אחת המעלות הבולטות של ניצול אנרגיית הרוח היא כמובן העובדה שמדובר במקור בלתי מתכלה של אנרגיה, זאת בניגוד למקורות שעליהם מתבסס משק האנרגיה כיום. "ישראל יכולה בטווח הרחוק להתבסס על כ-30-25 אחוז של אנרגיית רוח מכלל צריכת האנרגיה שלה", מעריך גדי הראלי, מנכ"ל האגודה לאנרגיית רוח בישראל, שמאמין ש"עודפי האנרגיה המתחדשת מייתרים את הפקת החשמל ממקורות גז. לכן, העולם כולו יצטרך למצוא את עצמו מתייצב על שימוש במקורות אנרגיה מתחדשת שאינם מתכלים. בכל מקום ומקום יצטרכו להסתכל מהו תמהיל המקורות הניתנים לשימוש, כשבישראל השמש והרוח יהיו המקורות הדומיננטיים". הרוח היא משאב טבע חופשי ועלויות הפקת החשמל מרגע שהטורבינות כבר הוקמו בשטח הוא אפסי. עם זאת, הקמת חווה של טורבינות רוח כרוכה בעלות כספית לא מבוטלת (הערכת עלויות הקמת טורבינה של 2.5 MW בעמק הבכא עומד על כ-4.3 מיליון אירו, והחווה כולה 172.3 מיליון אירו. טורבינה של 850KW בסירין עולה 1.66 מיליון אירו, והחווה כולה 18.25 מיליון אירו). כדי להפחית מהוצאותיה, ממשלת ישראל מעודדת יזמים פרטיים להשתלב במערכת ייצור החשמל באמצעות הקמת מתקני ייצור בטכנולוגיות שונות, ובכללן טכנולוגיות אנרגיה מתחדשת (היעד שנקבע עומד על 20 אחוז מייצור החשמל במדינת ישראל על-ידי גופים פרטיים) ומצפה מהם לשאת בעלויות ההקמה. "זו בעיה, משום שמצפים שאת המקורות המתחדשים יממנו היזמים באופן מלא, בעוד שמקורות האנרגיה הקונבנציונאליים והמזהמים זכו לתמיכה ממשלתית לאורך עשרות שנים", אומר הראלי. בדיקות שנעשו בחוות של טורבינות רוח בישראל גילו שהן צפויות להביא להוזלה בעלויות החשמל לצרכן. אורנה רביב, בוגרת החוג לניהול משאבי טבע וסביבה של אוניברסיטת חיפה, שעשתה עבודת מחקר על הערכה כלכלית-סביבתית של הפקת אנרגיה באמצעות טורבינות רוח בישראל, אומרת ש"גם מהניסיון של מדינות אחרות אפשר ללמוד שמחירי החשמל מוזלים בעקבות הוספה מבוקרת של אנרגיות מתחדשות למשק החשמל. עם זאת, רמת ההוזלה תלויה באיכות התכנון ובשיקולים מקומיים. לכן, חשוב להתחיל ולהחדיר אנרגיות מתחדשות למשק כמה שיותר מוקדם ולבחון את ההשפעה ואת העלות שלהן לאורך זמן". לשימוש באנרגיית רוח יש גם יתרונות כלכליים עקיפים, טוענת רביב. "כולנו משלמים היום בבריאות שלנו ובהוצאות על טיפולים בעקבות זיהום האוויר שנוצר עקב שימוש במקורות מזהמים", היא אומרת. "אבל איש לא סופר את העלויות של ההשפעות האלה כחלק מחישוב הכדאיות למשק האנרגיה". אוהד הצופה, אקולוג רשות בטבע והגנים, לא חושב שהרוח תפתור את בעיות האנרגיה של ישראל. למעשה, הוא בכלל כופר בצורך לייצר עוד ועוד אנרגיה. "למה לרוץ ולייצר עוד ועוד, כשהמשמעות של בר-קיימא זה חיסכון וצריכה חכמה?" הוא שואל. "אם המטרה היא להפחית פליטות וזיהום אוויר, אז תצמצמו איפה שאפשר ורק אז תייצרו. למה, למשל, בישראל מדליקים תאורת רחוב בשעות האור? ולמה לא מעודדים אזרחים לשים על הגג פאנל סולארי?"

