לפי ההצעה, שר המשפטים יקים במשרדו מחלקה עצמאית לחקירת שוטרים. מנהל מח"ש יכהן קדנציה אחת של שש שנים, וייבחר בידי ועדה הכוללת נציגי משרד המשפטים, נציבות שירות המדינה, עורך דין מן הסנגוריה או התחום הפלילי, איש אקדמיה ומשפטן בכיר הכשיר לכהן כשופט מחוזי. עוד מוצע מנגנון תיאום: שופט מחוזי או עליון בדימוס יכריע במחלוקות בין מח"ש לבין גופי חקירה אחרים, ואף יהיה מוסמך להעביר תיקים בין גופים. מח"ש תוכל לחקור גם עובדי שב"כ באישור היועץ המשפטי לממשלה וראש המחלקה, ובמקרה של מחלוקת יכריע הממונה. כלל העובדים יהיו אזרחים, ויקבלו גישה מלאה למערכות המשטרה. בנוסף תינתן סמכות מקבילה למח"ש ולמשטרה להגיש כתבי אישום משמעתיים כאשר תיק פלילי נסגר, ובמקרים של שימוש בכוח.

הסניגורית הציבורית הארצית, עו"ד ענת מיסד-כנען, תמכה בעצמאות מח"ש אך הזהירה מפני תכנון לקוי. היא הזכירה כי כבר בעבר נעשה ניסיון להרחיק את מח"ש מן המשטרה, אך לדבריה המהלך נכשל: "כשהוציאו את מח"ש מהמשטרה ב-1992 והעבירו למשרד המשפטים, זו הייתה הזדמנות היסטורית שהוחמצה. היא 'נבלעה' בפרקליטות וזה היה משגה גדול. התוצאה לא הייתה מוצלחת". לדבריה, המחיר היה כבד: "את עיקר המחיר על הטעות הקודמת שילם הציבור, שספג במשך 34 שנים אלימות משטרתית". היא הציגה נתונים קשים: רק 1%–1.2% מן התלונות על אלימות שוטרים מגיעות להעמדה לדין, ורבות כלל אינן נחקרות. לטענתה נוצר "אפקט מצנן" שמרתיע אזרחים מהגשת תלונות, בעיקר באוכלוסיות מוחלשות. עמדת משרד המשפטים: חשש לפוליטיזציה בייעוץ המשפטי לוועדה ובמשרד המשפטים הציגו הסתייגות חריפה מן ההצעה. עו"ד אפרת חקאק הזהירה כי השילוב בין ניתוק מח"ש הן מהפרקליטות והן מהייעוץ המשפטי לממשלה, לצד מינוי שמושפע ישירות משר המשפטים, עלול ליצור "שני מצבים מאוד לא בריאים – גוף מאוד פגיע שניתן להשפיע עליו וכן גוף שקל להחלישו". לדבריה, סמכויות רחבות המוענקות למנהל מח"ש ולממונה על תיאום החקירות מחייבות מנגנוני בקרה ואיזונים הדוקים. עו"ד גבי פיסמן הוסיפה כי מדובר ב"מודל חסר תקדים", וכי מינוי בעל אופי פוליטי "סותר עקרון יסוד של חיץ בין הדרג המדיני לגורמי אכיפת החוק". לשיטתה, קיים חשש ממשי להטיה פוליטית שתפגע בחקירות רגישות, בזכויות חשודים ובמקצועיות מערכת האכיפה.

התומכים: "עצמאות אמיתית – לא תלות בפרקליטות" יו"ר הוועדה, ח"כ שמחה רוטמן, דחה את הטענות לפגיעה בעצמאות מח"ש וטען כי מדובר בחשש בלתי מבוסס ומנותק מהמציאות: "הטענה כאילו הליך מינוי כזה או אחר הוא פגיעה בעצמאות, היא טענה תלושה. אחרי שאדם ממונה לתפקיד עם תנאי כשירות, הוא עצמאי ואינו מנוהל על־ידי איש". לדבריו, דווקא הקשר ההדוק שנוצר לאורך השנים בין הפרקליטות למשטרה הוא שפגע באמון הציבור והצדיק את ההפרדה: "לקחי העבר מראים שהחשש ממעורבות של גורמי התביעה גדול יותר ומסכן את עצמאות מח"ש ממעורבות הדרג המדיני". יוזם החוק ח"כ סעדה תקף בחריפות את המתנגדים ואמר כי מדובר ב"סיסמאות נבובות", וטען שהמהלך נועד לתקן כשל מתמשך של המערכת.

ח"כ קארין אלהרר וח"כ יואב סגלוביץ' (יש עתיד) ביקשו להאט את הקצב ולבחון הצעת חוק ממשלתית מסודרת. סגלוביץ' הדגיש כי השאלה איננה רק מי ממנה, אלא מי האדם שימונה: "צריך דמות שבציבור יגידו עליה 'ואו!'". הוא הזהיר מפני שינוי לא מוסכם: "אם כבר משנים - צריך לעשות זאת נכון. מדובר בתפקיד רגיש, שצריך למנות לו דמות בעלת שיעור קומה. עורך דין לבד - לא מספיק". גם הסתדרות עובדי המדינה התריעה מפני פגיעה בעובדים והשלכות ארגוניות שלא טופלו. עו"ד גיא רוטנברג מהסתדרות עובדי המדינה התריע על פגיעה אפשרית בעובדי מח"ש אם יבוצע שינוי ארגוני עמוק. בתגובה השיב ח"כ סעדה כי השינויים לא צפויים לפגוע בעובדים וכי "החוקרים נשארים באותו משרד, ומי שירצה לעבור - יוכל לעשות זאת". בסיום הדיון קרא היו"ר רוטמן למשרד המשפטים להבטיח שמירה על זכויות העובדים והבהיר כי "השינוי אומנם מהותי אך נועד להעניק למח"ש עצמאות אמיתית ולחזק את אמון הציבור בגוף שאמון על חקירת שוטרים". הוועדה צפויה להמשיך בדיוניה בשבוע הבא לקראת העלאת ההצעה לקריאה שנייה ושלישית במליאת הכנסת.