המובילים את המחאה מצביעים גם על בעיות בהליך עצמו. לדבריהם, למעלה מ-2,500 תושבים מהשכונות החדשות בעיר, ובראשם רחוב אלוף גורן, חתמו על התנגדות רשמית, אולם איש מהם לא זומן לדיון בוועדת ההקצאות. התוצאה, לדבריהם, היא הליך שאיננו תקין - לכאורה אף בלתי חוקי - שבמסגרתו מתקבלות החלטות קריטיות בנוגע לנכסי הציבור, מבלי לאפשר דיון אמיתי או שקיפות כלשהי. בין הבולטים בהתנגדות עומד חנניה צפר, סגן ראש העירייה לשעבר, שהביע ביקורת חריפה על ההליך כולו ואמר: "לא מדובר בקהילה פעילה אלא בגוף שמייצר תדמית כוזבת לצורך קבלת תרומות, תקציבים ונכסים. זו לא הקצאה - זה ביזוי של המערכת. תוך כדי שמונעים מקום מילדים, בני נוער וקשישים שזקוקים לו באמת. זו לא רק שגיאה - זו שחיתות שלטונית. חובתו של ראש העיר לעצור את ההליך ולבחון מחדש את כלל ההקצאות בעיר". פסק הדין של בית המשפט המחוזי מ־2019 התייחס לבקשה להקצות לעמותה מגרש בלבד, אולם יישום הפסיקה כפוף לקיום פעילות ממשית ולא ערטילאית. ועדת ההקצאות העירונית דנה לפני שבועיים בבקשה להקצות לעמותה מבנה בשטח של 250 מ"ר – מבלי לבדוק כלל אם לעמותה מתקיימת פעילות בפועל, דבר שלדברי צפר מנוגד לחוק ולנוהל משרד הפנים.

אל מול הטענות הקשות הללו, מסרה עיריית ראש העין תגובה רשמית לפניית News1, שבה היא מבקשת להנמיך את גובה הלהבות ולהבהיר את תמונת המצב העדכנית. לדבריה, "הליך ההקצאה לעמותת 'בבת עין' מתבצע בהתאם לנוהל הקצאת מקרקעין ללא תמורה או בתמורה סמלית של משרד הפנים". עוד נמסר כי "ההליך נמצא בשלב שלאחר קבלת התנגדויות בכתב ושמיעת הטענות להתנגדויות בעל-פה, אליו זומנו נציגי המתנגדים. טרם התקבלה החלטת ועדת הקצאות לבקשת ההקצאה. ככל שוועדת הקצאות תמליץ על ההקצאה, בקשת ההקצאה תובא לאישור מליאת המועצה, כפי שקובע נוהל משרד הפנים". בעניין המבנה ברחוב מבצע דני, שהוסב בפועל לבית תפילה, מבהירה העירייה כי אין מדובר בהקצאה אלא בשימוש זמני בהסכמה. "העמותה כיום עושה שימוש בחלק ממבנה ציבור ברחוב מבצע דני, בשעות ובימים מסוימים. השימוש עוגן בהסכם ובתשלום, כמו עוד בתי כנסת בעיר", נאמר בתגובה. בכך מבקשת העירייה להקביל בין הקהילה הרפורמית לבין גופים דתיים אחרים בעיר העושים שימוש במבנים קהילתיים - הגם שמדובר באוכלוסייה קטנה בהרבה ובשימוש מצומצם להפליא. ברקע המחלוקת עומדת גם פסיקה של בית המשפט המחוזי מ־2019, שקבעה כי על עיריית ראש העין להקצות לעמותת "בבת עין" מבנה קבוע לשם קיום פעילותה הדתית. הפסיקה ניתנה במסגרת הליך משפטי שניהלה הקהילה הרפורמית, ובסופו הגיעו הצדדים להסכמות, שבעקבותיהן התחייבה העירייה לפעול להקצאה ייעודית. "נקבע כי העירייה מכירה בצורך להקצות לעמותה בית כנסת לשימושה", נכתב בתגובה הרשמית. קהילת "בבת עין" פועלת ומתפללת בראש העין מזה למעלה משני עשורים, ומזוהה עם הזרם הרפורמי. לפי נתוני התנועה ליהדות מתקדמת, הקהילה מקיימת תפילות שוויוניות, טקסי בת מצווה, ערבי לימוד, אירועים חברתיים וחגיגות יהודיות. עם זאת, גם לפי תיאורי העמותה עצמה, רוב הפעילות מתבצעת במתכונת מקוונת - וכרגע אין מבנה קבע פעיל בו מתנהלות פעילויות קהילתיות יומיומיות. בעירייה יש המביעים תמיכה במהלך. ראש העירייה רז שגיא אמר בעבר כי "גם לרפורמים מגיע" וציין שחובת העירייה היא לשרת את כל המגזרים בעיר. מנגד, קבוצות דתיות וחרדיות בעיר הגיבו בתקיפות, ובשנה האחרונה אף פורסמו עצומות של רבנים שקראו לבטל כל מהלך שכזה. לפי שעה, העירייה מבקשת להציג את הדברים כהליך פתוח שטרם הוכרע, אולם מבחינת המתנגדים - עצם קיומו של שימוש בפועל עוד לפני שההקצאה אושרה, והתחמקות, לטענתם, מדיון ציבורי שקוף - מהווים עילה מספקת לעתירה משפטית. בימים הקרובים צפויה להתקיים ישיבה נוספת בוועדת ההקצאות העירונית, שבה ייתכן שתתקבל הכרעה עקרונית. תושבים מאיימים כי אם ההליך לא יבוטל - הם לא יהססו לפנות לערכאות.