עמית מדגיש בפתח פסק דינו, כי התפטרותו של בר אינה מייתרת את הצורך להכריע במחלוקת בין הצדדים. זאת, משום שמדובר החלטה חסרת תקדים בתולדות ישראל: החלטה על סיום כהונתו של ראש השב"כ, אחד משבעת בכירי השירות הציבורי שנדרשים באישור הוועדה המייעצת, וראש ארגון ביטחון. על-רקע זה התעוררו בעתירות שאלות כבדות משקל בנוגע לחוקיות ההליך החריג והתקדימי, וכן ביחס לפעילותו התקינה, לעצמאותו, ממלכתיותו ואי-תלותו של שירות הביטחון הכללי.
עמית מדגיש, כי אין מחלוקת שחוק השב"כ מסמיך את ה
ממשלה לסיים את כהונת ראש השב"כ, אך סמכות זו אינה מוחלטת. חלים עליה כללי המשפט המינהלי, ועל הממשלה להפעיל את שיקול דעתה בהתאם לתכליות ולמטרות שבבסיס החוק. חוק השב"כ נועד לאזן בין הצרכים הביטחוניים של ישראל ובין מחויבותה לעקרונות שלטון החוק ולשמירה על זכויות האדם. על-רקע זה נקבע בו, כי השב"כ יפעל בממלכתיות, באי-תלות ומבלי שיוטלו עליו משימות בעלות אופי מפלגתי-פוליטי.
עוד קובע עמית, כי ראש השב"כ – אשר עומד בראש שרשרת הפיקוד הארגונית ומשמש כגורם מקשר בין הדרג הפוליטי ובין הדרג המקצועי – הוא שומר סף שחובתו היא להבטיח, כי השב"כ עומד במשימתו לשמור על סדרי המשטר הדמוקרטי ומוסדותיו.
עמית קובע, כי נפלו פגמים משמעותיים בהליך קבלת ההחלטה לסיים את כהונתו של בר. בהתאם להחלטות הממשלה הרלוונטיות, היה על הממשלה להביא את הנושא לפני הוועדה המייעצת למינויים לתפקידים בכירים (בראשות נשיא בית המשפט העליון בדימוס,
אשר גרוניס), להציג בפני הוועדה תשתית עובדתית שמעוגנת במסמכים ובראיות, ועל הוועדה היה לערוך לו שימוע. עמית מגיע למסקנה זו על בסיס ניתוח החלטות הממשלה בנושא, ואומר שההחלטה הנוכחית שהתיימרה לבטל אותן, התקבלה בצורה פגומה המביאה לפסילתה.
עוד קובע עמית, כי נתניהו היה מצוי בניגוד עניינים במועד קבלת ההחלטה, על-רקע חקירות מקורביו במסגרת פרשת הדלפת המסמכים המסווגים ופרשת המימון הקטרי. זאת, בפרט מכיוון שהוא הודיע בעצמו, בכמה הצהרות תקשורתיות, כי החקירות נועדו לפגוע בו עצמו.
בר מעורב בעצמו בניהול אותן חקירות, ולכן לסיום כהונתו עשויה להיות השפעה משמעותית על התפתחותן. לכן, לא יכול נתניהו להיות מעורב בנושא. העובדה שהממשלה כולה החליטה על ההדחה אינה מרפאת את הפגם, שכן עצם השתתפותו בהליך פוגמת את כולו, מוסיף עמית. מה עוד, שעלול להתעורר הרושם שיתר השרים היו רק "ידו הארוכה" לקבלת ההחלטה.
עמית מוסיף, כי החלטת הממשלה התקבלה ללא תשתית עובדתית מספקת. נוכח אופיה התקדימי של ההחלטה, ולאור השלכותיה על האינטרסים הביטחוניים של ישראל ועל הצורך בשמירה על שלטון החוק וזכויות אדם, היה על הממשלה לתמוך את החלטתה בתשתית עובדתית בעלת משקל משכנע, חד-משמעי וברור. למרות זאת, הצעת ההחלטה לא נתמכה בראיות כלשהן, ונתניהו לא הציג בישיבת הממשלה את התשתית העובדתית שבגינה איבד, לטענתו, את האמון המקצועי בבר בחודשים האחרונים.
"החלטת הממשלה התבססה על תשתית עובדתית דלה ורעועה, אם בכלל. למעשה, לא יהא זה מוגזם לומר כי מה שעמד נגד עיני השרים היה אוסף של סיסמאות ללא דוגמה קונקרטית אחת לסיבה שבגינה נוצר צורך מידי ובהול לסיים את כהונת ראש השב"כ", אומר עמית. נתניהו לא הציג מסמכים כלשהם והשרים לא ביקשו לדעת מהי התשתית העובדתית להדחה.
הצהרתו של נתניהו בדבר אובדן האמון המקצועי הועלתה באורח עמום, כוללני ובלתי-מנומק, מוסיף עמית. היה עליו להציג דוגמאות קונקרטיות בגינן אבד לכאורה האמון בבר, ומדוע מבחינה אובייקטיבית לא ניתן לקיים יחסי עבודה תקינים בין הדרג המדיני ובין בר. "יחסי אמון אינם מילת קסם ועל ראש הממשלה הייתה מוטלת החובה לבסס את טענתו", מדגיש עמית. "בהינתן שבמהלך המלחמה התקיימו יחסי עבודה תקינים בין ראש הממשלה לראש השב"כ, הרי שקיים קושי ממשי בכך שלא הונחה תשתית עובדתית לביסוס הטענה כי אובדן האמון נבע משיקולים 'מקצועיים'".
עוד קובע עמית, שהממשלה ונתניהו לא עמדו בחובה לקיים שימוע לבר לפני קבלת ההחלטה על סיום כהונתו. נתניהו והממשלה לא הציגו בפני בר באופן מפורט דיו את הטענות כלפי תפקודו, ולא ניתן לו פרק זמן מספק להכנה לשימוע. מכיוון שמלכתחילה לא ניתנה לבר הזדמנות לקיים את זכות השימוע כהלכתה – נקבע שאין לראות באי-התייצבותו לישיבת הממשלה ויתור על זכויותיו בנושא.
לבסוף דוחה עמית את טענת הממשלה, לפיה מצב המלחמה לא אפשר לקיים הליך הדחה מסודר. "'שיקולי ביטחון' אינם מילת קסם שיכולה להכשיר 'דילוג' על כל חובותיה החוקיות של הממשלה. האתגרים הביטחוניים עימם מתמודדת מדינת ישראל מאז הקמתה לא יכולים להוות אפוא הצדקה כללית לסטייה מעיקרון שלטון החוק וממחויבות גופי השלטון לפעול כדין. ההפך הוא הנכון: השמירה על שלטון החוק היא תנאי הכרחי לשמירה על ביטחונה וחוסנה של מדינת ישראל – והדברים לא מאבדים מכוחם גם בשעת חירום".