על פסגת הר הצופים עמדה, בתחילה המאה העשרים, אחוזת-הקיט של סר ג'ון גריי-היל, עורך-דין אנגלי, אוהד רעיון שיבת-ציון. סר ג'ון היה מבלה באחוזה זו את חג הפסחא. בשנת 1914 ניהל משא-ומתן על מכירתה, עם המשרד הארץ-ישראלי של ההסתדרות הציונית, ואחרי מותו ב-1916 נקנתה האחוזה מיורשיו ע"י ראש המשרד הארץ-ישראלי, ארתור רופין. בט"ו באב תרע"ח (1919) נורתה אבן-הפינה לבניין האוניברסיטה העברית באחוזת גריי-היל. האוניברסיטה פתחה את שעריה ב-1 באפריל 1925.
בשנת 1921 הקימו חיים ויצמן ואלברט איינשטיין ועד לגיוס כספים להקמת מרכז רפואי-מדעי בארץ-ישראל, וב-1924 נרכשה בכספים אלה אדמה על הר הצופים, לא רחוק מהאוניברסיטה. ארגון הנשים היהודיות האמריקניות "הדסה" התחייב להקים את המרכז. הדעות נחלקו. איש האוניברסיטה, יהודה מאגנס, דרש שהמרכז הרפואי יוקם סמוך לאוניברסיטה. איש "הדסה", ד"ר אפרים בלוסטון, דרש להקימו בתוך האוכלוסייה שהוא אמור לשרת אותה, ונימק: "לחולה חשוב יותר לראות רופא ולא נוף. אין להקים מחיצה בין חולה לרופא, ומרחק גאוגרפי הוא מחיצה בלתי-נסבלת". ד"ר יהודה מאגנס, הפציפיסט, שהאמין באחוות-עמים והיה ממקימי ברית שלום, ניצח בוויכוח הזה, ואבן הפינה למרכז הרפואי נורתה באוקטובר 1934 על הר הצופים המאוכלס בערבים. בית-החולים נפתח במאי 1939, ובו ביום נולדו שם שני תינוקות.
הר הצופים היה המרכז האוניברסיטאי והרפואי של ארץ-ישראל בשנות הארבעים. בין מורי האוניברסיטה ורופאי "הדסה", ועוד יותר בין הסטודנטים, היו חברי "הגנה" רבים, אבל לא הם שנתנו את הטון באוניברסיטה, אלא אנשי אגודת "ברית שלום", שד"ר מאגנס והפרופסורים מרטין בובר ומשה שוובה היו מנהיגיהם, והם סברו שהערבים ודאי שלא יפגעו במבצר זה של הציונות המתונה ובמרכז הרפואי. גם בסיס של "ההגנה" היה על הר הצופים, שהיה מובלעת יהודית בתוך הסביבה הערבית, והכביש המוליך אליו עבר בתוך השכונה הערבית שייח'-ג'ראח. הבריטים לא התעניינו בהר המרוחק מהעיר, ו"ההגנה" ניצלה זאת וארגנה אימונים וקורסים בבסיס זה. הר הצופים נחשב לחבל עצמאי (מספר 11) ב"הגנה", ומפקדו, יהושע בן-ישעיה, היה כפוף במישרין למפקד המחוז.
לקראת המלחמה היה החבל הזה מבוצר למדי, אבל לא היה רצף של שכונות יהודיות בינו ובין ירושלים העברית, ולא נסלל אליו כביש עוקף שייח'-ג'ראח. מפקדת המחוז השתמשה בהר כבסיס להתקפות על שכונות ערביות ועל התחבורה הערבית בצפון ירושלים.
כבר ב-30 בנובמבר 1947 נורו יריות ממארב על אמבולנס שנסע ל"הדסה". ב-2 בינואר 1948 נורה בשייח'-ג'ראח אוטובוס יהודי שנסע להר הצופים, וחנה גרדי, תלמידת בית-הספר לאחיות, נפגעה ונהרגה. ב-20 בינואר דיווח מפקד מחוז ירושלים, ישראל עמיר, לבן גוריון: "בדרך לאוניברסיטה יש שייח'-ג'ראח, שכונת נשאשיבי ובתי המופתי ואנטוניוס. היריות הערביות מגיעות לרחוב שמואל הנביא ולבית-ישראל. התושבים הערבים עזבו את שייח'-ג'ראח, אולם הכנופיות נכנסו לבתים העזובים. היו קשיים בתחבורה הפנימית בעיר, סילוק רוממה הערבית הקל, שתי דרכים עדיין בסכנה: לאוניברסיטה ו'הדסה', ולתלפיות, רמת-רחל ומקור חיים"
1.
בפברואר שוב הותקף בשייח'-ג'ראח אוטובוס [יהודי] שנסע ל"הדסה" ותשעה נוסעים נפצעו. הנהג שנפצע קשה בבטנו, המשיך והסיע את האוטובוס אל הר הצופים. על ארבע תקריות אחרות דיווח אריה הירש, איש המחלקה הטכנית של בית-החולים "הדסה":
"ב-8 במארס בבוקר יצאו שני אוטובוסים להר הצופים, אחד מהם עלה על מוקש מול 'בית אנטוניוס'. הערבים ירו מן המארב על שני האוטובוסים והרגו את אפרים בן-יוסף, שעבד בבנייה ובביצורים... הנהגים העלו את האוטובוסים להר הצופים. לא היו נפגעים נוספים. אותו יום אחרי-הצהריים נורו יריות בשייח'-ג'ראח על משאית שהובילה חומרי בניין, המשאית נעצרה והנהג ברח ברגל. שתי משאיות של 'סולל בונה' חילצו את המשאית התקועה, אש נורתה על המחלצים, ואחד מהם, אלימלך שולמן, נהרג. ב-11 במארס נורו יריות בשייח'-ג'ראח על שיירה שהובילה רופאים ואחיות ועובדי אוניברסיטה. איש לא נפגע, ב-17 במארס נורתה שיירה באותו מקום. שני אנשי 'הגנה' שליוו את השיירה נפצעו, יוסף פינטו ומשה גיאת. יחידות צבא בריטי, שנכחו במקום, לא התערבו".
