הפינוי בוצע על-ידי הקרן למורשת הכותל המערבי, בליווי רב הכותל והמקומות הקדושים, שמואל רבינוביץ, ומנכ"ל הקרן מרדכי אליאב. השניים נשאו תפילה מיוחדת להצלחת המערכה מול אויבי ישראל ובראשם אירן, לשלום חיילי צה"ל וכוחות הביטחון הפועלים באוויר, בים וביבשה, ולשלומם של חיילי צבא ארצות הברית העומדים לצד ישראל. מטעם הקרן נמסר: "בימים אלו, כאשר עם ישראל מתמודד עם אתגרים ומבקש רחמי שמים, אנו רואים כיצד אלפי תפילות ממשיכות להגיע אל אבני הכותל מכל רחבי הארץ והעולם. לצד תפילות לשלום מדינת ישראל ולשלום החיילים, מגיעות גם תפילות ממדינות עוינות המבקשות שלום בין העמים. אנו מתפללים לימים של ביטחון ואחווה".

הפינוי נעשה בהתאם להנחיות ההלכתיות המקובלות: באמצעות כפפות וכלי עץ חד־פעמיים, כדי לשמור על קדושת המקום ועל פרטיות המתפללים. הפתקים נאספו בשקים מיוחדים ויועברו לגניזה ייעודית, שם ייקברו כנהוג בתשמישי קדושה. תפילות מטהרן, צנעא וביירות בקרן מציינים כי מדי יום נשלחים מאות פתקים באמצעות אתר האינטרנט, בנוסף למאות אלפי פתקים המוטמנים ידנית לאורך השנה. השנה, לדבריהם, בלטו במיוחד פתקים שנשלחו מאזרחי אירן, תימן, עירק, קטר, לבנון, פקיסטן, סודן, ירדן, מצרים וקזחסטן - ובהם בקשות לשלום, פיוס ובניית קשרים בין עמים.

בצל הלחימה והעימות הישיר בין ישראל לאירן, העובדה שתפילות לשלום נשלחות גם ממדינות שמוגדרות עוינות מדגישה את הפער שבין ההנהגות לבין רגשותיהם של אזרחים מן השורה. עבור הנהלת הקרן, מדובר בעדות לכך שהכותל נותר מוקד תפילה עולמי, גם בימים של מתיחות ביטחונית חריגה. בסיום הטקס חזר רב הכותל והדגיש כי "הכותל הוא לב פתוח לכל יהודי ולכל אדם המבקש שלום", וקרא לציבור להמשיך ולהתפלל לשלום הלוחמים ולשלומה של מדינת ישראל.