דירקטוריון הרכבת אישר כאמור את העסקה - וזו נחתמה. בהנהלת רכבת ישראל מיהרו להודיע לעובדים רשמית על כוונתם להוציא את תחזוקת הקרונות שיירכשו למיקור חוץ - כפי שחייבה הממשלה. אלה הגיבו בהכרזה על סכסוך עבודה. במקביל, פנתה הרכבת אל משרדי האוצר והתחבורה בבקשה לאשר לה את הסכם האופציה הנוסף שעליו סוכם עם בומברדייה לרכישת 72 קרונות דומים נוספים.
 ואולם באוצר החליטו לעצור לרגע את שטף הרכישות - ודרשו לבחון קודם את הצורך בהם. במקביל, הגיע המידע אודות הליקויים לכאורה במכרז אל התנועה לאיכות השלטון. לאחר בחינת החומרים שבידה החליטה התנועה לפנות בדחיפות אל שרי האוצר והתחבורה בדרישה להפסיק מיידית את כל תהליכי המשא-ומתן בין הרכבת לבין בומברדייה - ולפעול לעצירת הרכש הקרוב, ואף לביטול ההסכם שנחתם - בטענה כי נפלו פגמים מהותיים בהליך המכרזי.
 "מדוע נזכרה הרכבת לשנות את תנאי המכרז רק לאחר שנותרה עם מציעה אחת בלבד?" שאלו בתנועה לאיכות השלטון, והעלו תשובה אפשרית לדעתם: "שינוי תנאי המכרז מעלה חשש כבד כי כל המכרז שהוכן נועד מלכתחילה להותיר מציעה אחת, ומשזו נותרה, להתאים את התנאים לקרונות אותם סיפקה מציעה זו בעבר לרכבת".
 לטענת התנועה, השינויים שבוצעו במכרז מבטאים נסיגה משמעותית מדרישות המכרז המקורי, כרוכות בוויתור על הדרישות המחמירות של עמידה בתקנים בינלאומיים מתקדמים ומדרישות אחרות שהיו אמורות להטיב עם הרכבת. "יותר מכך, מדובר בתצורה טכנית של קרונות אותה יכלו, ככל הנראה, להציע חברות רבות אחרות, לו הייתה הרכבת יוצאת במכרז המבוסס על רכש של קרונות קיימים", נכתב במכתב.
 גם אם הצעד היעיל ביותר עבור הרכבת היה לצאת לרכש קרונות מהסוג הישן, מסבירים בתנועה, הרי שעל הרכבת היה לפתוח את האפשרות להגשת הצעות חדשות לכל ארבע החברות שהתעניינו או השתתפו במכרז המקורי - ולא לאפשר הטבה זו רק למתמודדת אחת.
 "הוויתור מצד הרכבת על הדרישות המחמירות שנקבעו במכרז המקורי, לטובת קיצור בלוח הזמנים ובמחיר הקרונות, יש בו כדי לפגוע באופן מהותי בשוויון בין המתמודדים במכרז, שהרי לו מלכתחילה היו מתפרסמים תנאי המכרז כפי שגובשו בסופו של דבר, או הייתה הרכבת יוצאת במכרז חדש תחת התנאים המקלים, ככל הנראה היו מתקבלות הצעות מחברות נוספות, והיה מתאפשר שוויון תחרותי במכרז", כותבת התנועה בנימוקיה לביטול תוצאות המכרז.
 "השתתפותן של חברות נוספות במכרז הייתה מביאה, קרוב לוודאי, לניהול מו"מ מתקדם עם כמה חברות, ובכך לתנאים טובים יותר עבור הרכבת, הן מבחינת קיצור לוח הזמנים והן מבחינת המחיר - שני היעדים אותם ביקשה הרכבת להשיג במו"מ עם בומברדיה", הוסיפה.


