באוקטובר 1973 רוב החיילים שאיישו את המעוזים היו אנשי מילואים מ'חטיבת ירושלים', שאיכותה הצבאית הייתה אז ירודה למדי. תוכנית "שובך יונים" הוֹעידה להם מחליפים, חיילי חיר"ם (חיל-רגלים מעולה, מיחידות הצנחנים במילואים), וגיוסם של חיילים אלה החל סמוך לשעה 09:00 בבוקר פרוץ המלחמה, אך ההחלפה לא התבצעה אלא לאחר שהמלחמה כבר החלה. במעוזים שלאורך תעלת סואץ לא החזיקו הלוחמים מעמד (ברמת הגולן, לעומת זאת, איישו את המעוזים חיילי גדוד הנח"ל המוצנח וחטיבת "גולני", ואיכותם הצבאית הגבוהה ניכרה בלחימתם, ראו להלן. הצבת אנשי חטיבת ירושלים במעוזי התעלה הייתה אחד ממחדלי מלחמת יום הכיפורים, בדומה לפרשת התצפיתניות לאורך גבול רצועת עזה ב-2023.
מפקדי צה"ל, שטעו בהערכת שעת פרוץ המלחמה ולקו בביטחון עצמי מופרז, החליטו להתחיל ביישׂום תוכנית "שובך יונים" רק בשעה 17:00 של השישה באוקטובר 1973. הם סברו שהאש תיפתח בשעה 18:00, והאמינו שתספיק להם שעה אחת לעריכת הכוחות, תחת אש תוך כדי מלחמה, כדי להשיג "בלימה מוחלטת" כפי שהתחייב אלעזר לגולדה. באותו בוקר בשעה 09:00 ביקש מפקד אוגדת סיני, אברהם מנדלר, מאלוף הפיקוד שמואל גונן להקדים את מועד יישום התוכנית בשעה, ל-16:00, וגונן הסכים. המלחמה פרצה בשעה 14:00, ובצד הישראלי יחידות השריון רק התחילו להתארגן לקראת היציאה אל קו המגע, כך שאפילו טנק אחד לא נשלח לעזרת הלוחמים שהופתעו מעוצמת ההתקפה המצרית. למעשה, בגלל האיחור ביישום התוכנית נשלחה לקו רק חטיבת שריון אחת. אחרי מלחמת יום הכיפורים, בעיצומן של "מלחמות היהודים", טענו מתנגדיו של שמואל גונן שהוא אשם באי-יישומה של תוכנית "שובך יונים", מפני שלא שלח את חטיבת דן שומרון לקו התעלה. אבל אם מישהו היה אחראי ל"מחדל" שהציל את חטיבת דן שומרון, לא היה זה אלוף הפיקוד אלא הרמטכ"ל, שאישר לגונן לא לשלוח את אותה חטיבה לתעלה, ועל-ידי כך היא נִצּלה ונשמרה לקרבות החשובים שיועדו לה בהמשך המלחמה.
בשעה 12:00 הגיעה ידיעה, שהתפרשׁה כהתראה קצרה מאוד: מנדלר פקד להיכנס לכוננות ספיגה במעוזים. גונן שוחח עם אלעזר, שהיה בתל אביב. הידיעה – שהגיעה אליהם – לא הפריעה להם להמשיך ב"תדריך על המגמות המבצעיות לפיקוד הדרום". עד סוף המלחמה לא התקרבו אלעזר וגונן אל המציאות יותר משהיו קרובים אליה שעתיים לפני פרוץ המלחמה, והבנתם את מה שקרה אז לא גדלה גם לאחר מכן.
לפי תוכנית "שובך יונים", אחרי שפרצה המלחמה, מפקד החטיבה הקדמית אמנון רשף, ומפקד אוגדתו אברהם מנדלר, שלחו מחלקות שריון לתגבר את המעוזים, אבל ציידי-טנקים מצרים שכבר עברו את התעלה והציבו מארבים בין הדיונות, חיסלו את המחלקות האלה עוד בהיותן בדרך ליעדיהן.
אחרי המלחמה טענו בר-לב ואחרים, שהקו הקרוי על שמו לא נכשל, ואי-הפעלתו היא שהייתה סיבת המחדל. בר-לב כתב: "היה מקובל לחשוב שמדיניות הביטחון נשענת על אדני ברזל. נוצקו כללים קבועים לימי שגרה ולימי מתיחות. לפתע התנפצו כל המוסכמות. התראת אמ"ן, שאמורה לבוא 48 שעות לפני פריצת מלחמה, הגיעה רק זמן קצר לפני-כן, וגם השעה שנמסרה לא הייתה מדויקת. מאחר שאף אחד בצמרת לא האמין שתפרוץ מלחמה, לא הוזז השריון לקו החזית. כעבור זמן גם התברר שסגרנו ששה-עשר מתוך שלושים מוצבי קו בר-לב, ובכך שיבשו את תפיסת ההגנה עליה התבססנו. אפילו לא השלימו את פיתוח המתקן שהיה אמור להעלות באש אתרים מרכזיים בתעלה במקרה שהאויב יחצה אותה. הסוף המר היה שחמש דיביזיות צלחו את התעלה כמעט ללא התנגדות והצליחו, לאחר קרב לא קל, לכבוש את המוצבים שאוישו בסך הכל על-ידי שלוש-מאות ושמונים חיילי מילואים, במקום צבא סדיר ומאומן היטב".
1