"אין כל בסיס משפטי להפיכת הצו על תנאי למוחלט ועל בית המשפט הנכבד לדחות את העתירות. יצוין, כי הממשלה סבורה שעם כל הכבוד הראוי דינן של העתירות דחייה על הסף, וממילא דינן של העתירות דחייה מוחלטת לגופו של עניין. ייאמר כבר עתה, כי הפיכת הצו על תנאי למוחלט, תפרק את עיקרון הפרדת הרשויות ותפגע באיזון שקבע המחוקק, פגיעה, שעם כל הכבוד, אינה בסמכותו של בית משפט נכבד זה". כך אומרים (18.1.26) הממשלה, ראש הממשלה, בנימין נתניהו, ושר המשפטים, יריב לוין, בתשובתם לשורה של עתירות המבקשות להורות לממשלה להקים ועדת חקירה ממלכתית למלחמת חרבות ברזל. בג"ץ כבר הוציא צו על תנאי, המורה לממשלה מדוע לא תקים ועדה שכזאת. במקביל, מקדמת הממשלה הקמת ועדת חקירה בהסכמה עם האופוזיציה - שכבר הודיעה שלא תיטול חלק כלשהו במהלך זה. לדברי הממשלה, "במצב החוקי הקיים כיום, מצד אחד בסמכות הממשלה להקים ועדת בדיקה ממשלתית עם סמכויות מלאות של ועדת חקירה על-פי חוק ועדות חקירה, אולם קיים חשש שוועדה מעין זו לא תזכה לאמון חלקים רחבים בציבור (ובעיקר הציבור הנמנה עם מצביעי מפלגות האופוזיציה). מצד שני באפשרות הממשלה להקים ועדת חקירה ממלכתית על-פי חוק ועדות חקירה אולם גם ועדה זו לא תזכה לאמון חלקים רחבים בציבור (ובעיקר הציבור הנמנה עם מצביעי מפלגות הקואליציה)". לכן היא מקדמת את ועדת החקירה הלאומית, במתכונת של זו שהוקמה בארה"ב לאחר 9/11. "האם ניתן לדחות עמדה זו של ממשלה נבחרת, שקיבלה אישור פעם אחר פעם מרוב חברי הכנסת בסוגיה זו, ושנסמכת על ועדה שהוקמה בארה"ב בנסיבות מצערות דומות (לאחר אסון 9/11), ולקבוע כי יש לבטל את העמדה, משום שמדובר כביכול בשיקול דעת שחורג באופן קיצוני ממתחם הסבירות הרחב שיש לממשלה?! התמיהה מקבלת משנה תוקף משום שלא מדובר בסוגיה שפוגעת בזכויות אדם, אלא בשאלה הנמצאת בלב ליבה של סמכות הרשות המבצעת וכרגע מקודמת ברשות המחוקקת ומצויה במחלוקת ציבורית נוקבת, שאל לו לבית המשפט הנכבד לקחת בה חלק". לדעת הממשלה, "עם כל הכבוד, לבית משפט נכבד זה אין כל סמכות להורות על הקמת ועדת חקירה ממלכתית. חוק ועדות חקירה קובע במפורש, כי הממשלה היא זו שרשאית להחליט על הקמת ועדת חקירה ממלכתית. סמכות שברשות זו, קיימת לממשלה ולא לכל גורם אחר ובית משפט נכבד זה קבע להלכה מפורשות, כי 'הקמת ועדת חקירה ממלכתית ענין הוא לממשלה לענות בו ולא לבית המשפט'". הממשלה נסמכת על פסק דינו של הנשיא יצחק עמית בעתירה שביקשה להורות לה להקים ועדת חקירה ממלכתית בפרשת הצוללות: "לאקט קיצוני שכזה, של הקמת ועדת חקירה ממלכתית בהחלטה שיפוטית, אין תקדים. מִקוּם המדינה ועד היום, בית המשפט העליון לא הורה לממשלה להקים ועדת חקירה ממלכתית 'לא בנושאי מלחמה וביטחון; לא בנושאי מינהל תקין וחשד לשחיתות ציבורית; לא בנושאים כלכליים; ולא בנושאים פוליטיים', והעותרים לא הצביעו ולו על תקדים אחד בעולם (!), בו בית משפט כלשהו הורה על הקמת ועדת חקירה". עוד אומרת הממשלה, כי גם עקרון הפרדת הרשויות מחייב לדחות את העתירות. "התנהלות הממשלה בעניינים ציבוריים-מדיניים כאלה, נתונה לביקורת הכנסת, ועדותיה, והאורגנים שלה וכן למשפט הציבור... הנושא האמור מעורר מטבע הדברים עניין רב בציבור, הממשלה נתונה למשפט הציבור בכל החלטה שתקבל ואין בכישוריו המשפטיים של בית המשפט הנכבד לתת לו סמכות יתרה על פני הממשלה או הציבור. משכך, הסוגיה שבפנינו אף כלל אינה שפיטה". התגובה הוגשה באמצעות עוה"ד מיכאל ראבילו, רועי שכטר ואופק ברוק.