ראוי להתעכב על אותם "שינויים קלים" שבהם התנתה בומברדייה את הרכישה, ובזכותם ניתנה ההנחה במחיר. מתברר כי השינויים אינם קלים בהכרח וחלק מהותי ומעורר דאגה ביחס למחיר האמיתי שישלם הנוסע בעבורם.
 מה שדירקטוריון הרכבת לא ידע לפני שאישר את העסקה הוא שבין המפרט הטכני שהציגה הרכבת במסמכי המכרז, לבין המפרט עליו חתמה לבסוף מול בומברדייה, הופיעו לא פחות 
מ-20 שינויים במגוון תחומים כמו בטיחות, רמת השירות לנוסע, עמידה בתקנים עכשוויים, איכות סביבה, תפעול והפעלה.
 בתחום השירות לנוסע, למשל, לא שודרגו מערכות מיזוג האוויר בקרונות כפי שנדרש במכרז - וציבור הנוסעים לא יזכה בשנים הבאות במנורות אישיות לקריאה, אף שהמשתתפים במכרז חויבו לצייד בהן את הקרונות שימכרו. כך גם לא הוכפלה קיבולת מכלי המים בשירותים כפי שנדרש במפרט, וגם לא נוסף מתקן למזוודות.בסך-הכל אמד הצוות הטכני של הרכבת את השלכות השינויים האלה בירידת רמת הנוחות לנוסע מציון 2.5 ‏(כפי שנדרש במכרז‏) ל-2.2.
 אלא שעם כל הכבוד לנוחות - חמורה יותר הייתה התפשרות הרכבת במשא-ומתן על תקני הבטיחות. מהמסמכים הטכניים שהגיעו לידי TheMarker עולה כי במטרה לזרז את אספקת הקרונות ולהוזילם לכאורה, נסוגה הרכבת מדרישתה כי הקרונות החדשים שתרכוש ייבנו לפי תקן אירופי מתקדם (EN). תחת זאת, הסכימה כי הקרונות יהיו זהים לאלה שסופקו לה החל ב-2002 וייבנו לפי תקני איגוד הרכבות הבינלאומי (UIC). המשמעות היא, בין היתר, היעדר שדרוג בבניית החוגונים (מערכת ההיגוי המכנית שלה רכבת), בייצור צירי הגלגלים ובהטמעת מערכות שליטה על הדלתות. 
 בנוסף, הגנרטור שיסופק בקרונות הכוח ‏(קרונות ההנעה‏) לא ישודרג ולא יענה על דרישות התקנים האירופיים והאמריקניים העכשוויים לגבי פליטת מזהמים. 
 כמו-כן הקרונות החדשים לא יצוידו במערכת המונעת נסיעה עם דלתות פתוחות ‏(Safty loop‏), אף שמערכת שכזו מחויבת בתקני הבטיחות באירופה. בנוסף, הקלה שאישרה הרכבת לבומברדייה במערכת הבלמים שתספק, תמנע מן הקרונות להגביר את מהירותם מ-140 ל-160 קמ"ש בעידן החשמול הקרב, וכן ויתרה על מערכות שיאפשרו לקרונות לנסוע במנהרות ועל גבי גשרים - ולכן לעולם לא ניתן יהיה לעשות בהם שימוש בקווים המוקמים בימים אלה לכרמיאל, עפולה ‏(רכבת העמק‏). 
 לא רק בטיחות הנוסעים תסבול פשרות אלא גם בטיחותם של נהגי הרכבת. בולמי הזעזועים בקדמת הרכבת לא ימנעו נזקים כתוצאה מהתנגשות במהירות של 15 קמ"ש - אלא יותאמו להתנגשות במהירות 10 קמ"ש בלבד. כמו-כן, החלון הקדמי של הקטר לא יצופה בפלסטיק שימנע העפת שברי זכוכית עליו במקרה של תאונה, וגם בקשת הנהגים לעינית הצצה לחדר המכונות לא תיענה. 
 עם זאת, כן תותקן בתא הנהג מערכת תצוגה אלקטרונית לגבי מצב הדלתות והבלמים וברכבת תותקן מערכת טסט לבלמים. 
