בשנים 1950 – 1953 ובשנים 1955-1963 שימש הבית את ראש הממשלה
דוד בן-גוריון. בשנת 1954 רכשה ממשלת ישראל את הבית בסכום של 20,000 לירות ישראליות כדי לשמש מעון לראשי הממשלה. לאחר שינוי ייעודו של המבנה למעון ראש הממשלה נוספו לו שתי תוספות: מקלט תת-קרקעי ושתי בקתות שומר ששולבו בגדר ההיקפית. בתקופה בה פרש בן-גוריון לשדה בוקר בשנים 1953 ל-1955 הוצע הבית למחליפו
משה שרת אולם זה החליט לא להתגורר בה, ואל הבית עבר להתגורר לוי אשכול שהיה אז שר האוצר. וזאת לדעת באותה תקופה נהגה המדינה לתת דירות שרד גם לשרים. אשכול חזר לבית ברחוב בן-מימון 46 בשנת 1963 לאחר שנבחר כראש ממשלה והתגורר בו עד יום מותו ב-1969. לאחר מותו של אשכול עבר הבית לשמש את
גולדה מאיר עד פרישתה בשנת 1974עת נבחר במקומה כראש ממשלה
יצחק רבין. בבית התארחו ונפגשו עם ראשי הממשלה מנהיגים ואישי ציבור שונים אנשי ביטחון אנשי רוח ותרבות. כאן נערכו התייעצויות סודיות והתקבלו החלטות חשובות בחיי המדינה, כמו למשל, האם לצאת לפעולה צבאית או אם לאו, החלטות והתייעצויות לגבי מבצעי ריגול וביון ועוד כהנה וכהנה נושאים רגישים. לו ידעו קירות הבית לדבר ודאי היה להם הרבה מה לספר...
מאז 1974 כשעבר מעון ראש הממשלה למשכנו החדש ברחוב בלפור עמד הבית ברחוב בן מימון 46 במשך שנים רבות נטוש ומוזנח, ולא אחת שימש משכן להומלסים ופולשים למיניהם. ב-1977, הועבר המבנה לידי עמותת "יד לוי אשכול" שביקשה להקים בו מוזאון להנצחת פעלו ומורשתו של לוי אשכול, אולם הדבר לא הסתייע מסיבות תקציביות ואחרות. בעקבות מחאה ציבורית וכתבה ששודרה בטלוויזיה ועסקה בשיממונו והזנחתו של המבנה ההיסטורי, נרתמו גורמים שונים כדי לשקם ולשמר את הבית ההיסטורי. על-פי תוכנית בניין עיר הוגדלו זכויות הבנייה בצורה משמעותית. בשנים 2002-2004 עבר המבנה עבודות שיקום ראשוניות, בשנת 2015 הוחל בעבודות שיפוץ ושימור יסודי של המבנה. בקומתו הראשונה הוקם מוזאון חדש להנצחת זכרו, מורשתו ופועלו של ראש הממשלה השלישי של מדינת ישראל, לוי אשכול.
המוזאון ממוקם בקומה הראשונה (קומת קרקע) של המבנה. באחד החדרים, שולחנו המקורי של לוי אשכול ועליו חפציו, על הקירות תלויות תמונותיו של לוי אשכול בחברת מנהיגי עולם ועוד .בחדר אחר שיחזור ספרייתו של לוי אשכול ורהיטי בית שהיו בביתו של אשכול וראשי ממשלה אחרים. כמו-כן "שוחזר" מטבח הבית. כאן, היה(וגם בביתה ברמת אביב א.א) מטבחה המפורסם של גולדה, על שמו נקרא פורום "המטבחון" הביטחוני.
בצדו המזרחי של מבנה "בית לוי אשכול" שוכן גן הבית במסגרת עבודות שיקום הבית הוקמה רחבה מרוצפת עם פרגולה וכסאות ישיבה לרשותם של המבקרים.אדריכל השימור של הבית הוא משה שפירא. מדריכת הסיור מסבירה כי גם אם לא כל פריט במוזאון "בית לוי אשכול" נאמן וזהה בדיוק למקור נעשה מאמץ כללי ככל שניתן לשמור על צביונו המקורי ורוחו של הבית. המוזאון יפתח לקהל על-פי הערכה בעוד חודשים ספורים בסוף 2016 אולי תחילת 2017.