחד. הן גם מרחיקות לכת, שכן הוועדה אינה מבדילה בין חומר מסווג לחוסר שאינו מסווג. "ההגבלות שהוועדה פגעה פוגעות פגיעה אנושה בזכויותיהם של העותרים", הם טוענים. "בהינתן ההגבלות החמורות שהטילה הוועדה, אין כל אפשרות להבטיח הליך הוגן, ייצוג אפקטיבי ומימוש של זכות הטיעון של העותרים". מאחר שחומר החקירה שאספה הוועדה הוא עצום, ההגבלות הופכות את הגנתם של המוזהרים לבלתי אפשרית וחותרות תחת האינטרס הציבורי בבירור האמת, נטען עוד. לדברי העותרים, הוועדה דחתה את הצעותיהם והתבצרה מאחורי "עמדת גורמי הביטחון". ההגבלות הוטלו ללא סמכות בדין, שכן הגבלת זכותו של אדם לייצוג אפקטיבי מצריכה הסמכה מפורשת בחוק - וכזו אינה קיימת. אפילו אם ההגבלות הוטלו כדין, אין להן הצדקה עניינית והן בלתי מידתיות ובלתי סבירות, נטען עוד. לדבריהם, לא ייתכן שייאסר על עורכי הדין לשוחח איתם מחוץ למתקני הוועדה, ולא ייתכן שעורכי דין שכבר קיבלו סיווג ביטחוני לא יורשו להצטרף לייצוג. עוד נאמר בעתירה, כי ההשוואה בין מגבלות ועדת גרוניס לבין המגבלות בהליך הפלילי בפרשת הצוללות, ממחישה עד כמה הראשונות מופרכות. מדובר באותה פרשה וחלק מהחומר הפלילי שימש את הוועדה, אך בהליך הפלילי אין מגבלה על מספר עורכי הדין וכל חומר הראיות הועבר לעורכי הדין ואף שמור במשרדיהם. בחודש שעבר עתרו נתניהו ויתר העותרים נגד הניהול המקביל של עבודת הוועדה וההליך הפלילי, והיום עתר אבריאל בר-יוסף בבקשה להשהות את עבודת הוועדה עד לסיום שלב ההוכחות בהליך הפלילי. העתירה הוגשה באמצעות עוה"ד עמית חדד, צבי בר-נתן, דורי קלגסבלד, שרון קליינמן ועודד סבוראי.