 מעבר לשורת ההקלות שניתנו לבומברדייה לעומת המפרט המקורי - והסכנה הבטיחותית שנובעת מהם - הרי מתברר, כאמור, שהרכבת נתנה לבסוף עדיפות לתקני איגוד הרכבות הבינלאומי על פני התקנים האירופיים. כן, אותם תקנים שעליהם התעקשה טרם יציאתה למכרז, שכלפיהם טענה כי הם מיושנים ומסוכנים בטיחותית וכי אימוצם יביא לנסיגה באיכות צי הרכבות. 
 ואולם הדיווח של המנכ"ל הראל לדירקטוריון נשמע אחרת לגמרי. "יחד עם חברת בומברדייה כתבנו את המפרט הטכני של כל הקרונות האלה מחדש, ובו הכנסנו את כל הדרישות הטכניות כפי שאנחנו רצינו אותן ושהן עומדות בכל התקינה החדשה", אמר הראל לדירקטורים.
 "גם אם בתקינה החדשה יש רמות מסוימות - אנחנו הלכנו על כל המפרט הבטיחותי, קודם כל", הוסיף. "מה שעמד לנגד עינינו לפני המשא-ומתן עם בומברדייה זה קודם כל מועד האספקה. הדבר השני הוא שהקרונות הישנים שלנו יידעו לדבר עם הקרונות החדשים שנרכוש. הדבר השלישי הוא שנקבל גם ציוד שהוא באיכות טובה יותר מהציוד שנוסע כיום - ובכל תקני הבטיחות שאנחנו זקוקים להם", המשיך הראל וטען גם כי הקרונות החדשים שתרכוש הרכבת הם "בתצורה אחרת לגמרי".


מרכבת ישראל נמסר בתגובה: "המכרז התנהל כדין במטרה להגיע לתוצאה הטובה ביותר לחברה ולנוסעיה. הקרונות שנרכשו הם שדרוג של הקרונות המועדפים על הציבור בישראל. בראש סדר העדיפויות נמצא השירות לנוסעים והקרונות שנרכשו עומדים בתקנים המתקדמים בכלל והבט הבטיחותי בפרט. המכתב הינו זריית חול בעיני הציבור והכפשת רכבת ישראל בידי בעלי אינטרסים שכל מטרתם לפגוע בהליך הרכש עם חברת בומברדייה".

הוועדה החליטה לנהל עם בומברדייה משא-ומתן לרכישת קרונות דומים לאלה שסיפקה לרכבת בשנים 2002-2006 - ולא קרונות חדשים כפי שדרשה במכרז. כלומר, להקל בדרישות המפרט הטכני של הקרונות שנדרשו במכרז, ולעשות זאת רק לאחר שנותר מולה מציע בודד.
 הנימוק לכך, טענה ועדת המכרזים, היה הדחיפות הגבוהה בקיצור לוחות הזמנים לאספקת הקרונות. ברכבת, כך מתברר, גילו רק בקיץ האחרון כי הם נדרשים בדחיפות לרכבות נוספות - אף שכל האילוצים היו ידועים גם לפני המכרז. בתגובה הבהירה בומברדייה לרכבת כי אספקת הקרונות "בלוח הזמנים הקצר ביותר ובמחיר הטוב ביותר" תתאפשר רק אם תספק לרכבת את אותם קרונות מ-2002 ב"שינויים קלים".
 בחלוף חודשיים של משא-ומתן, הביאה הנהלת הרכבת לאישור הדירקטוריון הסכם לרכישת הקרונות החדשים. בדיון שנערך בדירקטוריון ב-17 באוקטובר 2010 הציג מנכ"ל החברה, יצחק הראל, את מתווה העסקה. לדבריו, הצעת בומברדייה במכרז הייתה 156.5 מיליון אירו עבור 74 קרונות - בעוד התקציב שאושר על-ידי הממשלה היה 132 מיליון אירו בלבד, כאשר מועדי האספקה נעו בין 25 ל-30 חודשים. לפי הראל, הצליחה הרכבת בתום מו"מ ממושך להקדים את זמן האספקה ל-14-20 חודשים, להוסיף ארבעה קרונות נוספים - ולרכוש את 78 הקרונות בסכום של 132 מיליון אירו, בדיוק כפי שקבעה הממשלה.
