המאבק בין הנשיא האמריקני לקונגרס מאפיל על הסיפור שמאחורי הסנקציות האמריקניות והסרתן. מעבר לשאלה המשפטית, יש כמה שאלות פוליטיות כבדות-משקל שעתידות להשפיע הן על עמידות ההסכם של ה-14 ביולי, הן על היחסים בין אירן לארצות הברית (ולא רק בהיבט הבילטרלי), והן על הפוליטיקה האמריקנית הפנימית ובעיקר המרוץ לבית הלבן.
ממשלת ארצות הברית דאגה להבהיר שאף אחת מהסנקציות האמריקניות לא תוסר מיידית. הסנקציות היחידות שיושעו הן הסנקציות "המוגבלות, הממוקדות וההפיכות", שהוסרו בעקבות הסכם הביניים, שנחתם בין שש המעצמות ואירן ב-24 בנובמבר 2013.
בנספח V להסכם הובהר, כי ב'יום היישום' (היום שבו הסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית תאמת שאירן מיישמת את אמצעי הגרעין הרלוונטיים כפי שנוסחו בסעיף 15 של אותו נספח) רשימת הסנקציות האמריקניות שעתידות להתבטל מופיעה בשלמותה בנספח II סעיף 4. הסנקציות המפורטות מחולקות לפי קטגוריות: אמצעים פיננסים ובנקאיים, אמצעי ביטוח, ענפי האנרגיה והפטרוכימיה, ענפי הספנות, האוניות והנמלים, זהב ומתכות יקרות אחרות, תוכנה ומתכות, ענף הרכב, חומרים ייעודיים (Designations) וסנקציות נוספות על-פי הפירוט. מעבר לחקיקה האמריקנית בסוגיה זו, מפרט ההסכם את הצווים הנשיאותיים שלהלן: 13574, 13590, 13622, 13645 וכן סעיפים 5-7 ו-15 של 13628.
צווים נשיאותיים מוצאים על-ידי נשיא ארצות הברית, כדי להוציא לפועל חוקים פדרליים, סעיפים חוקתיים או אמנות, והם אינם מחייבים את הסכמת הקונגרס. מרבית הצווים הנשיאותיים מוצאים מכוח סמכות סטטוטורית, אולם אין חובה שכך יהיה. אם לא ניתנה אף סמכות סטטוטורית מיוחדת, הצו הנשיאותי ייהנה מאותו מעמד כמו חוק כל עוד הקונגרס אישר זאת. לשם דוגמה, בצו נשיאותי מספר 13574 מה-23 במאי 2011, שהסתמך על 'חוק הסנקציות על אירן של 1996' (ISA), התיר הנשיא לחסום רכוש ונכסים בארצות הברית של אנשים שמוטלות עליהם סנקציות מתוקף חוק ISA, ופירט הגבלות נוספות על פעולות פיננסיות. בצו נשיאותי 13590 מה-21 בנובמבר 2011, הורה הנשיא לעצור כל מכירה, השכרה או אספקה אחרת לאירן, של סחורות, שירותים, טכנולוגיה או תמיכה בערך של מיליון דולר "שיש ביכולתם לתרום בצורה ישירה ומשמעותית לשימור ולשיפור יכולתה של אירן לפתח משאבי נפט שנמצאים בתחומה". צו זה כלל מגבלות פיננסיות נוספות, אם כי פעילויות להקלה על הסבל האנושי היו פטורות מהן.
הסנקציות שנכללות בצווים הנשיאותיים שלעיל ניתנות להסרה על-ידי נשיא ארצות הברית ב'יום היישום' של ההסכם גם ללא הסכמת הקונגרס. בחלק מהמקרים, הנשיא נדרש לשלוח לקונגרס הודעה אם החליט לבטל סנקציות מסוימות. בכמה מקרים הנשיא נדרש להציג אישור. לדוגמה, צו נשיאותי 13599 עוסק בחסימת נכסים של ממשלת אירן, ואם הנשיא יבקש לבטל את הסנקציות הקשורות, אזי חוק 'האיום האירני וזכויות אדם בסוריה של 2012' (PL-112 -158 sec.217) יחייב אותו להציג אישור לכך שהבנק המרכזי של אירן אינו מסייע לרכישת נשק גרעיני. המבנה, הציוד, התפעול והתחזוקה של מתקנים שעשויים לסייע למאמץ האירני להשיג יכולת גרעין.
