הסניגור,
עמית חדד, הציג בפני נתניהו את דבריו של מילצ'ן בחקירתו, לפיה היחסים ביניהם היו "בין ידידות לחברות". נתניהו הגיב: "כאשר שמעתי את זה, גם נדהמתי וגם נפגעתי. בדיעבד הבנתי שאדם נמצא תחת מכבש לחצים כזה. אחר כך הוא הכחיש את זה. אבל נפגעתי מאוד, כי היינו חברי נפש. ברור שהוא הרגיש שהוא צריך להגיד דבר לא נכון. גם הדס [קליין] אמרה את זה, ושניהם חזרו בהם בבית המשפט".
נתניהו אמר כי קשריו עם מילצ'ן נוצרו אחרי סיום כהונתו הראשונה ב-1999, כאשר כלל לא חשב לחזור לפוליטיקה. הוא סיפר, כי מילצ'ן אירח אותו על חשבונו במלונות פאר בפריז, ניו-יורק ועוד; "המחיר של ביקור אחד כזה היה כמו כל מה שטוענים כאן [בתיק 1000]. הקשר היה עמוק מאוד, קרוב מאוד". לדברי נתניהו, הוא החליט שלא לחזור לחיים הפוליטיים וגם סירב לחזור, שכן חייו מחוץ לפוליטיקה היו טובים מאוד, אך "השליחות בערה בי". לטענתו, חקירת פרשת ההובלות של אבנר עמדי "נועדה להבטיח שאני לא אחזור".
לדברי נתניהו, עורכי דינו דאז –
יעקב וינרוט,
יהודה וינשטיין ו
דוד שמרון – אמרו לו (על-רקע פרשת עמדי, בה נטען שנטל לעצמו מתנות רשמיות) שיש הבדל בין מתנות רשמיות שהוא מקבל בגדר תפקידו לבין מתנות שהוא מקבל מחברים. לגבי הראשונות, חלות חובות ומגבלות; לגבי האחרונות אין שום מגבלות. "שאלתי וחזרתי ושאלתי, עד שווינרוט דפק על השולחן ואמר: ביבי, תפסיק לבלבל את המוח! מותר לך לקבל מתנות מחברים". לדבריו, הוא למד מפרשת עמדי "לקבל ייעוץ משפטי על כל צעד ושעל, כי אותי מחפשים".
עוד אמר נתניהו, כי כשר האוצר הוא פתח לתחרות את שוק החלפים לרכב – החלטה שפגעה במילצ'ן, בעליה של יבואנית הרכב מכשירי תנועה. הוא הדגיש, כי החלטותיו לעולם אינן מושפעות משיקולים אישיים וחברויות. הוא גם התייחס למדיניות המס שלו, שבמרכזה הקלת הנטל, לצד עידוד הזרמת הון זר לישראל – סוגיות שיעלו בהמשך בנוגע להקלות המס למילצ'ן. נתניהו הדגיש, שהחברות עם מילצ'ן הייתה הדוקה מתמיד גם לאחר תבוסת הליכוד בבחירות 2005 ו"אני מת מבחינה פוליטית".
נתניהו התייחס בפירוט ליוזמתם של
ארנון מילצ'ן והמיליארדר ההודי ראטן טאטא להקמת מפעל רכב ישראלי-ירדני-פלשתיני. לדבריו, למילצ'ן לא היה שום אינטרס עסקי במיזם שמטרתו הייתה לקדם את השלום, ולכן לא היה שום
ניגוד עניינים בכך שעסק בו.