משרד הבריאות העביר הנחיות מעודכנות לבתי החולים לקראת קליטת השבים מהשבי באוקטובר 2025, תוך התאמת הפרוטוקול הרפואי הקיים להערכת מצבם הרפואי והנפשי. ההנחיות קובעות סטנדרט אחיד למתן טיפול רפואי, נפשי ולוגיסטי מיידי, עם דגש על פרטיות, רצף טיפולי והתאמה אישית לכל שב.
בניגוד למבצעים קודמים, בתי החולים התבקשו להיערך לקליטת קבוצה גדולה של שבים במקביל. ראש חטיבת הרפואה במשרד הבריאות, הד"ר הגר מזרחי, ציינה כי "מערכת הבריאות ערוכה ומוכנה לקבלת השבים במצוינות, במקצועיות ובענווה גדולה", והוסיפה כי הפרוטוקול המעודכן נבנה מהניסיון המצטבר ומבטיח שכל שב יקבל את המענה המדויק לו ולמשפחתו.