הצעת החוק קובעת גם מנגנון תיאום והכרעה במקרה של מחלוקות בין מח"ש לגופי חקירה ותביעה אחרים, באמצעות גורם ייעודי שבו יכהן שופט בדימוס. נוסף על כך, מוסדר מעמדם של עובדי המחלקה כעובדי מדינה שאינם שוטרים, נקבעת גישה מוסדרת למערכות המשטרה ומעוגן תקציב ייעודי ועצמאי למחלקה. עוד מוצע להרחיב את סמכויות מח"ש כך שתוכל להגיש כתבי אישום גם בעבירות משמעת בנסיבות מסוימות, ולחקור גם מתנדבים במשמר האזרחי בעבירות שבוצעו במסגרת תפקידם, וכן עבירות פליליות שדינן נמוך יחסית שבוצעו בידי שוטרים. שר המשפטים, יריב לוין, אמר עם אישור ההצעה כי אמון הציבור במח"ש הלך והדרדר, וכי ניתוק המחלקה מן הפרקליטות ישדרג את יכולת הפעולה שלה וישפר אותה משמעותית. לדבריו, מדובר גם בצעד חשוב לביזור הסמכויות הרחבות המרוכזות כיום בידי היועץ המשפטי לממשלה. לוין הזכיר כי לפני כשנתיים מונתה ועדה מקצועית לבחינת עבודת מח"ש, בראשות מנכ"ל משרד המשפטים, וכי מסקנותיה הצביעו על קושי מובנה בכפיפות המחלקה לפרקליטות. בעקבות פרסום המסקנות החלה ועדת החוקה לקדם את החקיקה.

יוזם ההצעה, ח"כ משה סעדה, תקף בחריפות את המצב הקיים ואמר כי מח"ש הפכה לדבריו למחלקה לחיפוי שוטרים ולגוף המשרת אינטרסים של הפרקליטות. לשיטתו, נדרש שינוי יסודי שיבטיח מחלקה בעלת מצפן ערכי, שאינה פועלת משיקולים פוליטיים. יו"ר ועדת החוקה, חוק ומשפט, ח"כ שמחה רוטמן, אמר כי ניגוד העניינים המובנה שבו גופי התביעה שולטים גם במח"ש חייב לקבל מענה יסודי ומקצועי. לדבריו, רק מח"ש עצמאית תוכל להגן על המשטרה מפני לחצים לא ענייניים ולחקור עבירות פליליות ללא מורא וללא משוא פנים. בדברי ההסבר להצעת החוק נכתב כי בשנים האחרונות הצביעו דוחות מבקר המדינה, הדוחות השנתיים של הסניגוריה הציבורית וכן דוח צוות ממשלתי שפורסם בפברואר 2025, על ליקויים מתמשכים בטיפול בעבירות שוטרים. דעת הרוב בצוות הדגישה את הקשר ההדוק בין הפרקליטות למשטרה ואת הקושי הנובע מכפיפות מח"ש לפרקליטות, והמליצה על הפרדת המחלקה והפיכתה לגוף עצמאי.