השופטת גילה כנפי-שטייניץ ציינה, כי הפתרון שמציע בנימין נתניהו, ולפיו ראש השב"כ לא יעסוק בחקירות בלשכתו, הוא בלתי רגיל, שכן הוא מבקש לפתור את בעיית ניגוד העניינים לא על-ידי טיפול בה, אלא על-ידי פגיעה בסמכויותיו של הממונה. לדבריה, "יש כאן מנעד של חלופות, שאני לא בטוחה שכולן נשקלו. אבל לפני כן צריך להתמודד עם ההלכה לפיה המומחיות המקצועית בנושא ניגוד עניינים נתונה ליועץ המשפטי לממשלה, כאשר ההתערבות השיפוטית בה היא מצומצמת". הנשיא יצחק עמית דחה את הטענה לפיה מיארה עצמה מצויה בניגוד עניינים בשל המהלך להדחתה, שכן "כאשר אתה עוסק בתפקיד שלך, אתה חייב להידרש לנושא. ראש הממשלה לא יכול לקבוע את הסדר ניגוד העניינים לעצמו; זו הסמכות של היועצת המשפטית. במטריה הזאת נאמר במפורש בפסיקה, שמידת ההתערבות היא מצומצמת" - כולל בנוגע לניגודי עניינים של נתניהו עצמו. עמית הוסיף: "אפשר היה בגישה פרקטית יותר לא להגיע לאולם הזה. אבל זה מה שהיועצת המשפטית ביקשה אחרי פסק הדין [בנושא הדחת בר]: תנו לי שלושה-ארבעה ימים. זה לא קרה ולכן אנחנו כאן. יכול להיות שבהידברות אפשר היה למנוע את זה. יכול להיות שדלתות הפרקטיקה לא ננעלו, ואולי צריך להגיע להסדר כזה או אחר, אבל עכשיו אנחנו נמצאים בסיטואציה לא בריאה שאיש מהצדדים אינו רוצה אותה". השופט אלכס שטיין אמר כי יש למקד את הטענה בכך שהחוק קובע במפורש שראש השב"כ ימונה בהמלצת ראש הממשלה ודי בכך. עמית הגיב, שאין מחלוקת בנוגע לסמכות, אך מול זאת ניצב ניגוד העניינים. כנפי-שטייניץ הציעה לטעון, שבנסיבות אלו יגברו הוראות חוק השב"כ.