משרד ראש הממשלה, בראשותו של שלי, לא פעל כמתחייב מתחום אחריותו - לטפל בנושאים המצויים בתחומי אחריותם של כמה משרדי ממשלה, ביישום מדיניות הממשלה והחלטותיה והכרעה במחלוקות בין-משרדיות. פורום המנכ"לים של משרדי הממשלה הופעל על-ידי שלי ללא קביעת סדרי עבודה, שלא בהתאם להגדרת ייעודו, ללא קבלת החלטות שמקדמות מענה ישיר ומעשי על צרכים בזירה האזרחית, והחל מאמצע דצמבר 2023 - לא בתדירות הנדרשת במצב חירום אזרחי. הניהול הכולל של הצד האזרחי היה לקוי, חסר וחלש בגין שישה פערים יסודיים, קובע אנגלמן:

• היערכות לקויה לפני המלחמה להעמדת גורם מוביל אחד הנתמך במערך אופרטיבי לצורך ניהול הצד האזרחי שלה.

• פעילותם הלכה למעשה של גופי החירום שפעלו תחת משרד הביטחון – רשות החירום הלאומית ופיקוד העורף - ואי-מימוש אחריות-העל של גלנט לטיפול בעורף, עקב אי-השלמת הטיפול הממשלתי בהקניית סמכויות מתאימות לגורם מוביל ומרכז.

• כישלון הניסיון להעמיד מבנה תפקודי יציב לאחר פרוץ המלחמה. במקומו נוצר מבנה משתנה, לא סדיר, אשר לבש ופשט צורה מפעם לפעם.

• פעולה מצומצמת ודלילה של הפורום המדיני המוביל - הקבינט החברתי-כלכלי.

• פעולה לא אפקטיבית של פורום המנכ"לים בראשות שלי.

• המטה לביטחון לאומי לא סיפק כנדרש את תמונת המצב הלאומית והאינטגרטיבית בזמן המלחמה, בפרט בהיבטי הטיפול האזרחי.

"מאפיינים אלה של הניהול הכולל היו תשתית רעועה לטיפול הממשלה בצורכי הציבור במהלך המלחמה. זאת, עקב מחדל מתמשך של ממשלות ישראל מאז מלחמת לבנון השנייה לרבות הממשלה ה-37 בראשות נתניהו, אשר לא השלימו את הפעולות להסדרת סמכות ואחריות כוללת לניהול ההיבטים האזרחיים של הטיפול בעורף בעת מלחמה ולהסדרת פעילותו", קובע אנגלמן, וכאמור מטיל אחריות אישית. בנימין נתניהו לא הבטיח לאורך כהונתו על-ידי שימוש בסמכויותיו מתן מענה על החסר היסודי הידוע מאז מלחמת לבנון השנייה בהסדרת הסמכויות לניהול ההיבטים האזרחיים בעת חירום. בפרט לא הוסדרו באופן מלא הסמכות והאחריות הכוללת לניהול ההיבטים האזרחיים של הטיפול בעורף בעת מלחמה. גם נפתלי בנט ויאיר לפיד לא פעלו בנושא. B>>יואב גלנט ושרי הביטחון שקדמו לו לא הסדירו במשך שנים את מעמדם של גופי החירום. לפיכך, על-רקע החסר החמור במינוי גוף ממשלתי בעל סמכות ואחריות כוללת לניהול הטיפול בעורף, גופי חירום אלו והעומדים בראשם לא נתנו מענה מספק על פערים שונים במהלך המלחמה. רשות החירום הלאומי לא היוותה גוף חירום לאומי, המנהל את ההיבטים האזרחיים של הטיפול בעורף. פיקוד העורף, לו יש משאבים גדולים במיוחד, לא נתן מענה לצורכיהם של המפונים ותפקיד נציגיו באתרי המפונים לא היה ברור. בצלאל סמוטריץ לא השתמש בסמכויותיו כמי שעומד בראש הקבינט החברתי-כלכלי, לצורך הפעלת המנגנון שעליו החליטה הממשלה לטיפול בהיבטים האזרחיים של המלחמה; ועל שכשל ביישום החלטת הממשלה, אשר היה שותף לקבלתה, בדבר הקמת המשל"ט האזרחי והפעלתו ועל שלא פעל לשוב לממשלה ולדווח על כך, כדי לפעול לכך שהממשלה תקבל החלטה בדבר הגורם אשר יופקד על ניהול ההיבטים האזרחיים. לנוכח התמשכות הכשל על פני חודשי המלחמה, היה על נתניהו להידרש לנושא, כדי להביא ליישום את החלטת הממשלה. משרד מבקר המדינה מעיר ליוסי שלי, על האופן שבו הפעיל את פורום המנכ"לים - ללא קביעת סדרי עבודה וללא קבלת החלטות המקדמות מענה כולל על הצרכים בזירה האזרחית. ליקויים אלה פגעו בטיפול הממשלתי הכולל בתחום האזרחי. אנגלמן מסכם: "מדינת ישראל נמצאת בעיצומה של מלחמה נרחבת מתמשכת. על כן על הדרג המדיני, ובפרט ראש הממשלה, שר האוצר ושר הביטחון, וכן מנכ"ל משרד רה"מ, המל"ל ורח"ל, לנקוט לאלתר את כל הפעולות הנדרשות כדי להביא לתיקון הליקויים המפורטים בדוח ביקורת זה. פעולה מהירה ותכליתית לתיקון הליקויים חיונית ביותר כדי לבסס מערך ניהול ממשלתי כולל ואיכותי של ההיבטים האזרחיים במלחמה, כדי שמדינת ישראל תנהל כראוי את ההיבטים האזרחיים של המלחמה המתמשכת בעת הזו ותהיה ערוכה לאירועים המלחמתיים הבאים כמו גם לאירועי חירום אחרים".