אם הנשיא יצליח, והווטו שיטיל על החלטת הקונגרס שלא לאשר את ההסכם יעמוד בעינו, אזי ההחלטה שיקבל ב'יום היישום' להסיר את הסנקציות שהוא עצמו הורה עליהן תיתפס כמתקבלת על הדעת, למרות שצפוי שחברי הקונגרס הרפובליקנים ימחו על כך. לעומת זאת, החלטה נשיאותית דומה להסיר סנקציות מכוח צווים נשיאותיים במצב שבו הקונגרס יצליח לבטל את הווטו הנשיאותי, צפויה לעורר ויכוח פוליטי וחוקתי עז שילווה בנקיטת מהלכים ומהלכי-נגד מצד הנשיא והקונגרס.
סעיף B בנספח II של ההסכם עוסק בהסרת הסנקציות האמריקניות מעבר לאזכור הצווים הנשיאותיים הוא מפורט ביותר. מרבית הסנקציות האמריקניות על אירן מצויות בחקיקה שלהלן:
(Iran Sanctions Act of 1996 and amendments (ISA
(Iran Freedom Support Act (IFSA
Comprehensive Iran Sanctions, Accountability, and Divestment Act of 2010 (CISADA) 9 amended in 2012
National Defense Authorization Act for Fiscal Year 2012(NDAA) 2012
(Iran Threat Reduction and Syria Human Rights Act OF 2012 (ITRSHRA
(Iran Freedom and counter-proliferation Act of 2012 (IFCA
סנקציות רבות נכללות במערכת חקיקה מפורטת, שעוסקת במעורבות אירן בטרור. הסרתן מחייבת את הנשיא לקבוע שאירן אינה עוסקת עוד במימון טרור בינלאומי. לאור הצהרותיו הפומביות לאחרונה, אין ספק שיימנע מלקבוע זאת. הנשיא יכול לבטל רבות מהסנקציות למשך פרק זמן של 180 ימים לכל היותר ואז לשוב ולהאריך את השעייתן/ביטולן, היה והוא מחליט כי מהלך כזה "חיוני לביטחון הלאומי" ומציג נימוק לכך בפני הקונגרס.
כמו במקרה של הסרת סנקציות מכוח צו נשיאותי, נראה שלנשיא תהיה סמכות להסיר סנקציות הקשורות לפעילות הגרעין של אירן לאחר 'יום היישום', כלומר לאחר שהסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית (סבא"א) תדווח, כי אירן עמדה בהתחייבויותיה כפי שנוסחו בהסכם. אם הנשיא יתגבר על ניסיון הקונגרס לעקוף את הווטו שלו, אפשר שמשימתו תידחה על-ידי רפובליקנים שינסו לאלץ את הקונגרס לאמץ מהלכים כנגד הנשיא, כך שנהיה עדים לסבבים של הצבעה-וטו-כישלון. הסוגיה הופכת סבוכה ומעניינת יותר, אם הנשיא לא יצליח למנוע מהקונגרס לעקוף את הווטו שלו בהצבעה הראשונה על מתווה ההסכמה עם אירן אבל יישאר נחוש להשתמש בכוחו, כדי לבטל את הסנקציות על אירן. לאור העובדה שארצות הברית כבר נמצאת באווירת בחירות, ייתכן שהרפובליקנים יתפתו לעשות שימוש באמצעים חריגים בניסיון לחסום את הסרת הסנקציות הקשורות לגרעין. אם זה אכן יקרה, ישראל ותומכיה ימצאו עצמם מעורבים בניגוד לרצונם בקרב מר וממושך בין הקונגרס שבשליטה רפובליקנית, לבין נשיא דמוקרטי שעדיין לא הפסיד בקרב גדול בגבעת הקפיטול. יש לזכור שעל סדר היום של יחסי שתי המדינות עדיין מונחות סוגיות מעבר להסכם עם אירן.
כפי שציין הנשיא, הוא אינו מאמין עוד בסיכוי להשיג הסכם ישראלי-פלשתיני כולל, אולם כחלק משאיפתו להותיר חותם אישי בנושא, הוא עשוי לפנות לאופציות אחרות כמו מועצת הביטחון של האו"ם ולשתף פעולה עם יוזמות שכוונתן לאמץ קווי יסוד לפתרון הסכסוך. נשיא שנמצא בחודשים האחרונים לכהונתו, ואשר ספג תבוסה בקונגרס - בין היתר ועל-פי השקפתו בשל התערבות חסרת תקדים של מנהיג זר - עלול לאבד את האיזון שאפיין אותו עד כה בכל הקשור לישראל.