הרמטכ"ל, רב־אלוף אייל זמיר, ערך בירור עם מפקד המכללות, אלוף דן נוימן, בעקבות סיור למידה של קורס פיקוד ומטה בתחילת ספטמבר, במהלכו נפגשו חניכי הקורס עם אשרף אל־עג׳רמי, לשעבר שר האסירים ברשות הפלשתינית. הפגישה, שדבר קיומה נחשף בחדשות 14, התקיימה ללא אישור מראש מצד גורמי הצבא, והנושא עורר סערה ציבורית וביקורת חריפה. לפי גורמים המעורים בפרטים, במהלך המפגש העלה אל־עג׳רמי טענות על "ג’נוסייד בעזה", דבר שהגביר את חומרת האירוע בעיני צה"ל. הנחיית הרמטכ"ל: תחקיר מעמיק הרמטכ"ל הדגיש כי הוא רואה את הנושא בחומרה רבה, במיוחד נוכח מעמדו של קורס פיקוד ומטה כגורם המעצב את סגל הפיקוד הבכיר לעתיד. זמיר הנחה את אלוף נוימן לקיים תחקיר מעמיק שיבחן כיצד אושרה הפגישה, מי היה מעורב בתיאומה, ומהם הנהלים שיש לחזק כדי למנוע הישנות מקרים דומים. שר הביטחון ישראל כ"ץ התייחס גם הוא לפרשה ואמר כי וידא מול גורמי הצבא ש"הופעות ודוברים בפני חיילי צה"ל יאושרו מראש בלבד, ותומכי טרור כמו שר האסירים לשעבר - לא יורשו לעולם להופיע בפני חיילי צה"ל".