פינוי נחל עוז ב-7 באוקטובר נמשך 14 שעות; פינוי כפר עזה נמשך 36 שעות; פינוי ניר-עם החל רק 20 שעות לאחר תחילת ההתקפה; ופינוי תושבי מפלסים - לאחר 17 שעות. כך מגלה (24.2.26) מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, בדוח על הטיפול במפוני מלחמת חרבות ברזל. התמונה העולה בביקורת היא של אי-סדר מוחלט, קובע אנגלמן. ארבעת היישובים לא הצליחו לתאם את הפינוי מול צה"ל והפינוי נעשה בחלק מן המקרים תוך סיכון התושבים שלא לצורך. יעדי הפינוי של חלק מהיישובים היו שלא בהתאם לתוכניות הפינוי או נקבעו שרירותית ללא תיאום עם הנהגת היישוב וצרכי התושבים בו, וגרמו לפיצול הקהילות המגובשות למספר יעדים. בכך, "צה"ל כשל תחילה בשמירה על ביטחונם של תושבי המועצה האזורית שער הנגב, ולאחר מכן בפינוי סדור ובטוח שלהם". בימי הפינוי הראשונים מצאו את עצמן כל הרשויות הקולטות מתמודדות לבדן עם אתגר קליטת המפונים, ללא יד מכוונת וגורם ממשלתי מתכלל. כתוצאה מכך, כל רשות מקומית פעלה באופן שונה, בהתאם ליכולותיה הארגוניות והתקציביות ועל-פי הבנתה את המצב. לחלל הריק שנוצר נכנסו ארגוני החברה האזרחית ואלפי מתנדבים שסיפקו את הסיוע הבסיסי למפונים בימי הפינוי הראשונים. אנגלמן מביע חשש כבד ולפיו חלק מהמפונים, שרבים מהם היו במצב טראומטי ופגיע, לא קיבלו מענה הולם לצורכיהם. "מערך פס"ח [פינוי, סעד, חללים במשרד הפנים], המשמש הציר המרכזי באירוע חירום של פינוי האוכלוסייה ואשר נערך לקראת אירוע כזה במשך שנים - לא מימש את ייעודו", קובע אנגלמן. הגם שמדינת ישראל למודת מלחמות ואירועי חירום לאורך השנים, מקור הסמכות העיקרי של משרד הפנים בהפעלת מערך פס"ח הוא החלטת ממשלה שהתקבלה בשנת 1960, ומאז לא עודכנה ולא עוגנה בחקיקה. שר הפנים דאז, משה ארבל, ומנכ"ל משרדו, רונן פרץ, לא הפעילו את מערך פס"ח עם פרוץ המלחמה. רק ב-12 באוקטובר החליטה הממשלה שהפינוי מעוטף עזה ינוהל בידי רח"ל ושמשרד הפנים יתקשר מיידית עם מתקני הקליטה. בחודשים הבאים נמשכה המחלוקת בין פס"ח לבין רח"ל בנוגע לאחריות למי שמתפנים בצורה עצמאית. ביוני 2024, כאשר התפשטה המלחמה לגבול הצפון, פנה שר הביטחון דאז, יואב גלנט, לארבל כדי ליישב את המחלוקת - ללא הצלחה. אנגלמן התריע על כך באותו חודש בפני משרד ראש הממשלה, באוגוסט ביקש ארבל מבנימין נתניהו להעלות את הנושא בפני הממשלה - אך דבר לא נעשה.