בעוד המוקד הבינלאומי הופנה להשמדת מערכי ההגנה והגרעין של אירן, מתחת לאף התנהלה מערכה שקטה אך מכרעת בלב הערים. מסמכים פנימיים והערכות נזק שפורסמו ב"
וול סטריט ג'ורנל" מצביעים על אסטרטגיה ישראלית שיטתית: פגיעה ישירה במנגנוני השליטה הפנימיים של המשטר - מהדרג הבכיר ועד הכוחות בשטח.
לפי הדיווח, לאחר שלב התקיפה הראשוני שבו הונחתה מכה משולבת על מוקדי הכוח המרכזיים של המשטר, התגבשה חלוקת עבודה ברורה בין ישראל לארצות הברית: וושינגטון מיקדה את מאמציה בפגיעה בעוצמה הצבאית והתעשייתית של אירן – משגרי טילים, תשתיות ייצור ויכולות אסטרטגיות – בעוד ישראל הובילה את המערכה נגד מנגנוני השליטה הפנימיים. בתוך כך התמקדו התקיפות הישראליות במפקדות משמרות המהפכה, הבסיג' והמשטרה, לצד פגיעה שיטתית בתשתיות האכיפה והדיכוי בערים. חלוקה זו, כך עולה מהמסמכים, נועדה לייצר לחץ כפול: פגיעה ביכולת הצבאית מצד אחד, ושחיקה מתמשכת של מנגנוני השליטה והיציבות מבפנים מצד שני.
בחדשות 12 פורסם כי ראש הממשלה
בנימין נתניהו ושר הביטחון ישראל כ"ץ הנחו את צה"ל כי בכל מקרה שיש מידע מודיעיני מבוסס על בכיר אירני או בכיר של חיזבאללה, יש לחסלו בלי להמתין לאישור דרג מדיני. מדובר בהנחיה משמעותית, החוסכת שרשרת אישורים ביורוקרטית העלולה להביא להחמצת הזדמנות מבצעית להצלחת החיסול.