 ואולם במקביל, אמר הראל לדירקטוריון, כי הרכבת חתמה מול בומברדייה גם על אופציות לרכוש עוד 72 קרונות במחיר של 113.7 מיליון אירו במקום 134.5 מיליון אירו, בתנאי שהרכבת תממש את האופציה עד סוף נובמבר 2010; ואופציה לרכש שלישי של 72 קרונות בעלות של 117 מיליון אירו, בתנאי שתמומש עד סוף ינואר 2011. רכש שלישי זה של רכבות, יש לציין, לא תוקצב בידי משרדי האוצר והתחבורה.
 הראל הביע שביעות רצון מהתוצאות, שהקדימו לדבריו את לוחות הזמנים לאספקה, הוזילו את העלויות, והבטיחו "ציוד מותאם ככל הניתן לצורכי החברה ובאיכות שתתאים לתקנים העדכניים". סמנכ"ל הכספים, אמיר שביט, אף הוסיף כי מחיר קרון ריאלי בעסקה הנוכחית לא השתנה ביחס למחיר שנגבה מן הרכבת בעסקה הקודמת לפני כעשור.
 למרות שביעות הרצון העצמית, בשורה התחתונה, הקרונות לא היו בדגם החדש שהוגדר במכרז. כמו-כן, ההישגים שהשיגה הרכבת לא היו ממש מפתיעים. מן הסתם, ייצור קרונות ישנים בקווי ייצור קיימים יהיה מהיר יותר מאשר בניית קווי ייצור חדשים. גם ההנחות שהעניקה בומברדייה מתבקשות נוכח ההקלות שהובטחו לה במפרט.


נחזור שנה וחצי אחורה. בספטמבר 2009 למכרז הראשון מזה ארבע שנים לרכש צי רכבות חדש, בעיקר כמענה לעלייה הצפויה של כ-20% בביקושים - בשל פתיחת הקווים החדשים בין ראשון־לציון לתל־אביב בסוף 2011 ובין לוד לבאר שבע בתחילת 2012.
 בגלל לוחות הזמנים הצפופים והדחיפות הרבה, הרכבת אף החליטה כי תרכוש עבור הקרונות החדשים קטרי דיזל ולא קטרים בהנעה חשמלית, אף שלא תהיה בהם תועלת כשתחשמל הרכבת את המסילות המרכזיות בארץ ב-2016.
 בתום עבודה ממושכת שכללה חוות דעת של חברות ייעוץ זרות, הוחלט לבסוף לרכוש במסגרת המכרז המיוחל קרונות דו־קומתיים ‏(Double Deck‏) ולא חד־קומתיים, כמו אלה שנרכשו במכרז האחרון ב-2006. הקרונות הדו־קומתיים אומנם מיוצרים בידי מספר יצרניות מצומצם יותר, אך הבחירה בסוג זה נומקה בהתאמתם לאורך הרציפים הקצר יחסית בישראל, כמות הנוסעים בתחנות הגדלה והולכת ובשל שביעות הרצון היחסית מן הקרונות הדו־קומתיים שכבר בשימוש. את 147 הקרונות האלה, סיפקה בשנים האחרונות לרכבת חברת בומברדייה הקנדית.
