ראש צוות התביעה, עו"ד שירה קני-טל, נימקה את ההסדר בעיקר בקשיים ראייתיים משמעותיים ומהותיים, אשר התגלו לדבריה בעדויות של ערן מלכה וע"י, העוזרת האישית של פישר, שהיו עדי מדינה. היא הצביעה על סתירות מובהקות בעדותו של מלכה, למשל בנוגע למועד הפיכתו לעד מדינה וההטבות שקיבל. קני-טל הזכירה, כי סובל "העיר לא אחת לאורך ההליך וביתר שאת לקראת סיום פרשת התביעה, כי לא ניתן לסמוך על עדותו של מלכה ולא ניתן לקבוע על-פיה ממצאים". לדברי קני-טל, "קשה להסתמך על עדי המדינה ובמיוחד על מלכה, ולעשות שימוש בעדותו כעמוד התווך בבסיס הראייתי נגד פישר. כבר בחקירה הנגדית של ע"י ניתן היה להבין שהיא לא יודעת, לא זוכרת וחוזרת בה מרבים מן הדברים". היא גם הצביעה על קשיים בעדותו של ששון חי, שהיה עד מדינה בפרשת הקבלן זוהר בוצ'ן, שהובילו לכך שלא ניתן להתבסס עליו. "ביחס לפרשת לובינסקי: כבר בעדותו של מלכה עלו קשיים, והם הלכו והתעצמו במהלך המשפט וביתר שאת בפרשת ההגנה, שהציגה מסמכים שהיו בסתירה לדברים שהיו בפני התביעה במועד הגשת כתב האישום. התביעה הגיעה למסקנה, שגם באישום זה התשתית הראייתית קרסה".

נימוק נוסף, אמרה קני-טל, הוא "מחדלים, קשיים ופגמים שהתגלו במהלך המשפט, שחובת התביעה לתת את הדעת עליהם ושיש להם השפעה משמעותית על התשתית הראייתית". היא דיברה במיוחד על מזכר של ח"כ משה סעדה, לשעבר סגן ראש מח"ש, "שצץ לאחר תשע שנים בדרך לא דרך", וממנו עלה שהיה מידע מודיעיני שמסר מלכה ושתוכנו אינו ידוע. שאלה מרכזית נוספת הייתה שאלת מועד הפיכתו של מלכה לעד מדינה, אשר "אינה חפה מקשיים, בלשון המעטה". "בשל ההתפתחויות האלה, ולא רק, בית המשפט העיר לא אחת, כי יש קושי משמעותי לקבוע ממצאים עובדתיים בתיק", הזכירה קני-טל. היא אמרה כי הערותיו של סובל על הקשיים הראייתיים והפגיעה בהגנתו של פישר, מילאו גם הן תפקיד בהחלטה להגיע להסדר. בתשובה לביקורת הצפויה על ההסדר, אמרה קני-טל: "התביעה לא רשאית שלא לבחון כל העת את התשתית הראייתית בתיק, היא לא רשאית להישאר מקובעת עם מה שיצאה איתו לדרך אם מתגלים דברים מהסוג שמתגלה כאן, היא לא רשאית להתעלם מהראיות וסיכויי ההרשעה בתיק. ההסדר הזה הוא גם לקיחת אחריות מצד התביעה. היא שקלה ובחנה את מה שנשאר בחומר הראיות, את הקשיים והפגמים ונתנה להם את המשקל שיש לתת להם. ההגעה להסדר משקפת את ההכרה של התביעה בנסיבות שנוצרו". לדבריה, שיקול משני הוא חיסכון ויעילות בזמן שיפוטי. "אפשר לגחך ולומר: עשר שנים, על מה את מדברת. הניהול הזה – בעקבותיו התגלה מה שהתגלה, והקשיים התגלו בעקבות הניהול הזה. המטרה של משפט היא חקר האמת. עוד הייתה צפויה פרשת הגנה ארוכה ומרובת עדים, דבר שהיה צפוי להערכתנו להתארך לחודשים ארוכים וכנראה שנים".

