בשנת 1935 הכריז ועד המושבה על תחרות לתכנון בית כנסת מרכזי. הוגשו לו 41! הצעות תכנוניות של אדריכלים. מתוכם נבחרה והתקבלה תוכניתה של האדריכלית יהודית שטוצלר-סגל, וזאת חרף התנגדות מצד גורמים שונים במושבה ומחוצה לה שאישה תתכנן את בית הכנסת. יהודית הייתה אחת האדריכליות המפורסמות בארץ בשנות ה-30, נולדה ברוסיה, למדה אדריכלות בדנציג ועלתה לארץ בשנת 1933. בין השאר, תכננה את שכונת קריית מאיר בתל אביב.
לשם מימון הבנייה נאספו תרומות והוטל מס מיוחד על תושבי היישוב. בעיתון "הצופה" מיום שני 20 בפברואר 1939 אני קורא כתבה על בית הכנסת החדש המוקם בחדרה ובין השאר נכתב בו כי ועד בית הכנסת בראשות, ש.מאירסון, ש. אורדאנג, מ. כספי, אהרון קונגרצקי ותנחום חנקין קיבל ממר יעקב רוטמן מאוסטרליה "הצעה לנדב 500 לא"י למען בית הכנסת בתנאי שבית הכנסת יקרא "בית שאול" על שם אביו המנוח שהיה מראשי חדרה. הנושא הובא לאסיפה כללית. ההצעה עוררה התנגדות עצומה ביחוד בן יורשיהם של המתיישבים". על-פי הנאמר באותה כתבה ב"הצופה". הוחלט באסיפה לא לקבל את הצעתו של יעקב רוטמן והוצע לו שבבית הכנסת "תיקבע טבלה" לזכרו של אביו...
הנחת אבן הפינה להקמת בית הכנסת התקיימה בשנת 1936 יחד עם סלילת כביש ברחוב הגיבורים. לטובת הקמתו, נהרס חלק ממבנה הח'אן ההיסטורי. על-פי התוכנית הראשונית כל מבנה החאן היה אמור להיהרס לטובת הקמת בית הכנסת ואף הוחל בהריסת מבנה הח'אן לטובת הקמת בית הכנסת. אולם קמו קולות זעקה ומחאה של תושבים שקראו לשמר את הבניין ההיסטורי, ועבודות ההרס פסקו עבודות, ונותרו מהחאן על תילם כ-10 חדרים שהמשיכו לשמש את המושבה, לצרכי ציבור, כמו בית מרקחת, בית מדרש ועוד. בנית בית הכנסת החלה בשנת 1936 ונמשכה ארבע שנים והוא נחנך ב-1941 בשנת היובל להיווסדה של חדרה.