הקרע בין שר הביטחון ישראל כ"ץ לבין הרמטכ"ל אייל זמיר הגיע לשיא חדש, לאחר שזמיר תקף במרומז את ההנהגה המדינית בנאומו (26.11.25) לזכר דוד בן־גוריון - ובדרג המדיני הגיבו בחריפות ואמרו כי דבריו "מעמיקים את המשבר" ואף עשויים לשאת השלכות. באירוע לציון 52 שנים לפטירתו של בן־גוריון אמר הרמטכ"ל: "היום ברור לנו מעל לכל ספק שנדרשת מנהיגות אמיצה, תכליתית ומשנה מציאות. מנהיגות שגם מכירה בכישלון וגם מעזה להוביל שינוי". הדברים נאמרו ברקע העימות הפומבי בינו ובין שר הביטחון, כאשר השניים אינם נפגשים בארבע עיניים מזה זמן רב. גורמים בסביבת זמיר אמרו כי הוא "בחר בקפידה כל מילה" וכי הנאום עבר גלגולים עד שהתקבלה הגרסה שנשמעה בפומבי. מבחינתם, המסר היה מכוון וברור - ועסק בחוסר נכונות הדרג המדיני לקחת אחריות על הכשלים שקדמו לטבח. במקביל, זמן קצר לאחר האירוע, השתתפו זמיר וכ"ץ בדיון ביטחוני בלשכת השר בקריה, יחד עם ראש הממשלה נתניהו, ראשי שב"כ והמוסד ושר האוצר בצלאל סמוטריץ'. חרף השתתפותם באותו חדר - הקרע בין השניים לא נפתר. הדרג המדיני: "חתר תחת הסמכות" במענה לנאומו, אמרו גורמים פוליטיים כי דבריו של זמיר "לא יעברו לסדר היום" וכי הם "רק מעמיקים את המשבר". בסביבת השר כ"ץ תקפו בחריפות וטענו: "הוא חצה קו אדום וחתר תחת סמכות הדרג המדיני, זה גובל במרידה בסמכות". לדברי אותם מקורבים, הרמטכ"ל "לא שיתף את השר במסקנות ובהמלצות שקיבל, ואולי הסתיר דברים נוספים". עם זאת, הם הדגישו כי אין כוונה לפטרו - אך הוסיפו כי "הוא צריך לדעת את מקומו". הטענה המרכזית של אנשי השר היא שהרמטכ"ל מציג מצג חלקי ומנהל מהלכים עצמאיים, בניגוד לסמכותו. זו ביקורת חריפה, והעובדה שהיא נמסרה באופן פומבי מעידה על עומק המשבר. "תחקיר התחקירים" - וההודעה החריפה של זמיר הימים האחרונים היו מתוחים במיוחד. שר הביטחון הורה למבקר מערכת הביטחון, תא"ל (מיל') יאיר וולנסקי, לבחון מחדש את דוח ועדת תורג'מן - "תחקיר התחקירים". כ"ץ דרש לבדוק האם נדרשים תחקירים נוספים בנושאים שלא נבחנו על-ידי צה"ל, ושלא נכללו במסגרת עבודת הוועדה. החלטה זו הציתה את תגובת הרמטכ"ל, שהוציא הודעה תקיפה באופן חריג: "ההחלטה להטיל דופי בדוח, שנכתב במשך שבעה חודשים על-ידי 12 אלופים ותתי־אלופים, שסוכם על-ידי מפקד הצבא ושהוצג לשר באופן אישי - מעוררת תמיהה". לאחר מכן שלח זמיר עקיצה כלפי הדרג המדיני: "צה"ל הוא הגוף היחידי במדינה שתחקר את עצמו לעומק על מחדליו ולקח עליהם אחריות. אם נדרשת בחינה נוספת, עליה להיות בדמות ועדה חיצונית לצה"ל, אובייקטיבית ובלתי תלויה, שתבחן את התהליכים הבין־ארגוניים והרב־מדרגיים שקדמו למחדל 7 באוקטובר ובכלל כך הממשק בין הדרג הצבאי למדיני".