עוד נקבע כי יש להנחות את הנהלת התחנה לתעדף ולהגדיל בהיקף ניכר את מספרן של התוכניות העוסקות במערכת הביטחון בכלל, ובצה"ל ובחייליו בפרט. בדוח נכתב כי "תוכניות אלו צריכות להוות עוגן מרכזי בלוח השידורים ולהשתבץ ברצועות שידור הזוכות לאחוזי האזנה גבוהים.
בגלי צה"ל אומרים כי מפקד גלי צה"ל, טל לב רם, נכנס לתפקידו בחודש מרס האחרון כמפקדה הקבוע של התחנה. "עם כניסתו החל בתהליך למידה והעמקה במסקנות ועדת זמיר, אשר כלל בין היתר סדנה להנהלת התחנה בנושא ובחינה של היקף ואופי התוכן הצבאי המשודר בה, אשר גם גדל משמעותית באופן טבעי נוכח המצב הביטחוני, זאת לצד נושאים נוספים. עוד נאמר כי "כחלק מאותו תהליך, מורחב באופן הדרגתי מקומם של תחומי דעת נוספים בשעות שידור מרכזיות - דוגמת התוכנית 'שגרת חירום' בהנחיית עומר ירדני, שהושקה לאחרונה ועוסקת באופן נרחב בציבור משרתי המילואים, כשלפחות פעם בשבוע מגיש לצידו של ירדני מילואמניק/ית (עיתונאים, אמנים, קומיקאים וכו׳) - כל זאת לצד שידורי מחלקת החדשות ותוכניות האקטואליה המובילות של התחנה", לשון התגובה.
אולם בדיקת News1 בלוח השידורים מלמדת כי
לא נעשתה שום תוספת במספר התוכניות הצבאיות. בניגוד לנטען, התוכנית "שגרת חירום" המשודרת ארבע פעמים בשבוע בלבד, מחליפה תוכנית צבאית אחרת - "קולה של אימא" ולא למשל את תוכניתו הפוליטית של רינו צרור המזוהה עם המחאה נגד הממשלה. כל התוספות בנתח השידור הצבאי נעשו בתקופתו של העיתונאי דני זקן, ששימש כממלא-מקום מפקד גלי צה"ל ממרס 2023 עד סוף פברואר 2024, ורובן נגזרו כתוצאה מן המלחמה, כמו בתחנות האקטואליה של התאגיד והרדיו האזורי, ואין מדובר בשינוי ייחודי לגלי צה"ל.
על אף המלצת הוועדה כי "תוכניות אקטואליה ופרשנות יכללו ברצועות השידור בתחנה, אך לא יהוו את חלק הארי בשידוריה", לא יושמה ההמלצה - ותוכניות האקטואליה עדיין ממשיכות להיות נתח השידור המרכזי של התחנה. ל-News1 נודע כי
בתוכנית שהגיש בחודש ינואר 24' דני זקן, מוצע ישום מלא של המלצות ועדת זמיר, אך המפקד הנכנס טל לב רם אינו פועל-כנדרש ליישום ההמלצות.
מ"הבית של החיילים" ל"בית של מטה משפחות החטופים"
אם לא די בכך, מספר לנו גורם בתחנה,
"קיימת מגמה בולטת בקרב כמה מהעורכים והמגישים הבולטים (האזרחים, לא החיילים) להשחיר ולגמד הישגים צבאיים. ראה למשל את יעל דן, שאמרה בשידור 'אני בעד לתת לסינוואר הכל ולהרים דגל לבן, אבל דעתי לא חשובה'. מספיק לשמוע את רינו צרור, טלי ליפקין-שחק או ספי עובדיה כדי להבין לאן מנשבת רוח התחנה. אחרי שחרור שני החטופים מרפיח, דרשה נורית קנטי בקבוצת העורכים-מגישים, שנקטין את צהלות השמחה וכתבה שזו הצלחה בודדה בים הכשלונות, ודני זקן הגיב לדבריה בחריפות.
"
לא צריך לערוך מחקר כדי להבין שלגלי צה"ל יש קו מובהק בנושא קידום עסקת חטופים. זה מתבטא בראיונות הרבים עם משפחות חטופים שרק ממחזרים דברים שאמרו בעבר ותוקפים את נתניהו, בסינקים (הקלטות) חסרי ערך חדשותי שמשובצים במהדורות החדשות ובתשדירים שבין התוכניות. אם רק רבע מזה היה מוקדש לגבורה היומיומית של לוחמי צה"ל, ולא היינו שומעים כל היום בתחנה הצבאית אמירות שנועדו לרפות את רוח העם וליצור פילוג, מדינת ישראל הייתה נמצאת היום במקום אחר", דברי המקור.
גורם אחר בתחנה האשים: "גלי צה"ל מתדלקת באופן פעיל את ההפגנות להפלת הממשלה וזורעת ארס נגדה, הן בעריכה מגמתית, הן בבחירת המרואיינים, הן בשאלות מגמתיות והן בפתיחים פוליטיים ואנטי ממשלתיים מקוממים, אפילו בתוכניות כמו 'החזית הכלכלית' שמגיש ישראל פישר".
מתוך 168 שעות שידור שבועיות, רק 28 שעות נטו, פחות מ-17% מהשידורים, מוקדשות לעיסוק בנושאים צבאיים או הקשורים בעקיפין לצה"ל. עם זאת, נכון לסוף חודש יוני, קיימה התחנה מתחילת המלחמה יותר מ-140 שידורים מיוחדים מיחידות צה"ל (חלקן בגלגלצ); שודרו פינות (כדוגמת פינת "הפצועים" ביומן הערב המביאה את סיפורם של גיבורי המלחמה שנפצעו בקרבות, פינת "מאחורי השמות"- שמספרת את סיפורי הנופלים והנרצחים במלחמה, לאו-דווקא חיילים); כ-1,500 ראיונות מתחילת הלחימה (כך על-פי נתוני דובר צה"ל), כשהרוב המוחץ מורכב בדרגי השטח (רק 98 מהראיונות נערכו עם דרגות בכירות, סא"ל ומעלה). כמו-כן, ביוזמתו של הפרשן הצבאי אמיר בר-שלום, יומן הערב לסיכום השבוע של גלי צה"ל המשודר בימי חמישי יוצא לשידור בן שעתיים מיחידה אחרת. כמו-כן, למדור הצבאי המונה את בר-שלום ואת הכתב דורון קדוש, הצטרפה שיר ביטון, כתבת המתמקדת בסיקור צבא-חברה. למרות כל זאת, עדיין קיים פער גדול מנתח השידור הצבאי שעליו המליצה הוועדה.