משרד התפוצות והמאבק באנטישמיות הודיע (1.2.26) כי הוא פועל להפסקת פעילותו של ארגון Médecins Sans Frontières ברצועת עזה, זאת בעקבות חריגה מהותית ומתמשכת מנוהל רישום הארגונים הבינלאומיים הפועלים בזירה. לפי הודעת המשרד, הארגון לא העביר רשימות עובדים מקומיים כנדרש, חרף התחייבויות פומביות מצדו לעשות כן. המשרד, העומד בראש הצוות הבין־משרדי לרישום ולפיקוח על ארגונים בינלאומיים הפועלים ביהודה ושומרון וברצועת עזה, מסר כי נוהל הרישום נועד לאפשר פעילות הומניטרית לגיטימית תוך מניעת ניצול כסות הומניטרית לצרכים עוינים ולפעילות טרור. כל הארגונים ההומניטריים מחויבים, לפי הנוהל, להעביר רשימות עובדים לצרכים פנימיים בלבד, ללא העברתן לגורמים חיצוניים. לפי הודעת המשרד, בתחילת ינואר 2026 התחייב ארגון MSF להעביר את רשימות עובדיו בהתאם לדרישות הנוהל, ובהמשך אף נמסר כי הרשימות יוגשו ביום 27.1.2026. בפועל, כך נמסר, הארגון לא העביר את הרשימות ולאחר מכן הודיע כי אינו מתכוון לקדם את הליך הרישום כלל - בניגוד להצהרותיו הקודמות ולנוהל המחייב. לאור זאת, ובהתאם להוראות הנוהל, נמסר כי עד ליום 28.2.2026 יפסיק הארגון את פעילותו וייצא מרצועת עזה. במקביל, מתקיימת היערכות למתן מענה רפואי חלופי, במטרה להבטיח רציפות של הסיוע ההומניטרי לתושבי הרצועה גם לאחר יציאת הארגון. שר התפוצות והמאבק באנטישמיות, עמיחי שיקלי, מסר: "סיוע הומניטרי - כן. עיוורון ביטחוני - לא. לצערנו, ארגון MSF מוכיח שוב חוסר שקיפות ופועל מאינטרסים שאינם ענייניים. הארגון שינה את עמדתו בפתאומיות לאחר שהתחייב פומבית לפעול בהתאם לנוהל". לדבריו, ידוע למשרד כי הארגון מעסיק עובדים הפועלים בארגוני טרור, ולכן נמנע מהעברת רשימות העובדים, תוך תיאום עם משרד הבריאות של חמאס ופרסום הצהרות בסמיכות להודעות מגורמים ברצועה. השר שיקלי הוסיף כי הדרישה להעברת רשימות העובדים היא דרישה ביטחונית ראשונה במעלה, המבוססת על הוכחות חד־משמעיות לכך שעובדים בארגוני סיוע פעלו במקביל כפעילי טרור, וכי ככל הנראה עובדי הארגון אינם עומדים בקריטריונים שנקבעו. לדבריו, המשרד ימשיך להסיר רישום מארגונים הומניטריים שאינם עומדים בנוהל, במטרה לאפשר סיוע רציף לצד שמירה על ביטחון אזרחי ישראל וחייליה. מנכ"ל משרד התפוצות והמאבק באנטישמיות, אבי כהן סקלי, אמר כי ניתנה לארגון MSF הזדמנות ברורה לעמוד בדרישות, אך הארגון בחר להפר התחייבות פומבית ולהתחמק משקיפות בסיסית הנדרשת מכל ארגון הומניטרי. לדבריו, אם לארגון לא היה מה להסתיר - רשימות העובדים היו מועברות לצוות הבין־משרדי, וישראל פועלת אך ורק בהתאם לנוהל הקיים.