במרכז פרשת פישר עומדים קשריו עם רב-פקד לשעבר ערן מלכה, שהיה קצין ביחידה הארצית לחקירות כלכליות בלהב 433. מלכה הודה כי העביר לפישר מידע סודי על חקירות רגישות, כך שפישר יכול היה לסחור בו, ונדון לשבע שנות מאסר. לטענת המדינה, פישר פנה למי שנגדם נוהלו החקירות הסמויות והציע לייצג אותם, ובכמה מקרים הבטיח להם שיוכל לגרום לסגירת התיקים תמורת שוחד לקציני משטרה. במקרים אחרים, נטען, פברקו מלכה ופישר חקירות, כך שפישר "ייצג" את הלקוחות, קיבל שכר טירחה, התחלק בו עם מלכה ואז הודיע להם שהתיק נסגר. על-פי כתב האישום, מלכה הדליף לפישר את החשדות נגד ביטון בנוגע לקשריו עם העבריין יצחק אברג'יל (פרשה שבה הורשע ביטון חלקית) ואת השאלות שתכננו חוקריו להציג לו. פישר ודוד, שעבדה אז במשרדו, נפגשו עם ביטון בבודפשט ותדרכו אותו לקראת החקירה. מאוחר יותר מסר פישר לביטון את מועד מעצרו המתוכנן, הלה התאשפז, ומעצרו נדחה. פישר, דוד וביטון מואשמים בפרשה זו בשיבוש מהלכי משפט ובקבלת נכסים שהושגו בפשע. פרשה מרכזית שנייה נוגעת לחסן, לשעבר יו"ר ועד עובדי התפעול בנמל אשדוד. פישר ייצג אותו בעת החקירה נגדו (שהסתיימה בזיכויו מרוב העבירות), ועל בסיס הדלפות שקיבל ממלכה על הסגירה הצפויה של חלק מהתיקים - הציע לחסן להעביר דרכו שוחד לחוקרים כדי "להרוג את הפרשה". לאחר מעצרו של חסן אמר לו פישר כי תמורת 150,000 דולר - ידאג שלא יועמד לדין בשתיים מהפרשות. חסן פנה למח"ש, חוקריה תיעדו את מסירת מזוודת הכסף לפישר, וכך החלה הפרשה. פישר טוען כי היה זה סיפור בדים שנועד להוציא מחסן את שכר-הטרחה שהגיע לו. בפרשה זו מואשם פישר בעבירות שוחד, שיבוש מהלכי משפט, קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות ומרמה והפרת אמונים; במסגרת ההסדר נמחקו עבירות המרמה ומתן השוחד. הפגישה הלילית התקיימה באפריל 2014 בביתו של פישר והשתתפו בה פישר, דוד וע"י (העוזרת האישית של פישר, שהפכה לעדת מדינה). על-פי כתב האישום, השלושה נפגשו לאחר שבטעות קיבלו סניגוריה של ע"י החלטה של בית המשפט, המתירה למשטרה לעיין בתוכן הטלפונים הסלולריים שלה ושל פישר. ע"י הביעה חשש מן החדירה הצפויה, והמשתתפים דנו באפשרות שהיא תעזוב את הארץ ודוד הדריכה אותה כיצד להתנהג בחקירתה. פישר ודוד מואשמים בשיבוש מהלכי משפט. בעניינו של ברס טוענת המדינה כי פישר אמר לו שמתנהלת חקירה נגדו - למרות שלא הייתה כזאת - והציג בפניו מידע מודיעיני שמסר לו מלכה. הוא גם ביים מעקב אחריו, שאותו ביצעה בפועל העוזרת האישית של פישר, שהפכה לעדת מדינה. ברס נתן לפישר 77,000 אירו, במטרה שהלה ישחד שוטר תמורת מידע, ופישר התחלק בכסף עם מלכה. פישר וברס מואשמים בפרשה זו בעבירות שוחד ובשבועת שקר, ופישר - גם במרמה והפרת אמונים ובהלבנת הון.

סניגורו של פישר, עו"ד אלי פרי, אמר: "המדינה הגישה כתב אישום זניח ביחס למקורי. ההר לא הוליד עכבר, אלא חדף – היונק הכי קטן בעולם. במסגרת הבירור של התיק התגלה שלא מדובר בתיק השחיתות הגדול ביותר, אלא בתיק של התנהלות פסולה חמורה ביותר של מח"ש. "צעקנו את הדברים פה מהיום הראשון של התיק. זעקנו שמדובר בעדים זוממים שקרנים, זעקנו שמח"ש גייסה עדים כאלה, שנעשו פשעי חקירה ממש, עוולות ומחדלים שאין להם תקדים ואין להם שיעור. אני אומר מח"ש, כדי להבדיל מפרקליטות מחוז ירושלים המקצועית והאחראית. פרי אמר כי "יש אישומים שאסור היה להגיש מלכתחילה. מח"ש ידעה מלכתחילה שמדובר בעדויות שקריות" של עדי המדינה, וייחס ידיעה זו במפורש לסעדה ולראש צוות החקירה, דובי שרצר. לדבריו, "לא נותר אישום אחד שיש בו העברת כספים או קבלת כספים. "השיטה הזאת – של שיחות, של פגישות, של הסכמים עם צוות החקירה והנהלת מח"ש עם כל עדי המדינה – אין להם זכר בחומרי החקירה. הסכמים נעלמו מהתיק, כמו ההסכם הראשון עם מלכה. שנים הכחישו שאילון מכלוף הוא עד מדינה, ובחקירה הנגדית הוא תיאר שחתם על הסכם עם סעדה – הסכם שמעולם לא ראינו אותו". לדברי פרי, התיק "יכול היה להסתיים בזיכוי מהדהד. למרות זאת, ולמרות רוח הקרב שפעמה בכולנו ככל שהתגלו המעשים של מח"ש, אנחנו חיים בעולם מעשי וחשבנו שיש להיעתר להצעת הפרקליטות לסיים את התיק. חשבנו שנכון שפישר ישים את הפרק הזה מאחוריו, למרות הרצון העז שלו לעמוד על חפותו".