ייצור חשמל מאנרגיית הרוח נחשב לכדאי מבחינה כלכלית כל עוד קיים משטר רוחות של שישה מטרים לשנייה לפחות. עם זאת, הבעיה העיקרית היא שמשטר הרוחות הוא אינו קבוע, ובזמנים שבהם לא נושבת רוח, הטורבינות אינן מייצרות חשמל. מסיבה זו לא תתאפשר התבססות על הרוח כמקור אנרגיה בלעדי והמשק הישראלי ימשיך לעשות שימוש באנרגיה שמקורה בשריפת דלקים. בנוסף, אחסון אנרגיה עודפת מטורבינות רוח בסוללות-על עדיין מצריך מחקר ופיתוח על-מנת להפוך למסחרי, כך שכרגע אין פתרון למצב בו יש עודפי ייצור, משום שלא ניתן יהיה לאגור אותם. עובדה זו עומדת בעוכריה של תעשיית אנרגיית הרוח, משום שנוצרת מציאות של הפקעת שטחים טבעיים נרחבים ביותר על-ידי יזמי אנרגיה שונים מתחומים שונים, כאשר הניצולת של כל אחד בנפרד היא נמוכה מאוד. כך, במקום להסתמך על מקור אנרגיה עיקרי שתפיסת השטח שלו היא נמוכה יחסית (גז טבעי, למשל) יהיה צורך להפקיע שטחים גדולים לשימוש חברות החשמל השונות. בעיה נוספת של שימוש באנרגיית רוח היא הפגיעה בנוף. הטורבינות הענקיות הרי משנות את רציפות הנוף הטבעי, ולטענת ניר פפאי, סמנכ"ל שימור סביבה וטבע בחברה להגנת הטבע, ממשלת ישראל מקדמת הקמת מאות טורבינות ברחבי המדינה, זאת "מבלי שמתקיים שום דיון ציבורי על ההשלכות שיש לטורבינות על הנוף. הטורבינות ישנו את כל המראה של הגולן, של הגליל ושל דרום הארץ, ולכן חייבים לדבר על זה". "יכול להיות שבמדינות אחרות הרוח יציבה, אין הפרעות סביבתיות ואין לטורבינות מרכיב נופי אם הן באזורים מישוריים", אומר הצופה, "אבל בישראל באזורים מישוריים כמעט אין רוח, ולכן כל החוות מוקמות על הרים וגבעות". אם לא די בכל זה, הרי שיש שטוענים שעוצמת הרעש שמייצרות הטורבינות נחשבת כזיהום רעש ויכולה להוריד את רמת החיים של התושבים שחיים או שעובדים בקרבתן. למעשה, לא מדובר רק ברעש מחריש אוזניים, אלא בהיווצרות של צלילים בתדרי אינפרה-סאונד - צלילים שלא ניתנים לשמיעה על-ידי האדם, אך נחשבים לגורמי סיכון אפשריים להיווצרות של בעיות בריאותיות כגון איבוד שמיעה, עייפות ועלייה בלחץ דם בקרב מי שחשוף להם בהיקפים נרחבים.

הדילמה האחרונה, ואולי מעוררת המחלוקת ביותר, היא הפגיעה של טורבינות הרוח בציפורים. הלהבים הענקיים של הטורבינות שמסתובבים בשמיים הפתוחים הורגים ציפורים נודדות לצד ציפורים מקומיות (כגון עופות דורסים וציפורים מקננות) ועטלפים. במקרה של ישראל מדובר בבעיה של ממש, משום שהיא נחשבת לאחד מנתיבי התעופה המרכזיים של ציפורים בעונת הנדידה. כחצי מיליארד ציפורים עוברות בשמי ישראל פעמיים בשנה בעונות המעבר - תופעה ייחודית מבחינה בינלאומית, שדומה בהיקפה רק למה שמתרחש בפנמה, במעבר בין אמריקה הצפונית לדרומית. אוהד הצופה חושש ממידת הפגיעה הצפויה בבעלי הכנף ומציין ש"מבחינת עופות, אנחנו המדינה הכי צפופה בעולם המערבי ומהצפופות בעולם בכלל. לשם השוואה, בכל גרמניה הענקית יש 400 מיני עופות ובישראל הקטנטנה יש 540. אין עוד מקום כזה בעולם. זה נכון גם במקרה של העטלפים - בכל אירופה יש 39 מיני עטלפים כשבישראל לבדה יש 33". פפאי מסכים לחלוטין עם הצופה ומוסיף ש"ישראל היא אחד המקומות החשובים בעולם מבחינת נדידת ציפורים וגם מבחינת המגוון הביולוגי הקיים. לכן קיים קונפליקט קשה בין הרצון להכניס אנרגיות מתחדשות למחויבות של ישראל לשמור על אוכלוסיות שקיימות אצלנו או שעוברות דרכנו. לדעתי, צריך לשלב אנרגיה מתחדשת בזהירות רבה ובחלק מהמקרים לא לעשות בכלל". פפאי אומר שכל מה שאפשר לעשות כדי למנוע פגיעה באוכלוסיית הציפורים זה להשבית את הטורבינות ברגע שיש תנועת נדידה משמעותית. עם זאת, צעד זה לא נותן מענה לפגיעה ציפורים מקננות או בנשרים. מה גם שהשבתת הטורבינות למען הציפורים תפגע כלכלית ביזמים, והפגיעה ככל הנראה תתגלגל אל הצרכנים. ומה משיבים על כך המצדדים באנרגיית רוח? לדעת רביב, הקריטריון לבחינת ההשפעה על בעלי כנף הוא מספר הזנים בסכנת הכחדה ומספר מסלולי הנדידה של העופות הקיימים באתר המתוכנן. "אם משקללים הכל, הפקת אנרגיה מרוח ומאנרגיות מתחדשות ככלל תביא לעלייה ברווחה החברתית תוך שמירה על משאבי הטבע גם לדורות הבאים. העלות הכללית לחברה נמוכה בהשוואה להפקת אותו הספק מטורבינת גז". עמדתה של האגודה לאנרגיית רוח בישראל על-פי הראלי היא כי הנזק הפוטנציאלי לציפורים הוא פחות מהנזק הפוטנציאלי לבעלי חיים אחרים, כמו גם לבני האדם, שצפוי להיגרם אם לא יפעלו לקידום אנרגיית הרוח. "בטיול עם הכלב שלי הבוקר ראיתי חתול מתנפל על שיח ויוצא עם ציפור בפה, אבל זה לא מביא אותי למסקנה שצריך להשמיד את כל החתולים כי הם הורגים ציפורים", הוא מסכם את הנושא מהזווית שלו. לאחרונה התפרסם שחברה ספרדית החלה לעבוד על דגם של חדש של טורבינות רוח ללא זרועות. נדמה שהטכנולוגיה תמצא פתרון לבעיה של המפגש הקטלני בין ציפורים לטורבינות לפני שהמומחים יגיעו להסכמה.