במקרה שלא תושג הסכמה, מוצע מנגנון חלופי של מינוי שוויוני: הקואליציה והאופוזיציה ימנו כל אחת מחצית מחברי הוועדה, תוך קביעת יושב-ראש אחד או שניים במשותף. מספר חברי הוועדה יעמוד על שישה או שבעה. נושאי החקירה יוגדרו בידי הממשלה, אולם לוועדה תינתן סמכות להרחיב או לצמצם אותם לפי שיקול דעתה. הוועדה תגיש דין וחשבון לממשלה, ופרסומו לציבור נקבע כחובה.

אחד החידושים המרכזיים בהצעה הוא שילוב ארבעה מפקחים מקרב בני משפחות שכולות של חללי המלחמה. על-פי ההצעה, המפקחים יהיו רשאים להשתתף בדיונים, להציע שאלות לעדים ולהגיש הערות בכתב לפני פרסום הדוח הסופי. לוועדה יוענקו כל הסמכויות הקבועות בחוק ועדות חקירה, לרבות זימון עדים והצגת מסמכים. חלק מהסמכויות יופעלו בידי שני חברי ועדה, ובמקרה של יושבי ראש משותפים – בהסכמה ביניהם. הדיונים יתקיימו בפומבי וישודרו לציבור, למעט מקרים שבהם יוחלט על קיום דיון בדלתיים סגורות.

עימות פוליטי חריף סביב עצם המודל קלנר הציג את המהלך כניסיון לבנות ועדה שתזכה לאמון ציבורי רחב. לדבריו: "העם זקוק לוועדה של העם. לחלקים רחבים בעם אין אמון בבג"ץ ובפרט בשופט עמית. אתם רוצים ועדת חקירה ככלי לחיסול פוליטי – וזה לא יהיה". קלנר הדגיש כי לדבריו לא ייתן יד לוועדה שתשמש כלי פוליטי, והבהיר כי כל מערכות המדינה חייבות להיבדק כדי למנוע הישנות של אסון דומה. עוד הסביר שאם תוקם ועדת חקירה ממשלתית, רק לחלק מהעם יהיה אמון בוועדה מסוג זה, וגם אם תוקם ועדה המכונה ממלכתית, שאת חבריה ימנה השופט יצחק עמית, היא לא תזכה לאמון העם. הוא הסביר כי הוועדה תידרש לחקור גם את השפעת איומי הסרבנות על שחיקת ההרתעה, התנהלות הדרג הצבאי אל מול הדרג המדיני ואת השפעת התערבות בית המשפט העליון בשאלות ביטחון בשנים האחרונות. כחיזוק לדבריו, הביא קלנר עצומה שקיבל מלמעלה מ-300 הורים שכולים ואלמנות הקוראים להקמת ועדה בלתי תלויה. הוא ציין כי ידו מושטת ואמר: "חבריי באופוזיציה, אנחנו באותה סירה ומציעים לכם לחתור איתנו יחד לאמת. אנו קוראים להקמת ועדת חקירה ציבורית שהרכבה ייקבע בהסכמה רחבה". במהלך הנאום הפנו חברי כנסת מהאופוזיציה את גבם לנואם וחלקם הוצאו מן המליאה. חברי הכנסת של יש עתיד, העבודה והמפלגות הערביות קרעו את הצעת החוק.

סגן השר אלמוג כהן התייחס במליאה לבני המשפחות השכולות שנכחו ביציע, והדגיש כי בניגוד לוועדת חקירה ממלכתית רגילה, ההצעה הנוכחית מעניקה להן מעמד ופיקוח ממשי. לדבריו, מדובר בוועדה "שתיתן פתחון פה לכל החלקים בעם ישראל", ותאפשר למשפחות להיות חלק מתהליך החקירה עצמו.

מן העבר השני, ראש האופוזיציה ח"כ יאיר לפיד תקף בחריפות את המהלך והבהיר כי סיעתו לא תשתף פעולה עם הוועדה המוצעת. לפיד טען כי מטרת ההצעה היא להרחיק אחריות מהדרג המדיני, והודיע כי "בחודש הראשון של הממשלה הבאה נקים ועדת חקירה ממלכתית אמיתית". דברי ההסבר: אמון ציבורי כטיעון מרכזי בדברי ההסבר להצעת החוק נכתב כי היקף האירועים, חומרתם והכשלים המערכתיים שנחשפו מחייבים הקמת גוף חקירה בעל סמכויות רחבות, עצמאי ושקוף. עוד נטען כי לנוכח חוסר האמון הציבורי במוסדות מסוימים, מוצע מודל ייחודי המשלב סמכויות של ועדת חקירה ממלכתית עם מנגנון מינוי שוויוני בין קואליציה לאופוזיציה, במטרה להבטיח אמון ציבורי רחב ככל האפשר.