הרכבת הקלה בגוש דן אינה ערוכה כיאות להתמודדות עם איומי טרור - קובע (2.12.25) מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן. זאת, למרות שמערכות הסעת המונים הן יעד מועדף על מחבלים בארץ ובעולם, ולמרות הפיגוע בתחנה שלה ביפו באוקטובר אשתקד, בו נרצחו שבעה בני אדם ונפצעו 16. שלא כמו ברכבת, שבכל אחת מתחנותיה מבוצע בידוק לנוסעים ולכבודתם, הכניסה להרכבת הקלה בגוש דן מבוצעת בדומה לאופן העלייה לאוטובוס ומונהגת בה שיטת אבטחה ושיטור גלויה וסמויה. יחידת האבטחה האורגנית של נת"ע ויחידה מיוחדת של משטרת ישראל מופקדות על אבטחת הקו האדום בעת שגרה ועל מתן מענה מיידי בשעת חירום. האבטחה בעת שגרה כוללת שימוש באמצעים טכנולוגיים וכן נוכחות קבועה של מאבטחים בתחנות, סיורים של המאבטחים וסיורים של כלבנים.   על-פי תרחיש הקיצון לאירוע טרור, יהיו בו נפגעים רבים. אך למרות האיומים החמורים על הרכבת הקלה, אין קביעה נורמטיבית לגבי הגוף שבסמכותו לקבוע או לאשר את תרחיש הנפגעים לאירוע כזה; בפועל רשות החירום הלאומית קבעה את התרחיש בהתבסס על עבודות חקר ביצועים של המשטרה ונת"ע. בראיית רשות החירום הלאומית, משרד התחבורה אמור לאשר את תרחיש הנפגעים, ובראיית המל"ל - משרד התחבורה אמור להוביל את עבודות המטה בתחום הביטחון לגבי פרויקטים תשתיתיים תחבורתיים. משרד התחבורה לא הסכים עם תרחיש הנפגעים שקבעה רשות החירום הלאומית בספטמבר 2019 לגבי הרכבת הקלה, משום שמספר הנפגעים היה לדעתו גבוה. עד סיום הביקורת, בינואר 2025, משרד התחבורה לא הציג עבודת מומחים מטעמו כחלופה לתרחיש זה, אף שהוא הגוף האחראי לתשתיות התחבורה והגוף המתקצב את בניין הכוח שלהן. עוד לפני פרוץ מלחמת חרבות ברזל, וביתר שאת לאחר פרוץ המלחמה, הלך והצטמצם מספר המאבטחים של נת"ע, ובמספר מקרים היה מספר המאבטחים במשמרת פחות מהתקן, ובשני מקרים - נמוך מהסף המזערי. גם הריענונים לשמירת הכשירות שלהם, דוגמת אימוני קרב מגע שאינם מבוצעים במסגרת המילואים, הצטמצמו. הפגיעה ברמת האבטחה של מערך הסעת ההמונים עלולה להעמיק, משום שבעתיד צפויים לפעול עוד שני קווים של הרכבת הקלה גוש-דן וכן רכבת המטרו, דבר שיגדיל את הפער בין הצורך להיצע בתחום זה. נמצאו פערים גם בתחום פינוי הנפגעים, אך פרטיהם לא פורסמו משיקולי ביטחון. מערכת הקשר של מד"א עדיין אינה מתקשרת עם מערכות הקשר של המשטרה ונציבות כבאות והצלה, ולכן בקרות אירוע - יִקשה על צוותי מד"א לתקשר עם יתר גופי החירום וההצלה. צוותי מד"א הפועלים בתת-הקרקע אינם מצוידים במכשירי קשר נישאים (הללו נמצאים רק באמבולנסים), והם משתמשים בתווך זה בטלפונים סלולריים. במקרה של קריסת הרשת הסלולרית לא תהיה לצוותים דרך לתקשר ביניהם באמצעים טכנולוגיים, אלא באופן פיזי או באמצעות גורם שלישי המחזיק באמצעי קשר טכנולוגיים (כגון שוטר או איש כבאות). למרות החשיבות הרבה של מתקן לאומי לאימוני כוחות ההצלה בתווך התת-קרקעי, לא קודמה הקמת המתקן על-ידי הגופים שראו בכך צורך ואשר היו שותפים לדיון בנושא זה בשנת 2016: משרד התחבורה, המשרד לביטחון לאומי, משרד האוצר, המשטרה והכבאות. לכן מאז הועלה הנושא על הפרק בשנת 2016 ועד מועד סיום הביקורת, ינואר 2025, לא הוקם מתקן כזה, ואף לא החלה הקמתו.