בית המשפט העליון מציע (16.9.25), כי ועדת הבדיקה הממשלתית לפרשת פגסוס תמשיך בעבודתה, אך לא תעסוק בתיקים פליליים תלויים ועומדים. ההצעה היא אימוץ עמדתה של היועצת המשפטית לממשלה, גלי מיארה, ואם תתקבל - משמעותה היא שהוועדה לא תעסוק בתיקי נתניהו, למרות שבפועל אלה היו אחד הגורמים המרכזיים להקמתה. הצדדים התבקשו להגיב על ההצעה עד 19.10.25. הממשלה הקימה לפני שנתיים את הוועדה, בראשות השופט בדימוס משה דרורי, על-פי הצעתו של השר יריב לוין ולמרות התנגדותה של מיארה, אשר הביעה חשש לפגיעה בהליכים המצויים בעיצומם. ראש השב"כ לשעבר, נדב ארגמן, עתר לבג"ץ נגד הקמתה לצד בכירים נוספים. את הצעת הפשרה גיבשו הנשיא יצחק עמית והשופטים עופר גרוסקופף וחאלד כבוב, לאחר שהוציאו צו על תנאי וקיבלו את תגובות הצדדים. על-פי ההצעה, "הוועדה תימנע מכל עיסוק בהליכים פליליים פתוחים, בין אם הוגש כתב אישום ובין אם לאו. לעניין זה מובהר כי הוועדה לא תבקש ולא תקבל כל מידע בנוגע להליך תלוי ועומד (למעט הכללתו בנתונים סטטיסטיים); לא תחקור עדים בקשר להליך תלוי ועומד; ולא תתייחס בממצאיה ובמסקנותיה להליך תלוי ועומד. "בשל כך שעבודת הוועדה עשויה להשליך על הליכים פליליים תלויים ועומדים, וזאת גם אם לא תעסוק בהם במישרין, ייערך תיאום עם הייעוץ המשפטי לממשלה ביחס לאמור. התיאום יבוצע מול גורם שתקבע היועצת המשפטית לממשלה, אשר אין לו נגיעה אישית לתחומי עבודת הוועדה", דהיינו - מי שלא עסק בשימוש ברוגלות ובבדיקה הפנימית של הפרשה. עמית, גרוסקופף וכבוב מסבירים: "להתרשמותנו, בהינתן השאלות המערכתיות שהונחו לפתחה של הוועדה, אין באמור כדי לפגוע בליבת עבודתה, וזאת במיוחד בשים לב לכך שההתנהלות הנבחנת על ידה נוגעת גם למספר רב של תיקי חקירה שאינם תלויים ועומדים, בין מאחר שנסגרו ללא הגשת כתב אישום; בין מאחר שההליכים הפליליים בעניינם הסתיימו כבר בפסק דין חלוט".