מפקד גלי צה"ל, טל לב רם, הגיש לוועדה מכתב רשמי לפני סיום עבודתה, ובו הביע הסתייגות חריפה מהליך הבדיקה ומהכיוון שניכר כי הוא נוקט. לב רם טען כי הוועדה התעלמה ממסקנות ועדת זמיר, שפעלה לפני כשנתיים בראשות מנכ"ל משרד הביטחון דאז והרמטכ"ל לשעבר רב־אלוף אייל זמיר, והמליצה כי יש לשמור על פעילות התחנה כגוף תקשורת צבאי וציבורי. במכתבו הדגיש לב רם כי מאז כניסתו לתפקיד לפני כשנה וחצי, התחנה קיימה באופן מדוקדק את המלצות ועדת זמיר, וביצעה "שינויים מרחיקי לכת" בלוח השידורים, בהיבטים דיגיטליים ובשיתופי הפעולה עם גורמי ביטחון וחברה אזרחית. "מחלקת האקטואליה", כתב לב רם, "שותפה לתהליכים אלה ומהווה חלק חשוב במפת התקשורת הישראלית. היא תורמת תרומה משמעותית לחופש הביטוי ולעבודה עיתונאית ממלכתית". לדבריו, גלי צה"ל ממלאת את ייעודה הצבאי והציבורי מדי יום: "התחנה מביאה את קולות החיילים מהשטח ופועלת למען המשרתים, וכגוף ממלכתי היא מביאה לציבור תכנים בעלי ערך ודיווחים חדשותיים". בסיום כתב: "לפיכך אנו עומדים על הצורך לאפשר לגלי צה"ל להמשיך להתקיים ולממש את ייעודה במתכונתה הנוכחית. אין לעקור נטוע". ביקורת נגדית: "מרי מול הדרג הממונה" עם זאת, גורמים ביטחוניים לשעבר מציינים כי עצם נוסח התגובה של התחנה - שנכתבה בשם גלי צה"ל כמוסד צבאי, תוך פרסומה לתקשורת - מהווה חריגה חריגה מן המקובל בצה"ל. לדבריהם, תחנה צבאית איננה גוף עצמאי אלא כפופה לשר הביטחון ולרמטכ"ל, והבעת התנגדות פומבית למסקנות ועדה שמינה השר היא ביטוי למרי מוסדי. "גלי צה"ל לא יכולה לנהל קמפיין נגד משרד הביטחון כאילו הייתה תחנה פרטית", אמר גורם ביטחוני בכיר לשעבר. "יש הבדל בין הגנה על חופש העיתונות לבין ערעור על סמכות הדרג המדיני לקבוע את עתיד התחנה". מנגד, עיתונאים וגורמים לשעבר בתחנה טענן במהלך דיוני הוועדה כי מדובר במאבק על מהותה של העיתונות הצבאית ועל הזכות של החיילים והציבור לשמוע קול עצמאי מתוך מערכת הביטחון עצמה. "גלי צה"ל תמיד הייתה מראה של החברה הישראלית", אמר אחד מהם, "ומי שמבקש להשתיק אותה מבקש להחליש את המרקם הדמוקרטי". הוועדה, בראשות הד"ר דליה זליקוביץ, בחנה את פעילות התחנה במשך שלושה חודשים והמליצה על שתי חלופות בלבד: ביטול שידורי האקטואליה או סגירת התחנה. היא קבעה כי עיסוק באקטואליה תחת סמל צה"ל הוא "צלם בהיכל" וכי אין לו אח ורע במדינות דמוקרטיות אחרות. מנגד, גלי צה"ל טוענת כי פעלה בשנים האחרונות לשמר את אופיה הממלכתי, לשפר את ההפרדה בין גופי הפיקוד לעריכה, ולחזק את תפקידה כגוף תקשורת ציבורי ולא פוליטי. עם זאת, מבקריה מצביעים על כך שמאז שנות ה־90 הפכה התחנה לזירת שיח פוליטי מובהקת, עם מגישים המזוהים עם עמדות מובהקות, לרוב כאלה המזוהות עם השמאל המדיני, הפוליטי והחברתי, דבר שחיזק את הטענות על חוסר ניטרליות. התגובה החריפה של גלי צה"ל לדוח הוועדה מציבה את התחנה על מסלול התנגשות עם משרד הביטחון והעומד בראשו. בעוד מפקדה מבקש להציג זאת כמאבק על החופש העיתונאי והמורשת הצה"לית, מבקריו רואים בכך התנגדות פומבית של גוף צבאי להחלטה מדינית, דבר המעורר שאלות על גבולות העצמאות של גוף תקשורת ממלכתי הפועל תחת מערכת הביטחון. בכאן חדשות פורסם, כי שר הביטחון ישראל כ"ץ נוטה להחליט על סגירת תחנת גלי צה"ל, בעקבות ההמלצות. על-פי הערכות גורמים משפטיים, האפשרות להפרטת תחום האקטואליה בתחנה מורכבת יותר ליישום מבחינה חוקית וניהולית, ולכן במשרד הביטחון נוטים להעדיף את סגירת התחנה הצבאית והקמת תחנת שידור אזרחית במקומה. ההחלטה צפויה להתקבל בימים הקרובים.