כתב גלי צה"ל ישראל פישר עורר סערה לאחר שבשידור הבוקר בתוכנית "יומן בוקר טוב ישראל" תיאר את שביתת ההזדהות עם החטופים כ"צעד סמלי וחשוב", והוסיף ביקורת חריפה על הממשלה: "בלי שביתה כללית של ההסתדרות, קשה לנתח עד כמה ישובשו החיים של האזרחים וכמה תעלה המודעות להפקרות הממשלה בנוגע להצלת החטופים". בתלונה נגד העורך הכלכלי, שהגיש ארגון בצלמו לממונה על פניות הציבור בתחנה, טען מנכ"ל הארגון שי גליק כי מדובר בחריגה חמורה מכללי האתיקה העיתונאית ומהמחויבות לשידור ציבורי מאוזן. לדבריו, פישר מרבה לתקוף את הממשלה לא מתוך פרשנות מקצועית, אלא כהבעת דעות אישיות וציניות - ללא נימוק מקצועי או הצגת מגוון דעות. עוד נכתב בתלונה כי על-אף הודעת התחנה מהבוקר על יישום המלצות ועדת זמיר "בחרדת קודש", בפועל היא מטרפדת קוד אתי מחייב ומאפשרת לכתביה "לעשות כבתוך שלהם", לעיתים אף בשידור עמדות פוליטיות מסיתות. גליק הדגיש כי תחנת שידור ציבורית הממומנת מכספי הציבור חייבת להבטיח איזון, דיוק ואובייקטיביות - ולא לשמש כלי לקידום עמדות פרטיות. תגובת גלי צה"ל: "אנו מקפידים כי אירועים חדשותיים המסוקרים בגלי צה"ל בתוכניות השונות יעברו מסננת עריכה עיתונאית עניינית וכתבינו נדרשים להפגין מקצועיות ודיוק בדיווחיהם". במקביל, התעוררה מחלוקת נוספת סביב המוזיקאי והשדרן איל פרידמן (קוואמי), שזומן לשיחה עם הנהלת גלגלצ לאחר שחתם על עצומת אמנים שהאשימה את לוחמי צה"ל בפשעי מלחמה. גליק פנה במכתב לשר הביטחון ולמפקד גלי צה"ל ודרש להפסיק את העסקתו, בעוד שבגלגלצ הבהירו כי החתימה הייתה החלטה אישית של מגיש במעמד יועץ חיצוני, שלא קיבלה ביטוי בשידוריו, וכי נערכה עמו שיחה בה הודגש הצורך לנהוג באחריות גם מחוץ לשידור. גליק הגיב כי מי שחותם על מכתב מלא עלילות דם אינו יכול להמשיך לייצג את השידור הציבורי הצבאי.