על-פי המלצות הרוב, יש להבטיח את העצמאות ואי-התלות של כל גורם העוסק בניהול הליכים בקשר להתנהלות שוטרים. לצד זאת, יש להוציא את מח"ש מכפיפות הפרקליטות וכינונה כגוף עצמאי, הן בהיבט החקירה והן בהיבט התביעה. יש להעניק למח"ש סמכויות מתאימות כדי שתהפוך לגורם המתכלל של הטיפול בתלונות נגד שוטרים. עוד מומלץ, כי היחידה תהיה מוסמכת לחקור את כל העבירות הפליליות של שוטרים, כולל עבירות שעונשן מתחת לשנת מאסר (שכיום אינן בסמכותה). בראש היחידה יעמוד עורך דין בעל ותק של למעלה מעשר שנים, בעל-רקע וניסיון בחקירות ובמודיעין, במשפט פלילי, בניהול, הנהנה מיוקרה ציבורית ומקצועית, כפוף לכל ההסדרים שחלים על מינויים בשירות הציבורי (ניגודי עניינים, צינון וכו'). מינוי מנהל היחידה יתבצע במנגנון שיבטיח את העצמאות המלאה הנדרשת לו. עוד מומלץ להגדיר את מח"ש כיחידה מבצעית, על-מנת לייצר את התנאים הארגוניים המיטביים לטיפול בליקויים התפקודיים והמבצעיים ארוכי השנים, לבצע "אזרוח" מלא של כוח האדם המקצועי שלה (כך שלא יושאלו לה שוטרים) ולהקצות משאבים לגיוס כוח אדם איכותי והקניית כלים טכנולוגיים ויכולות מבצעיות. יש להסדיר בחקיקה את עקרונות עבודת היחידה, הפיקוח עליה ואת חובתה של המשטרה לשתף פעולה עם מח"ש. עמדת הרוב היא, כי בנסיבות מסוימות קיימים ניגודי עניינים מובנים בשל היותה של מח"ש חלק מפרקליטות המדינה. ייתכנו מקרים בהם על מח"ש לפתוח בחקירה בעניינו של קצין משטרה בכיר אשר מצוי בקשרי עבודה קרובים עם בכירי הפרקליטות. עוד ייתכנו מקרים שבהם הפרקליטות והמשטרה מקימות כוח משימה משותף לצורך חקירה מסוימת, ובמקביל מוגשת למח"ש תלונה כנגד אחד החוקרים באותו תיק. במצב זה, פתיחה בחקירה על-ידי מח"ש החוקר עלולה לשבש את החקירה הפלילית שאותה מנהלת הפרקליטות. במקרה כזה צריכה להכריע הפרקליטות, למרות שהיא צד מעורב בדבר וקיומם של אינטרסים נוגדים. עוד מציין הרוב, כי הפרקליטות מייצגת את המשטרה בתביעות אזרחיות המוגשות כנגדה, ולעיתים עוסקת באותם אירועים שנחקרים במח"ש. מצב זה מייצר ניגוד אינטרסים מבני, כאשר איסוף ראיות והגשת כתב אישום על-ידי מח"ש עלולים להזיק להליך האזרחי אותו מנהלת מחלקה אחרת בפרקליטות. נוסף על כך, הדבר יוצר עמדות סותרות של הפרקליטות, שבכובעה האחד מתגוננת מפני התביעה האזרחית ומכחישה את אותה התרחשות בה היא מטפלת בכובעה האחר, כגוף שאחראי על הגשת כתבי אישום והסקת מסקנות משפטיות. כמו-כן, עלולים להיווצר מצבים שבהם מח"ש אמורה לחקור אירוע בו מעורבת הפרקליטות עצמה. לדעת הרוב, שיוכה הארגוני הנוכחי של מח"ש לפרקליטות אינו מאפשר לה לממש באופן מיטבי את תפקידה ואת סמכויותיה. עוד נמצא, כי קיימת חולשה תפקודית ומבצעית של אגף החקירות והמודיעין של מח"ש, המשפיעה על תפקודו ועל תוצריו של הארגון.

אפק אומר בדעת היחיד, כי ניגוד העניינים אליו מתייחסת דעת הרוב אינו בגדר מצב ייחודי למח"ש וקיים במקומות רבים נוספים, לאורכו ולרוחבו של השירות הציבורי. החשש מהתנגשות אינטרסים מצומצם ממילא, שכן רק במיעוטם של התיקים נדרשת הכרעה של גורמים בכירים בפרקליטות המדינה או התייעצות עימם. ככל שטענה זו בדבר ניגוד עניינים תוביל לגוף עצמאי, הרי שיש בכך פוטנציאל לפגיעה קשה בעצמאות מח"ש וביכולותיה לממש את מטרותיה. ניתוק מח"ש מהפרקליטות עלול לפגוע בצורה קשה ביכולות ובכשירות של מח"ש, וההשלכות של המהלך עלולות להיות חמורות מאוד - מתריע אפק. אין חולק שבמצב הקיים קשיים ואתגרים רבים, וכי יש הצדקה לשינויים בדרכי פעולתה של מח"ש. עם זאת, המודל הנוכחי, במסגרתו מח"ש משויכת ארגונית לפרקליטות המדינה, וכפופה להנחיות פרקליט המדינה והיועצת המשפטית לממשלה, מגן על עצמאותה ומאפשר להגשים את ייעודה, והוא עדיף בהרבה על המודל המוצע בדעת הרוב. לצד זאת אומר אפק, כי יישום המלצות מסוימות של מבקר המדינה ושל הוועדה יתרמו בהחלט לשיפור המצב, לדוגמה הגדרת מח"ש כיחידה מבצעית, הבטחת השירותים הניתנים לה על-ידי המשטרה ויצירת מנגנון משודרג לטיפול בכל התלונות המשמעתיות המוגשות נגד שוטרי משטרת ישראל.