 המכרז שאליו יצאה הרכבת כלל, לפיכך, אספקת 74 קרונות דו־קומתיים שישמשו להפעלת 12 רכבות נוסעים. הקרונות יסופקו בתקופה של עד חמש שנים והמכרז, כך נקבע, יכלול אופציה לרכישת שמונה מערכי רכבת נוספים ‏(שישה קרונות למערך‏). זאת, בתנאי שתחזוקתם תוצא למיקור חוץ בידי הספק - ולא תבוצע בידי עובדי רכבת ישראל. במפרט הטכני שפירסמה הרכבת צוינו תקנים מתקדמים של בטיחות, אמינות וטכנולוגיה - בהתאם לתקנים שבהם עומדות רכבות באירופה ובעולם.
 אבל למרות החשש ממיעוט משתתפים כללו תנאי הסף במכרז סעיף מעורר מחלוקת במיוחד. סעיף זה חייב את המתמודדות במכרז בהוכחה כי סיפקו בעבר קרונות ללקוחות באירופה. הסעיף חסם למעשה את השתתפותן של יצרניות הרכבות מסין - הפועלות בהיקפי ענק במזרח הרחוק, אך מתקשות בדריסת רגל ביבשת האירופית.
 אחת הפונות לרכבת ישראל הייתה CNR הסינית, יצרנית הרכבות הגדולה בסין ואחת הגדולות בעולם. CNR הביעה עניין בהשתתפות במכרז, וביקשה להקל בתנאי הסף הדורש את אספקת הקרונות לאירופה - אך נדחתה. בין היתר, נומקה הדחייה גם בכך שתקני הרכבות האירופיים ‏(EN‏) נחשבים מחמירים הרבה יותר מאלה של איגוד הרכבות הבינלאומי ‏(UIC‏) וברכבת ישראל, כידוע, לא מתפשרים על בטיחות.
 ברכבת הטיחו בתקן הבינלאומי כי הוא מיושן ומסוכן בטיחותית - וכי אימוצו יביא לנסיגה באיכות צי הרכבות. זאת, משום שהקרונות האחרונים שרכשה הרכבת עוד ב-2006 כבר התבססו על תקנים מודרניים יותר. 
 פסילת החברות הסיניות הותירה למעשה במרוץ רק שתי חברות מערביות: בומברדייה וסימנס הגרמנית. אלא שעם התקדמות המכרז, עלה החשש כי גם סימנס תתקשה לגשת למכרז בשל חוסר התאמה לקווי הייצור שלה - וכך תיוותר הרכבת מול מציע בודד.
 חודש לפני התאריך האחרון להגשת ההצעות במכרז, במארס 2010, חשף TheMarker כי הרכבת הפחיתה את תנאי הניסיון המוקדם שדרשה במכרז. זאת, לבקשת חברת פירמה ‏(Firema‏) הצנועה יחסית מאיטליה - שלא מכרה רכבות בהיקף המינימלי שדרשה הרכבת. תנאי הסף הופחתו ופירמה ניגשה למכרז. סימנס, לעומת זאת, לא הגישה לבסוף הצעה, אלא רשימת הצעות לתיקונים במפרט. 
 ביולי האחרון נודע כי הצעת פירמה האיטלקית נפסלה במכרז כבר בשלב המוקדם של בדיקת תנאי הסף, בשל ליקויים בהוכחת הניסיון המוקדם ובהצהרות הפיננסיות שהגישה. לפיכך, עברה רק הצעת בומברדייה לשלב הבא במכרז.
 כך, נותר למעשה המכרז הגדול והחשוב פתוח בפני מתמודדת אחת בלבד - בומברדייה. הצעתה אמורה הייתה להיבדק לפי המפרט הטכני שנדרש במכרז, ובמבחן סבירות המחירים שהציעה ביחס לאומדן הרכבת. אלא שבדיוק בשלב זה חלה תפנית מפתיעה בהליכי המכרז. ממסמכים חסויים של אגף הרכש ברכבת עולה כי שישה ימים בלבד לאחר שנפתחה הצעתה הכספית של בומברדייה - החליטה במפתיע ועדת המכרזים העליונה ברכבת לשנות את תנאי המכרז ולהקל בהם.