ראש המשל"ט האזרחי (הפרויקטור), טל בסכס, החל בביצוע התפקיד שלושה שבועות לאחר פרוץ המלחמה. מינויו הושלם רשמית רק ב-17.1.24, עם חתימתו על הסכם העסקה, ולאחר שלושה ימים הודיע בסכס שהחליט לסיים את תפקידו, מאחר שמצא שאין לו הכלים הדרושים למימוש האחריות שהוטלה עליו. האוצר לא הצליח במשך חודשיים לאייש את חמש המשרות של המשל"ט, משום שהוא ונציבות שירות המדינה התנהלו באיטיות שלא תאמה את הנסיבות. המשל"ט גם לא הצליח לקדם את הסברת פעולות הממשלה לציבור.
ההיערכות לפני המלחמה להפעלת פורום המנכ"לים בעת חירום, הייתה חסרה, היא לא הוסדרה ולא סוכמה באופן רשמי ואף לא הובאה לידיעת המנכ"לים של משרדי הממשלה. עד סוף דצמבר 2023 כינס מנכ"ל משרד רה"מ דאז,
יוסי שלי את, פורום המנכ"לים 27 פעמים; מאמצע דצמבר, מספר התכנסויות הפורום היה מצומצם מאוד. משרד רה"מ לא זימן לדיוני פורום מנכ"לים נציגים של היועצת המשפטית לממשלה, אגף התקציבים ואגף החשב הכללי.
פורום המנכ"לים לא קיבל החלטות ולא גיבש מענים פרטניים בנוגע לאתגרים, לחסמים ולצרכים במישור הבין-משרדי. ב-27 דיוניו בשלושת החודשים הראשונים במלחמה לא התקבלו החלטות. הפורום לא קיבל החלטות בסוגיות הרוחביות הנוגעות לתחום האזרחי ולחסמים הכרוכים בטיפול בהן, לרבות בנושאים מרכזיים שמצריכים טיפול מערכתי ובין-משרדי, כגון המענה הממשלתי במתקנים לקליטת תושבים שפונו מבתיהם, היערכות משרדי הממשלה בנוגע לזירה הצפונית והמחסור בעובדים זרים, לא קיבל החלטות לבצע עבודת מטה ולא קיבל החלטות להעלות נושאים לפני הממשלה.
אף על-פי שהממשלה הטילה את האחריות לגיבוש תמונת מצב לאומית על שלושה גופים ממשלתיים, לא הייתה לה תמונת מצב כזו במהלך המלחמה, בנוגע לטיפול במערך האזרחי ובתחומי הכלכלה והחברה. רח"ל גיבשה תמונת מצב חלקית על חלק מהיבטי הרציפות התפקודית בעורף; המרכז לניהול משברים לאומיים במשרד רה"מ גיבש תמונת מצב שאינה לאומית, אלא ממוקדת בתחום המדיני ובתחום הביטחוני, אשר הופצה רק לחברי הקבינט המדיני-ביטחוני; המשל"ט האזרחי לא פעל. הממשלה ומשרדי הממשלה חסרו אפוא נדבך חיוני בעל משקל לצורך קבלת החלטות ולצורך ניהול הטיפול בעורף בתחומים האזרחיים.
גופים ממשלתיים הפעילו במהלך המלחמה עשרות מוקדי חירום טלפוניים, לעיתים תוך כפילות ביניהם כיוון שמוקדים שונים עסקו באותם נושאים. 33 גופים ממשלתיים הפעילו 48 מוקדים: 21 מהגופים הפעילו מוקד אחד; תשעה גופים הפעילו שניים; ושלושה גופים הפעילו שלושה. מוקדים טלפוניים של משרדי ממשלה שונים העניקו מידע ושירות באותם נושאים, בייחוד בתחום הסיוע הנפשי, במתן סיוע לתושבים שפונו או התפנו מבתיהם, בגיוס מתנדבים ותרומות ובסיוע לנשים. הציבור התקשה לקבל מידע ולמצות את זכויותיו, קובע אנגלמן.