היועצת המשפטית של משרד המשפטים, יעל קוטיק, לא עדכנה את היועצת המשפטית לממשלה, גלי מיארה, בחוות דעתה לגבי ליווי פרשת הפצ"רית לשעבר, יפעת תומר-ירושלמי. כך מציינת (9.3.26) פרקליטות המדינה, שהגישה לבג"ץ את עיקרי חוות דעתה של קוטיק. זאת, למרות שחוות הדעת נוגעת אישית למיארה ולמרות שקוטיק כפופה לה מבחינה מקצועית (כמו כל היועצים המשפטיים במשרדי הממשלה וביחידותיה). לדברי הפרקליטות, "חוות הדעת הגלויה מטעם המשיבה 1 [קוטיק] ולפיה ניתן להעביר את חומרי החקירה לפרקליט המדינה [עמית איסמן] ואולם קיימת מניעות מלעשות כן ביחס למשיבה 5 [מיארה] לא הובאה מראש כמקובל בפני המשיבה 5 ואף לא הובאה בפני הייעוץ המשפטי לממשלה, ולא ניתנה להם הזדמנות להתייחס לדברים. היועצת המשפטית לממשלה לא העידה בפרשה ואנשי לשכתה שמסרו עדות לא נחקרו כחשודים. בשים לב לכך ולתקדימי עבר, הייעוץ המשפטי לממשלה ימסור את חוות דעתו בעניין לאחר שחוות הדעת המלאה תימסר לו. "מכל מקום, לאור חוות הדעת, אין עוד מניעה מהעברת חומרי החקירה לפרקליטות המדינה והטיפול בתיק החקירה ייעשה כאמור בהובלה של פרקליט המדינה. לאור חשיבות התיק, ומשניתנה חוות הדעת האמורה של המשיבה 1, יש לעשות כן בהקדם", סבורה הפרקליטות. בחוות דעתה אומרת קוטיק: "מהמידע שבידינו לא ידוע לנו על מעורבות משמעותית של פרקליט המדינה בכל הנוגע לליווי צוות הבדיקה (הצוות שמונה בפרקליטות הצבאית לבדיקת מקור ההדלפה, אשר פעל בפיקוח היועצת המשפטית לממשלה והמשנה לפרקליט המדינה [ל]תפקידים מיוחדים [אלון אלטמן]). לעומת זאת, עולה כי לשכת היועצת המשפטית לממשלה פיקחה באופן ישיר על צוות הבדיקה, וגורמים מטעם היועצת המשפטית לממשלה מסרו עדויות (חלקן מהותיות וחלקן טכניות) ואף עשויים לשמש כעדים בהליך הפלילי (כפי שציין גם ראש אח"מ [בועז בלאט] בפרפראזה מטעמו. "בנסיבות הנוכחיות, ולאחר שבחנו את החשש לניגוד עניינים בשים לב לזהות הגורמים המעורבים, ובהעדר מידע בדבר מעורבות משמעותית של פרקליט המדינה בכל הנוגע לליווי צוות הבדיקה, אנו סבורים כי לעת הזו, ניתן להעביר את חומרי החקירה לפרקליט המדינה". לעומת זאת, ממשיכה קוטיק בנוגע למיארה, "הואיל וצוות הבדיקה של הפרקליטות הצבאית לווה על ידה באמצעות אנשי לשכתה, אשר קיימו ממשק ישיר ובלתי אמצעי עם החשודים, ועשויים להעיד בקשר לליווי זה בהליך הפלילי, עמדתנו כי קיים חשש לניגוד עניינים בטיפול שלה בנושא. אין זה נכון כי היועצת המשפטית לממשלה תבחן את ממצאי החקירה ואת משקלן הראייתי של העדויות אשר ניתנו על-ידי אנשי לשכתה, בנוגע לפעולות שנעשו מטעמה".