בייעוץ המשפטי סבורים כי נכון להקנות את הסמכויות דווקא לראש הישיבה, ולא לגורם מנהלי, שכן מדובר בסמכויות מהותיות המחייבות היכרות אישית וקשר רציף עם הלומדים. לטענתם, אין מדובר בפעולות ניהוליות טכניות של עמותה, אלא בהכרעות שיש להן השלכה ישירה על מעמדו של התלמיד מול חוק שירות ביטחון. על-רקע זה המליצו המשפטנים לדון מחדש בשאלה אם ראוי להותיר את הסמכות בידי מנהל הישיבה או להעבירה לראש המוסד. בנוסף הציע הייעוץ המשפטי להוסיף תנאי סף חדש: שר הביטחון יוכל לכלול ישיבה ברשימה רק אם ראש הישיבה לא הורשע בעבירה פלילית, אשר מפאת מהותה, חומרתה או נסיבותיה אינה מתיישבת עם כהונה בראש מוסד חינוכי.

הסרה מהרשימה והיקף אי־הציות סעיף נוסף בהצעת החוק מקנה לשר הביטחון סמכות להסיר ישיבה מרשימת הישיבות המוכרות. זאת לאחר שניתנה למנהל הישיבה, או למי שהוסמך מטעמו, הזדמנות לטעון את טענותיו. ההסרה תתאפשר אם ייקבע כי בישיבה לא מתקיימים תנאים מהותיים שנקבעו בחוק. עמדת הייעוץ המשפטי בעניין זה חדה: מלכתחילה אין לקבוע הסדר המאפשר לישיבה להיכלל ברשימה אם חלק מתלמידיה אינם מתייצבים לרישום ולבדיקה רפואית, כפי שמחויב כל מועמד לשירות ביטחון. לדבריהם, החוק מחייב כל תלמיד להתייצב, ועל הישיבה מוטלת החובה לוודא זאת. עם זאת, הייעוץ המשפטי מכיר בכך שבפועל ייתכנו מקרים בודדים של אי־התייצבות. השאלה המרכזית שנדונה היא מתי מדובר בחריגה שולית, ומתי מדובר בתופעה המעידה על מגמה פסולה. בהקשר זה עלתה הסוגיה האם שיעור של 20% תלמידים שאינם מתייצבים הוא רף סביר, או שמא יש לקבוע שיעור נמוך יותר שיחייב פעולה מצד שר הביטחון.

עמדת צה"ל ומשרד הביטחון רח"ט תומכ"א, תא"ל שי טייב, התייחס בדיון לחשש מניצול לרעה של ההסדר: "יש הרבה אנשים שאנחנו יודעים שלא לומדים. ראינו את זה, למשל, כשהוצאנו את הצווים וראינו לפי מי שיש לו שכר באופן קבוע". לדבריו, יש צורך במנגנון ברור ומבוקר של אישור לימודים, ולא בהסתמכות על מסמכים לא מפוקחים. תא"ל טייב הדגיש כי הפרט אינו צריך לעבור דרך איגוד או ועד הישיבות, אלא להציג אישור לימודים חתום בידי ראש הישיבה ועורך דין. לדבריו: "מנגנון שמעביר אדם דרך מישהו שהוא אחראי הוא מנגנון נכון. אחרת ימשיכו לבוא אנשים עם ניירות שאני לא יודע את טיבם ולא יכול לשלוט בדבר הזה. כך לא רק הפרט יישא בתוצאות, אלא גם מי שחותם לו". מן העבר השני, המשנה למנכ"ל משרד הביטחון, קובי בליטשטיין, ביקש לצנן את הקריאות להחמרה. לדבריו, משרד הביטחון אינו הגוף המפקח על הישיבות עצמן, ובנושא זה הוא נסמך על משרד החינוך. בהתייחס לשיעור אי־ההתייצבות אמר: "20% זה מה שהיה מקובל עד היום ואנחנו לא חושבים שצריך להחמיר את זה".