בעקבות סערה ציבורית שהתעוררה לאחר דבריו החריפים של הרב יעקב עדס, בהם השווה בין השר בצלאל סמוטריץ' לראש ארגון הטרור חמאס, יחיא סינוואר, פרסם הרב עדס מכתב התנצלות פומבי. במכתבו, הביע הרב עדס צער עמוק על הפגיעה בכבודו של השר סמוטריץ' וכתב: "יש לי צער גדול שבטעות פגעתי בכבודו של השר בצלאל סמוטריץ' והנני מצטרף לדברי הרבנים ידידי שליט"א לכל מה שהם כתבו ובפרט לדברי הרה"ג שמואל אליהו שאני איתו בידידות קרובה מזה עשרות שנים". ההתנצלות מגיעה לאחר ביקורת נרחבת מצד רבנים בציונות הדתית, בהם הרב שמואל אליהו, רבה של צפת, שהסתייג מדבריו של הרב עדס ואמר כי מותר לחלוק עם אדם, אך אסור להשוות יהודי לגדול שונאי ישראל שדם יהודים על ידיו. לדבריו, ודאי שאין לעשות זאת כלפי שר הפועל למען עם ישראל. גם הרב יעקב אריאל, מזקני רבני הציונות הדתית, הצטרף לביקורת וחתם על מכתב בו נכתב כי הוא נחרד לראות את דברי ההשוואה בין יהודי לשונא ישראל, ובפרט כאשר מדובר בשליח ציבור ואיש חזון הפועל למען תורת ישראל. המכתב זכה לתמיכתם של עשרות רבנים נוספים מהציונות הדתית, שקראו לרב עדס לחזור בו מדבריו. הסערה התעוררה לאחר שבמהלך שיעור שנמסר בכותל המערבי, אמר הרב עדס בנוגע לסוגיית גיוס החרדים לצה"ל: "אם מישהו ישאל אותי מי הרגו הכי הרבה יהודים במלחמה האחרונה - אלו סינוואר וסמוטריץ'". דבריו עוררו תגובות נזעמות, והובילו לפרסום מכתב ההתנצלות.