לאחר הרצח התברר כי היורה הוא אל-נוסייר, אזרח מצרי שהתגורר בארצות הברית. הוא נעצר בזירת האירוע אך שוחרר תחילה, ורק מאוחר יותר הורשע בעבירות טרור אחרות - לאחר שנחשף כי השתייך לרשת הטרור של השייח' עומר עבד אל-רחמן, שניסתה לפוצץ את מגדלי התאומים כבר בשנת 1993. כמאה אלף איש השתתפו בלוויה של הרב כהנא. מותו הותיר חותם עמוק בקרב תלמידיו, שראו בו נביא אזהרה מפני הסכנות ליהדות ולמדינה. מנגד, רבים ראו בו מי שדחף לגזענות ולפילוג. תנועתו הוצאה אל מחוץ לחוק, אך רעיונותיו המשיכו להשפיע על קבוצות ימין רדיקליות בישראל גם בשנים שלאחר מכן.