יעקב אליה, רואה חשבון ומבקר מערכת שלטון, פרסם ביוני 2011 דוח חריף על מערכת בתי הדין הרבניים, בו מצא ממצאים חמורים ביותר ובהם:
א. היעדר הכשרה של הדיינים במשפטים.
ב. הליכים מעוותים במינוי דיינים.
ג. תופעות של קבלת שוחד.
ד. השפעת מקורבים על דיינים ועל גיבוש פסקי הדין.
ה. היעדר סדרי דין בבתי הדין הרבניים.
ו. בזבוז כספים בשל ריבוי אבות בתי דין, ותפוקה מועטה לעומת שעות העבודה.
ז. כפירת הדיינים האזוריים בסמכות בין הדין הגדול.
ח. ניהול עלוב של פרוטוקולים.
לאור כל זאת יש לתבוע, כפי שגורס המבקר יעקב אליה, לפרק את בתי הדין הרבניים. לא יעלה על הדעת כי אזרחי ישראל יממנו מכיסם מוסד לא מקצועי, פגום אתית ונגוע בשחיתות, מה גם שאינו עונה לצרכיהם.
יש להפריד בין מיסוד הדת לבין מיסוד המדינה, באשר אי-ההפרדה פוגעת בשניהם. יש לאפשר לחברה האזרחית לקיים חופש דת וחופש מדת, ולאפשר לכל קהילה הרוצה בכך להקים לעצמה בית דין משלה.