בקרב על ואדי ג'וז, שהתחולל ב-26 בפברואר (ב"מבצע כרמל"), הגיעו יחידות "ההגנה" לשייח'-ג'ראח מהר הצופים. באותו יום נורו יריות משם על שיירה שהובילה נשק ותחמושת להר הצופים. משוריין אחד יצא מכלל שימוש ושניים מנוסעיו נהרגו. הערבים שרפו את המשוריין התקוע והתעללו בגוויות
2.
בכל האירועים האלה ירו ערבים על מכוניות של יהודים בשייח'-ג'ראח. הבריטים שהיו נוכחים בקרבת מקום למקרה של התקפה מצד הערבים, לא התערבו ו"ההגנה" גם היא לא הפעילה כוח בזמן התקריות; כך היה גם ב-13 באפריל.
ראשי השלטון ומפקדי הצבא הבריטיים, שהיו מיודדים עם מורי האוניברסיטה ועם רופאי "הדסה", הפגינו יחס חיובי לתחבורה היהודית להר הצופים, ועד מארס אבטח הצבא הבריטי את השיירות שעלו להר. דוח שכתב מנהל בית-החולים "הדסה", ד"ר חיים יאסקי, העיד שחמש שיירות עלו יום-יום להר. באותו דוח כתוב שבתחילת מארס עברה האחריות על התחבורה ל"הגנה", מאחר שעקב פינוי כוחתיהם מארץ ישראל, התדלדלו יחידות הצבא הבריטי בירושלים ומאז "השתרר אי-סדר בתחבורה"
3.
ב-2 במארס אחרי-הצהריים קיבלה המרכזנית של המרכז הרפואי הודעה בערבית: בית-החולים יופצץ בעוד שעה. הייתה זאת אזהרת-שווא. באמצע מארס אמר מפקד גזרת ירושלים הערבית, עבד אל-קדר אל-חוסייני, לעיתונאים: "היהודים הורסים את בתינו והורגים את נשינו וילדינו מבסיסיהם שבבית-החולים 'הדסה' ובאוניברסיטה, לכן פקדתי לכבוש אותם ואפילו להרוס אותם", והראה לעיתונאים תותח שהוצב על גג מוזאון רוקפלר, מכוון להר הצופים. הוא גם הצהיר על כוונתו לפגוע במכוניות שיעלו להר הצופים. ביום מותו ב-8 באפריל בקרב על הקסטל, במבצע "נחשון", נמצאו בכיסיו רישומי תוכניות לכיבוש ההר. הערבים לא הסתירו את כוונותיהם. נראה שרק היהודים לא התייחסו אליהן במלוא הרצינות.
המנתח, פרופ' אדוארד ג'וזף, הודיע למנהל "הדסה" ד"ר יאסקי במכתב, שאין הוא מקבל על עצמו עוד אחריות להעברת חולים להר הצופים, וד"ר יאסקי ענה לו: "לא הגיע עדיין הזמן לפנות את הר הצופים, וביטחון אין בשום מקום אחר". אבל גם הוא חרד לגורל החולים, ובדוח ששלח לגזבר הסוכנות, אליעזר קפלן, (ב-19 במארס כתוב: "[בבית-החולים] נמצאים כיום קרוב למאתיים וחמישים חולים. מהם למעלה משמונים פצועים והשאר נגועים קשה במחלות שונות. חולים אלה זקוקים למספר ניכר של עובדים רפואיים ולאספקה, וזה ניתן לספק אם קיימת תחבורה תקינה עם העיר". הוא כתב שאם לא תהיה תחבורה רצופה לבית-החולים, תצומצם פעילותו, "והדבר יפגע קשה באפשרות האשפוז בירושלים, יחליש את עמדתנו על הר הצופים וינחית מהלומה פסיכולוגית על הציבור היהודי באמריקה בכלל ועל חוגי 'הדסה' בפרט, כי הם יבינו שצמצום זה אינו אלא התחלת חיסול ... עד התחלת מאי נשארו ימים מועטים, ומצווה עלינו להתכונן לכל אפשרות. מאוד הייתי רוצה להימנע מנקיטת אמצעים העלולים להשרות דיכאון נפשי על העובדים והחולים, ולסייע על-ידי כך לאויב במלחמת-העצבים"
4.
יאסקי שלח עותקים ממכתבו זה לבן גוריון, לד"ר מאגנס, ולעוד שישה נמענים.
ב-22 במארס דנו ראשי "הדסה" בפינוי הר הצופים אבל החליטו להמשיך, לפי שעה, בפעילות רגילה, ולהזהיר את מוסדות היישוב שאם לא תיפתר בעיית התחבורה להר, יועבר בית-החולים למקום אחר. על החלטה זאת שילם ד"ר יאסקי בחייו: לא אמצע מאי היה התאריך הקריטי של הר הצופים, אלא אמצע אפריל.