בתוך ימי ההסלמה מול אירן, נחשף כי צה"ל הפעיל לראשונה מבנה פיקודי חלופי וסודי לחלוטין - "מטכ"ל הצללים". על-פי חשיפתו (7.7.25) של יוסי יהושוע בעיתון ידיעות אחרונות, המבנה הופעל ביום פתיחת מבצע "עם כלביא", והופקד בידי סגן הרמטכ"ל אלוף תמיר ידעי, יחד עם אלופים ותתי-אלופים במילואים, שהוכשרו לתרחיש חירום מראש. "מטכ"ל הצללים" פעל ממיקום חסוי, הרחק מהקריה ומעיני הציבור, תוך ניתוק מלא ממערכות התקשורת הקיימות, כחלק מהיערכות למקרה של תקיפה ישירה על מפקדת צה"ל בתל אביב. ואכן, במהלך ימי הלחימה נרשמו ניסיונות תקיפה על הקריה, כולל פגיעות מדויקות סמוך למתחם עזריאלי ולמגדל דה וינצ'י, ודיווחים זרים על פגיעות גם בבסיס תל נוף. על-פי הדיווח, ההיערכות למבנה הפיקודי החלופי לא הייתה תגובה מיידית אלא חלק מתוכנית סדורה, שהלכה והתגבשה עוד לפני המבצע, בעקבות ההבנה כי חיסולם של בכירי הצבא האירני - בהם הרמטכ"ל, ראש אמ"ן ומפקד חיל-האוויר - עלול להצית ניסיון נקמה דומה כלפי בכירי צה"ל. בפיקוד העליון, שפעל במהלך המבצע מתחת לרמטכ"ל אייל זמיר, נמנו גם ראש אגף המבצעים היוצא אלוף עודד בסיוק, ראש אמ"ן אלוף שלומי בינדר, מפקד חיל-האוויר אלוף תומר בר ומפקד פיקוד העורף אלוף רפי מילוא. בסיום הלחימה הגדיר זמיר את המבצע כ"נקודת ציון מכוננת", והזהיר כי נדרשת היערכות מיידית להצטיידות נוספת, בעיקר בתחומי ההגנה האווירית והחימוש המדויק - לנוכח ההבנה כי אירן תפיק לקחים ותתכונן טוב יותר לסבב הבא.